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万見
- PDB-3nc3: CYP134A1 structure with a closed substrate binding loop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nc3
タイトルCYP134A1 structure with a closed substrate binding loop
要素Cytochrome P450 cypX
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 Oxidase / Haem Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


pulcherriminic acid synthase / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced iron-sulfur protein as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / pigment biosynthetic process / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, CypX / Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Pulcherriminic acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Cryle, M.J. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural and biochemical characterization of the cytochrome P450 CypX (CYP134A1) from Bacillus subtilis: a cyclo-L-leucyl-L-leucyl dipeptide oxidase.
著者: Cryle, M.J. / Bell, S.G. / Schlichting, I.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450 cypX
B: Cytochrome P450 cypX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,33512
ポリマ－98,7722
非ポリマー1,56310
水82946
1
A: Cytochrome P450 cypX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1927
ポリマ－49,3861
非ポリマー8066
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cytochrome P450 cypX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1435
ポリマ－49,3861
非ポリマー7574
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.800, 105.400, 143.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSTHRTHRAA6 - 6142 - 97
21LYSLYSTHRTHRBB6 - 6142 - 97
12ALAALAASPASPAA87 - 403123 - 439
22ALAALAASPASPBB87 - 403123 - 439
13HEMHEMHEMHEMAC406
23HEMHEMHEMHEMBI406

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 cypX


分子量: 49386.129 Da / 分子数: 2 / 変異: A356T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: BSU35060, cyp134, cypB, cypX / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O34926, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.1 M MgCl2, 12% (w/v) polyethylene glycol-3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月11日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→47.73 Å / Num. obs: 21929 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 62.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.66→2.73 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 775 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.66→47.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 33.933 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27343 1064 4 %RANDOM
Rwork0.21899 ---
obs0.22147 21929 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.334 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.37 Å20 Å20 Å2
2--1.59 Å20 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→47.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6037 0 104 46 6187
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226293
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3272.018556
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2095765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.4223.932295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.541151067
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0921547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2948
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214785
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3251.53832
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.63326197
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.04232461
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7724.52356
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11476medium positional0.350.5
212405medium positional0.440.5
3143medium positional0.170.5
12476medium thermal0.32
222405medium thermal0.372
3243medium thermal0.622
LS精密化 シェル解像度: 2.66→2.731 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 744 -
Rwork0.34 744 -
obs-775 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.38970.716-0.8733.63310.23013.30270.01430.4746-0.5560.2493-0.49590.65830.7851-0.72530.48160.4424-0.10190.13820.6923-0.06910.312919.3148-16.1746-9.2263
26.26291.98930.08624.20412.8144.65380.08110.55060.2251-0.15380.1724-0.0252-0.20460.1438-0.25340.170.07420.05890.24730.07960.052642.1265-11.5409-22.4682
31.6881-0.172-0.20061.70171.47534.17860.05330.1401-0.33330.1848-0.09330.10230.6626-0.24320.040.24130.03440.07110.27060.02230.149533.333-17.4162-16.393
45.8394-0.1048-0.58483.64331.64784.84420.1745-0.17940.00070.4691-0.22150.29330.3533-0.4560.0470.2253-0.01350.08420.237-0.00510.041631.2045-8.1324-5.9849
56.0631-0.6435-0.7342.270.64024.270.0956-0.51230.00080.15710.0385-0.4638-0.13540.6617-0.1340.2705-0.04270.0440.603-0.11380.216745.28968.741918.7716
64.8091-1.51690.89832.4611-2.07525.0745-0.0073-0.36980.33840.31870.29270.0505-0.3427-0.1331-0.28540.19410.009-0.01770.2937-0.07240.122821.702511.915832.5903
72.48880.1171-0.57811.4935-0.27314.05370.1364-0.0273-0.0733-0.27480.0357-0.15890.09050.3745-0.17210.1858-0.02560.00060.256-0.07020.148334.06177.764622.9676
86.4674-0.6756-2.1142.84460.97794.65470.3436-0.14590.6697-0.42360.02540.0658-0.67210.2764-0.36890.2809-0.02760.03430.20170.00260.102227.255916.119918.9893
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2A105 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3A168 - 291
4X-RAY DIFFRACTION4A292 - 403
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 104
6X-RAY DIFFRACTION6B105 - 167
7X-RAY DIFFRACTION7B168 - 330
8X-RAY DIFFRACTION8B331 - 404

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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