PDB-3nb8: Crystal structure of oxidized H88Q Synechocystis sp. PCYA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nb8

タイトル

Crystal structure of oxidized H88Q Synechocystis sp. PCYA

要素

Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-beta-alpha sandwich / radical chemistry

機能・相同性

機能・相同性情報

phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase / phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase activity / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Gae, D.D.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for hydration dynamics in radical stabilization of bilin reductase mutants.
著者: Kohler, A.C. / Gae, D.D. / Richley, M.A. / Stoll, S. / Gunn, A. / Lim, S. / Martin, S.S. / Doukov, T.I. / Britt, R.D. / Ames, J.B. / Lagarias, J.C. / Fisher, A.J.

履歴

登録	2010年6月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2010年10月6日	ID: 3F0J
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nb8.cif.gz	77.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nb8.ent.gz	57.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3nb8_validation.pdf.gz	826.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3nb8_full_validation.pdf.gz	832.2 KB	表示
XML形式データ	3nb8_validation.xml.gz	16.6 KB	表示
CIF形式データ	3nb8_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/3nb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/3nb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f0lC 3f0mC 3nb9C 2d1eS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5b4j-d 3f0l-d 6n36-d 4eoe-d 2g18-10 4eoc-d 2g18-12 2g18-11 4psu-d 6k07-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.785, 95.637, 42.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase 分子量: 28146.137 Da / 分子数: 1 / 変異: H88Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: pcyA, slr0116 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q55891, phycocyanobilin:ferredoxin oxidoreductase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略) 分子量: 582.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₃₄N₄O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.7-2.2 M ammonium sulfate, 0.26-0.32 M NaCl, and 0.1 M sodium cacodylate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月31日
放射	モノクロメーター: NI MIRROR + NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→26.21 Å / Num. all: 72052 / Num. obs: 64740 / % possible obs: 89.84 %
反射シェル	解像度: 1.3→1.334 Å / % possible all: 78.68

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
REFMAC	5.5.0109	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2D1E

2d1e

解像度: 1.3→26.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 1.381 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.053 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19144	3271	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16869	-	-	-
obs	0.16982	61469	89.84 %	-
all	-	72061	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.215 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.73 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→26.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1927	0	99	287	2313

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	2290
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.043	2.006	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.347	5	302
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.838	24.696	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.399	15	415
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.688	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	323
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	1787
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.01	1.5	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.749	2	2156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.531	3	977
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.899	4.5	939
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.3→1.334 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	192	-
R_work	0.228	3967	-
obs	-	-	78.68 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1151	0.1574	1.33	3.1739	0.229	1.1939	0.1527	-0.2899	0.0311	0.1346	-0.1455	0.1798	0.1741	-0.1931	-0.0073	0.0662	-0.0194	0.0174	0.1047	0.0076	0.0175	-11.5533	-32.5642	33.2865
2	0.6368	-0.4053	0.0223	0.4621	0.0737	0.0677	0.039	-0.0126	-0.0679	0.0126	-0.0341	0.0064	0.0125	-0.0417	-0.0049	0.0315	-0.0003	-0.0031	0.0237	-0.0032	0.0694	-12.5369	-36.2119	22.0889
3	0.6461	0.0108	0.0432	0.0001	0.0936	0.4202	0.0184	0.0463	0.0572	0.0051	-0.0196	-0.0248	-0.0286	-0.0382	0.0012	0.0375	0.0046	0.0029	0.0326	0.0028	0.0487	-9.9048	-19.849	16.1604
4	0.4417	0.0329	0.2675	1.3627	-0.4918	0.3393	0.0492	0.0522	-0.0402	-0.0397	-0.0092	-0.0197	-0.0139	0.0168	-0.04	0.0408	0.0192	0.0166	0.0201	0	0.0708	0.2995	-37.9475	14.7989

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 81
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	82 - 217
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	218 - 247

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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