PDB-3na5: Crystal structure of a bacterial phosphoglucomutase, an enzyme im...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3na5

タイトル

Crystal structure of a bacterial phosphoglucomutase, an enzyme important in the virulence of several human pathogens.

要素

Phosphoglucomutase

キーワード

ISOMERASE / Phosphoglucomutase / Metal binding

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent) / phosphoglucomutase activity / carbohydrate metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 精密化 /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Mehra-Chaudhary, R. / Beamer, L.J.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a bacterial phosphoglucomutase, an enzyme involved in the virulence of multiple human pathogens.
著者: Mehra-Chaudhary, R. / Mick, J. / Tanner, J.J. / Henzl, M.T. / Beamer, L.J.

履歴

登録	2010年6月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年2月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3na5.cif.gz	373.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3na5.ent.gz	293.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3na5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3na5_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3na5_full_validation.pdf.gz	480.6 KB	表示
XML形式データ	3na5_validation.xml.gz	50.5 KB	表示
CIF形式データ	3na5_validation.cif.gz	75.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3na5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/3na5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3olpC 2fuvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2fuv-d 3olp-d 6vle-d 6vld-2 1lnw-5 6x5t-3 7cmi-d 6x5u-1 6vlg-1 7cmh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphoglucomutase

B: Phosphoglucomutase

ヘテロ分子

122 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.466, 105.792, 126.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Phosphoglucomutase 分子量: 60929.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: LT2 / 遺伝子: pgm, STM0698 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: Q8ZQW9, phosphoglucomutase (alpha-D-glucose-1,6-bisphosphate-dependent)
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.14 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.3 M magnesium chloride, 20% PEG 3350,0.1% n-octyl-beta D-gluco-pyranoside , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 103 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月21日 / 詳細: beamline optics
放射	モノクロメーター: beamline optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→42.27 Å / Num. obs: 120749 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 1.7→1.7 Å / 冗長度: 3.66 % / R_merge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.03 Å	42.27 Å
Translation	2.03 Å	42.27 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.7LDz	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
d*TREK		データ削減

精密化

構造決定の手法: 精密化
開始モデル: PDB Entry 2FUV

2fuv

解像度: 1.7→42.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 4.287 / SU ML: 0.073 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	6066	5 %	RANDOM
R_work	0.18176	-	-	-
obs	0.18355	114594	99.87 %	-
all	-	114594	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.07 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error free: 0.108 Å / Luzzati sigma a free: 0.106 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→42.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8045	0	30	1020	9095

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	8324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.456	1.955	11351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.69	5	1114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.737	24.689	354
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.866	15	1246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.832	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.124	0.2	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6439
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.688	1.5	5442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.151	2	8666
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.055	3	2882
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.264	4.5	2672
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	451	-
R_work	0.321	8288	-
obs	-	-	99.03 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6432	0.2495	-0.3382	0.5288	-0.1416	0.6783	0.0016	-0.0039	-0.029	-0.0127	-0.0419	-0.0273	0.0383	0.0238	0.0403	0.0765	0.0305	-0.004	0.0869	0.0053	0.0585	55.0941	41.5428	31.9692
2	0.7009	0.4653	-0.1349	1.1598	-0.272	0.7743	-0.0768	0.0506	-0.0049	-0.0881	0.0771	0.0065	0.0225	0.0346	-0.0003	0.0543	0.012	0.0063	0.1066	0.0081	0.073	68.0321	50.2884	17.2938
3	2.0246	-0.9305	0.2413	2.4565	-0.207	1.492	-0.0275	0.3395	-0.1776	-0.1939	0.0701	0.1426	0.1927	0.1172	-0.0426	0.0453	-0.0531	-0.0219	0.1012	-0.0133	0.0361	56.7771	45.0259	-1.4824
4	6.3851	0.583	0.8977	6.1752	-2.4709	3.2273	0.0621	0.1643	-0.3122	-0.2496	0.0967	0.474	0.2612	-0.2378	-0.1587	0.0167	-0.0557	-0.0275	0.1393	0.0252	0.0819	49.5697	47.9238	-1.0074
5	0.9187	-0.0527	-0.3736	0.7165	0.018	0.6831	0.033	-0.06	-0.0937	0.1033	-0.0898	0.1052	0.0706	0.0026	0.0568	0.1111	-0.0322	0.022	0.0994	-0.0282	0.0954	29.1332	33.6719	54.1178
6	0.4969	-0.2777	-0.3015	0.5826	0.304	0.7232	0.1081	0.0828	0.0303	-0.0442	-0.0706	0.0341	-0.0896	-0.0631	-0.0374	0.0893	-0.0118	0.0271	0.1012	-0.0187	0.075	24.5637	51.0388	49.3953
7	0.8157	-0.0545	-0.0262	0.7663	0.3009	0.8058	-0.0254	0.054	-0.0316	-0.0197	-0.0165	-0.0363	-0.0628	-0.0968	0.0419	0.0493	-0.0042	0.03	0.0714	-0.0229	0.1069	14.5038	55.0871	67.1793
8	2.6212	0.5351	0.345	2.0332	-0.3563	0.9893	0.0475	-0.1864	-0.1508	0.2151	-0.0291	0.0324	0.1409	-0.0205	-0.0184	0.0618	0.0037	0.0037	0.0689	0.0132	0.1007	28.477	48.4504	86.2252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	341 - 438
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	439 - 506
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	507 - 546
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2 - 184
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	185 - 309
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	310 - 446
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	447 - 546

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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