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- PDB-3nbd: Clitocybe nebularis ricin B-like lectin (CNL) in complex with lac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nbd
タイトルClitocybe nebularis ricin B-like lectin (CNL) in complex with lactose, crystallized at pH 7.1
要素Ricin B-like lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Clitocybe nebularis ricin B-like lectin / lactose
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-lactose / Ricin B-like lectin
類似検索 - 構成要素
生物種Clitocybe nebularis (ハイイロシメジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Renko, M. / Pohleven, J. / Sabotic, J. / Kos, J. / Turk, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012
タイトル: Bivalent carbohydrate binding is required for biological activity of Clitocybe nebularis lectin (CNL), the N,N'-diacetyllactosediamine (GalNAc beta 1-4GlcNAc, LacdiNAc)-specific lectin ...タイトル: Bivalent carbohydrate binding is required for biological activity of Clitocybe nebularis lectin (CNL), the N,N'-diacetyllactosediamine (GalNAc beta 1-4GlcNAc, LacdiNAc)-specific lectin from basidiomycete C. nebularis
著者: Pohleven, J. / Renko, M. / Magister, S. / Smith, D.F. / Kunzler, M. / Strukelj, B. / Turk, D. / Kos, J. / Sabotic, J.
履歴
登録2010年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月7日Group: Database references
改定 1.22014年3月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ricin B-like lectin
B: Ricin B-like lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,9069
ポリマ－31,7412
非ポリマー1,1657
水9,638535
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.119, 85.080, 97.629
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ricin B-like lectin


分子量: 15870.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clitocybe nebularis (ハイイロシメジ)
プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B2ZRS9
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % / Mosaicity: 0.43 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 0.085M HEPES sodium, 1.7%(v/v) PEG 400, 2.0M Ammonium sulfate, 19%(w/v) Glycerol, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月18日 / 詳細: Collimating and focusing, Pt-coated mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.5 % / Av σ(I) over netI: 48.22 / 数: 1086560 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.73 / D res high: 1.14 Å / D res low: 23 Å / Num. obs: 128514 / % possible obs: 98.3
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
3.092399.910.0291.6078.8
2.463.0910010.0411.8549.8
2.152.4610010.0662.61115.7
1.952.1510010.0752.48915.3
1.811.9510010.0912.17415.3
1.71.8110010.1092.1310
1.621.710010.1232.1467
1.551.6210010.1342.0056.9
1.491.5510010.1461.7596.9
1.441.4910010.1591.5076.9
1.391.4410010.1741.3566.9
1.351.3910010.1871.2726.8
1.321.3510010.2031.1626.8
1.281.3210010.2171.1186.7
1.251.2810010.2351.0476.7
1.231.2510010.2520.9966.7
1.21.2310010.2690.9356.6
1.181.210010.290.8136.5
1.161.1810010.3110.6616.3
1.141.1665.610.3260.5595
反射解像度: 1.14→23.03 Å / Num. all: 130730 / Num. obs: 128514 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.726 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 1.14→1.16 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Num. unique all: 4260 / Χ2: 0.559 / % possible all: 65.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MAR345dtbデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NBC

3nbc


解像度: 1.15→23.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.156 / WRfactor Rwork: 0.135 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.944 / SU B: 0.608 / SU ML: 0.013 / SU R Cruickshank DPI: 0.028 / SU Rfree: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY. The structure was refined also with MAIN.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16 6458 5 %RANDOM
Rwork0.138 ---
all0.142 130730 --
obs0.139 128492 99.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.6 Å2 / Biso mean: 15.915 Å2 / Biso min: 3.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→23.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2238 0 71 535 2844
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.050.0412441
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0380.0391532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2311.9633391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6892.9973837
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5665331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05926.154104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97215374
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.342158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.8160.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02416
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3611.51522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9461.5606
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.42722514
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8633919
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8294.5855
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.22633973
LS精密化 シェル解像度: 1.147→1.177 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 443 -
Rwork0.362 8401 -
all-8844 -
obs--93.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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