[日本語] English
万見
- PDB-3nbh: Crystal structure of human RMI1C-RMI2 complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbh
タイトルCrystal structure of human RMI1C-RMI2 complex
要素
  • RecQ-mediated genome instability protein 1
  • RecQ-mediated genome instability protein 2
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / two OB-folds containing complex / RPA-like complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sister chromatid segregation / reduction of food intake in response to dietary excess / RecQ family helicase-topoisomerase III complex / resolution of DNA recombination intermediates / maintenance of rDNA / resolution of meiotic recombination intermediates / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function ...regulation of sister chromatid segregation / reduction of food intake in response to dietary excess / RecQ family helicase-topoisomerase III complex / resolution of DNA recombination intermediates / maintenance of rDNA / resolution of meiotic recombination intermediates / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / response to glucose / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / G2/M DNA damage checkpoint / multicellular organism growth / glucose homeostasis / Processing of DNA double-strand break ends / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / DNA複製 / nuclear body / nuclear speck / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #510 / Helix Hairpins - #770 / RecQ-mediated genome instability protein 2 / RecQ-mediated genome instability protein 2 / RecQ-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold domain / RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal helical domain superfamily / : / Recq-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold / RMI1, N-terminal helical domain / DUF1767 ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #510 / Helix Hairpins - #770 / RecQ-mediated genome instability protein 2 / RecQ-mediated genome instability protein 2 / RecQ-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold domain / RecQ-mediated genome instability protein 1, N-terminal helical domain superfamily / : / Recq-mediated genome instability protein 1, C-terminal OB-fold / RMI1, N-terminal helical domain / DUF1767 / RecQ mediated genome instability protein 1, N-terminal / RecQ mediated genome instability protein, N-terminal OB-fold superfamily / RMI1, N-terminal OB-fold domain / Helix Hairpins / Nucleic acid-binding proteins / Helix non-globular / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RecQ-mediated genome instability protein 2 / RecQ-mediated genome instability protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wang, F. / Yang, Y. / Singh, T.R. / Busygina, V. / Guo, R. / Wan, K. / Wang, W. / Sung, P. / Meetei, A.R. / Lei, M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of RMI1 and RMI2, Two OB-Fold Regulatory Subunits of the BLM Complex.
著者: Wang, F. / Yang, Y. / Singh, T.R. / Busygina, V. / Guo, R. / Wan, K. / Wang, W. / Sung, P. / Meetei, A.R. / Lei, M.
履歴
登録2010年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RecQ-mediated genome instability protein 1
B: RecQ-mediated genome instability protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6172
ポリマ－33,6172
非ポリマー00
水6,720373
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.682, 42.365, 157.734
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RecQ-mediated genome instability protein 1 / BLM-associated protein of 75 kDa / BLAP75 / FAAP75


分子量: 17453.371 Da / 分子数: 1 / 断片: RMI1C, residues 475-625 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET28b-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9H9A7
#2: タンパク質 RecQ-mediated genome instability protein 2 / hRMI2 / BLM-associated protein of 18 kDa / BLAP18


分子量: 16163.621 Da / 分子数: 1 / 断片: RMI2, residues 6-147 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: GST-6p1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96E14
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: The precipitant/well solution contained 18% PEG 3350, 300 mM NaSCN, and 10 mM DTT. , pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.15K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 36368 / Num. obs: 35523 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 89.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345CCDデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 3420 -RANDOM
Rwork0.215 ---
all-36447 --
obs-35460 97.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 0 0 373 2546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.63366
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006436

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る