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- PDB-3n9b: Crystal Structure of the P. aeruginosa LigD phosphoesterase domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n9b
タイトルCrystal Structure of the P. aeruginosa LigD phosphoesterase domain
要素Probable ATP-dependent DNA ligase
キーワードLIGASE / Phosphoesterase / Metalloenzyme / NHEJ / Manganese / Beta Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA exonuclease activity / DNA ligase (ATP) / DNA ligase (ATP) activity / DNA biosynthetic process / nucleotidyltransferase activity / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase D / LigD polymerase domain, PaeLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA Ligase D 3'-phosphoesterase domain / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region ...DNA ligase D / LigD polymerase domain, PaeLigD-type / DNA ligase D, ligase domain / DNA ligase D, polymerase domain / : / LigD, primase-polymerase domain / DNA ligase D, 3'-phosphoesterase domain / DNA Ligase D 3'-phosphoesterase domain / DNA ligase, ATP-dependent, C-terminal / ATP dependent DNA ligase C terminal region / ATP-dependent DNA ligase family profile. / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / YTTRIUM (III) ION / Multifunctional non-homologous end joining protein LigD
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Shuman, S. / Nair, P. / Smith, P.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structure of bacterial LigD 3'-phosphoesterase unveils a DNA repair superfamily
著者: Nair, P.A. / Smith, P. / Shuman, S.
履歴
登録2010年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable ATP-dependent DNA ligase
B: Probable ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,94114
ポリマ－38,9502
非ポリマー99112
水6,449358
1
A: Probable ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,31511
ポリマ－19,4751
非ポリマー84010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6263
ポリマ－19,4751
非ポリマー1512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.583, 45.550, 53.384
Angle α, β, γ (deg.)102.32, 109.43, 104.59
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細Protein is monomer in solution, however, two protomers are found in the asymmetric unit,

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Probable ATP-dependent DNA ligase


分子量: 19474.963 Da / 分子数: 2 / 断片: Phosphoesterase Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: pET28b plasmid expressing His10-tagged-Smt3 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: LigD, PA2138 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL+ / 参照: UniProt: Q9I1X7

-
非ポリマー , 6種, 370分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#6: 化合物
ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystallization was carried out in sitting-drop vapor-diffusion setups with 1:1 mixtures of protein solution containing 1.3 mM PaePEC2 and 2mM MnCl2 and reservoir solution containing PEG 5000 ...詳細: Crystallization was carried out in sitting-drop vapor-diffusion setups with 1:1 mixtures of protein solution containing 1.3 mM PaePEC2 and 2mM MnCl2 and reservoir solution containing PEG 5000 monomethylether (MME) (20 - 30%), 100 mM 2-(N-morpholino) ethanesulfonic acid (MES) pH 6.8 - 7.0, 200 mM ammonium sulfate, and 10 mM yttrium (III) chloride at 22 C. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11301
21
31
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X12C11.19 0.99 0.73
シンクロトロンNSLS X2521.19 0.99 0.73
回転陽極RIGAKU RU30031.54
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年2月20日See NSLS X25 Beamline Description
ADSC QUANTUM 2102CCD2010年2月20日See NSLS X12C Beamline Description
RIGAKU RAXIS IV++3IMAGE PLATE2010年2月10日Osmic confocal mirrors
放射モノクロメーター: See Beamline Documentation / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.191
20.991
30.731
41.541
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 25728 / Num. obs: 24596 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 26 Å2 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 25.9
反射 シェル解像度: 1.92→1.95 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1272 / % possible all: 93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6_289)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.92→37.395 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1988 2387 9.95 %10% selected at random in CCP4/Unique
Rwork0.1475 ---
obs0.1527 23992 92.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.778 Å2 / ksol: 0.344 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3212 Å2-1.2709 Å2-1.1842 Å2
2---1.6351 Å20.4754 Å2
3----3.7302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→37.395 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2439 0 34 358 2831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012617
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2493556
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.969993
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.92-1.98860.24382080.16661912X-RAY DIFFRACTION82
1.9886-2.06820.22062410.13762149X-RAY DIFFRACTION92
2.0682-2.16240.20452390.13862170X-RAY DIFFRACTION94
2.1624-2.27630.25452000.17251597X-RAY DIFFRACTION70
2.2763-2.41890.20952440.1622195X-RAY DIFFRACTION94
2.4189-2.60570.20572630.15152272X-RAY DIFFRACTION99
2.6057-2.86780.20942230.15982353X-RAY DIFFRACTION100
2.8678-3.28260.19622470.15072340X-RAY DIFFRACTION100
3.2826-4.13480.18072540.12392325X-RAY DIFFRACTION99
4.1348-37.40230.16452680.13642292X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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