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万見
- PDB-3nbu: Crystal structure of pGI glucosephosphate isomerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbu
タイトルCrystal structure of pGI glucosephosphate isomerase
要素Glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / glucose 6-phosphate metabolic process / carbohydrate derivative binding / monosaccharide binding / gluconeogenesis / glycolytic process / cellular response to oxidative stress / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. ...Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain / Phosphoglucose isomerase, C-terminal domain - #10 / Phosphoglucose isomerase, C-terminal / Phosphoglucose isomerase signature 1. / Phosphoglucose isomerase (PGI) / Phosphoglucose isomerase, conserved site / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 1 / Phosphoglucose isomerase, SIS domain 2 / Phosphoglucose isomerase / Phosphoglucose isomerase signature 2. / Glucose-6-phosphate isomerase family profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glucose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Alber, T. / Zubieta, C. / Totir, M. / May, A. / Echols, N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Macro-to-Micro Structural Proteomics: Native Source Proteins for High-Throughput Crystallization.
著者: Totir, M. / Echols, N. / Nanao, M. / Gee, C.L. / Moskaleva, A. / Gradia, S. / Iavarone, A.T. / Berger, J.M. / May, A.P. / Zubieta, C. / Alber, T.
履歴
登録2010年6月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase
B: Glucose-6-phosphate isomerase
C: Glucose-6-phosphate isomerase
D: Glucose-6-phosphate isomerase
E: Glucose-6-phosphate isomerase
F: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,8257
ポリマ－369,7896
非ポリマー351
水58,7653262
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase
B: Glucose-6-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2632
ポリマ－123,2632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12550 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area35300 Å2
手法PISA
2
C: Glucose-6-phosphate isomerase
D: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2983
ポリマ－123,2632
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12710 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area34880 Å2
手法PISA
3
E: Glucose-6-phosphate isomerase
F: Glucose-6-phosphate isomerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,2632
ポリマ－123,2632
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area35130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.806, 72.874, 181.851
Angle α, β, γ (deg.)92.47, 97.82, 114.57
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI


分子量: 61631.516 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5a / 参照: UniProt: P0A6T1, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M Bis-Tris 5.5, 10 mM betaine HCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月20日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→89 Å / Num. all: 208294 / Num. obs: 208294 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 29607 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1dqr

1dqr


解像度: 2.05→89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.651 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22952 9609 5 %RANDOM
Rwork0.16923 ---
obs0.17227 181581 94.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.88 Å2-1.16 Å2-0.82 Å2
2---1.03 Å2-1.09 Å2
3----1.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25984 0 1 3262 29247
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02226613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.93336077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79753283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.21924.6911277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.144154435
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9415108
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.23945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02120358
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9851.516323
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.689226252
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.045310290
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.5774.59825
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 692 -
Rwork0.273 13225 -
obs--93.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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