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- PDB-3nap: Structure of Triatoma Virus (TrV) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nap
タイトルStructure of Triatoma Virus (TrV)
要素(Capsid protein) x 3
キーワードVIRUS / INSECT CRIPAVIRUS / ICOSAHEDRAL VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Triatoma virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / ML / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Squires, G. / Pous, J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystallographic structure of Triatoma Virus (TrV) highlights the Dicistroviridae and Picornaviridae family differences
著者: Squires, G. / Pous, J. / Rozas-Dennis, G.S. / Costabel, M.D. / Agirre, J. / Marti, G. / Navaza, J. / Guerin, D.M.A. / Rey, F.A.
履歴
登録2010年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月27日Group: Other
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年7月10日Group: Other / Refinement description / カテゴリ: cell / struct_ncs_oper / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.52024年8月14日Group: Other / Refinement description / カテゴリ: cell / struct_ncs_oper / Item: _cell.Z_PDB

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,1943
ポリマ－90,1943
非ポリマー00
水9,962553
1
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,411,634180
ポリマ－5,411,634180
非ポリマー00
水3,243180
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 451 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)450,96915
ポリマ－450,96915
非ポリマー00
水27015
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 541 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)541,16318
ポリマ－541,16318
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein
B: Capsid protein
C: Capsid protein
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 2.71 MDa, 90 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,705,81790
ポリマ－2,705,81790
非ポリマー00
水1,62190
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)343.660, 360.460, 341.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.4318, -0.25647, -0.86474), (-0.26331, 0.88112, -0.39281), (0.86268, 0.39731, 0.31293)217.98869, 99.98325, -161.05547
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57generate(0.67342, -0.6171, -0.40706), (-0.61862, -0.16892, -0.76732), (0.40475, 0.76854, -0.4955)202.1312, 383.23294, -79.94066
58generate(-0.42768, 0.26037, -0.86562), (0.2649, -0.87947, -0.39542), (-0.86424, -0.39842, 0.30716)273.26886, 327.03125, 280.36407
59generate(0.48309, -0.46557, -0.74153), (0.14971, -0.79052, 0.59385), (-0.86268, -0.3979, -0.31219)236.3138, 246.06502, 333.49023
60generate(0.47923, -0.46789, 0.74258), (0.15183, -0.78911, -0.59519), (0.86446, 0.39798, -0.30712)109.54901, 347.44553, -107.86377

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein


分子量: 29741.439 Da / 分子数: 1 / 断片: VP1 (UNP RESIDUES 598-868) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triatoma virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QEY5
#2: タンパク質 Capsid protein


分子量: 28519.396 Da / 分子数: 1 / 断片: VP2 (UNP RESIDUES 1-255) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triatoma virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QEY5
#3: タンパク質 Capsid protein


分子量: 31933.062 Da / 分子数: 1 / 断片: VP3 (UNP RESIDUES 313-597) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Triatoma virus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q9QEY5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT VP4 (UNP RESIDUES 256-312) OF CAPSID PROTEIN IS NOT PRESENT IN THE ELECTRON ...THE AUTHORS STATE THAT VP4 (UNP RESIDUES 256-312) OF CAPSID PROTEIN IS NOT PRESENT IN THE ELECTRON DENSITY. ITS EXISTENCE WAS CONFIRMED BY MASS SPECTROMETRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 6% PEG 8000, 100mM sodium citrate pH 5.6, 5% 2-propanol, 500mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 1328043 / 冗長度: 4.2 %

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位相決定

位相決定手法: ML

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
AMoRE位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→30 Å / WRfactor Rwork: 0.171 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1732 --
Rwork0.171 --
obs-1328043 92.2 %
原子変位パラメータBiso max: 112.31 Å2 / Biso mean: 22.868 Å2 / Biso min: 1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6196 0 0 553 6749

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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