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- PDB-3n9d: Monoclinic Structure of P. aeruginosa LigD phosphoesterase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9d
タイトルMonoclinic Structure of P. aeruginosa LigD phosphoesterase domain
要素Probable ATP-dependent DNA ligase
キーワードLIGASE / Phosphoesterase / Metalloenzyme / NHEJ / Manganese / Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase D / LigD polymerase domain, PaeLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region ...DNA ligase D / LigD polymerase domain, PaeLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA polymerase Ligase (LigD) / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / YTTRIUM (III) ION / Multifunctional non-homologous end joining protein LigD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Shuman, S. / Nair, P. / Smith, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of bacterial LigD 3'-phosphoesterase unveils a DNA repair superfamily
著者: Nair, P.A. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2010年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9006
ポリマ－19,4751
非ポリマー4255
水1,53185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.997, 56.585, 43.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.33, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-189-

YT3

詳細This protein is monomeric in solution and a single protomer occupies the asymmetric unit of this crystal lattice.

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要素

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent DNA ligase


分子量: 19474.963 Da / 分子数: 1 / 断片: Phosphoesterase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET28b plasmid expressing His10-tagged-Smt3 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: NP_250828.1, PA2138 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL+ / 参照: UniProt: Q9I1X7
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: ;Crystallization was carried out in sitting-drop vapor-diffusion setups with 1:1 mixtures of protein solution containing 1.3 mM PaePEC2 and 2mM MnCl2 and reservoir solution containing PEG ...詳細: ;Crystallization was carried out in sitting-drop vapor-diffusion setups with 1:1 mixtures of protein solution containing 1.3 mM PaePEC2 and 2mM MnCl2 and reservoir solution containing PEG 5000 monomethylether (MME) (20 - 30%), 100 mM 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid (MES) pH 6.8 - 7.0, 200 mM ammonium sulfate, and 10 mM yttrium (III) chloride at 22 C. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年2月20日 / 詳細: Osmic Confocal Mirrors
放射モノクロメーター: None / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 8818 / Num. obs: 8792 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 34 Å2 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.97 / Num. unique all: 458 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: chain A of PDB entry 3N9B

3n9b


解像度: 2.3→28.293 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2628 930 10.65 %10% of data selected at random using CCP4/Unique
Rwork0.2117 ---
obs0.2171 8730 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 1.2 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.121 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.658 Å20 Å2-4.5695 Å2
2---9.94 Å2-0 Å2
3---16.4482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→28.293 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1187 0 13 85 1285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6381673
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.379456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048173
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002217
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.42130.30661410.23981106X-RAY DIFFRACTION100
2.4213-2.57290.27191470.22041079X-RAY DIFFRACTION99
2.5729-2.77140.30361380.21981088X-RAY DIFFRACTION100
2.7714-3.050.29361230.22171122X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.49070.28541230.22071125X-RAY DIFFRACTION100
3.4907-4.39520.23581310.19521126X-RAY DIFFRACTION100
4.3952-28.29460.20311270.18251154X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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