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- PDB-3n97: RNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n97
タイトルRNA polymerase alpha C-terminal domain (E. coli) and sigma region 4 (T. aq. mutant) bound to (UP,-35 element) DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードGENE REGULATION/DNA / protein-protein interactions / protein-DNA interactions / transcription initiation / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / : / : ...submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / : / : / : / : / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / : / : / transcription antitermination / cell motility / DNA-templated transcription initiation / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / DNA binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 ...RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA polymerase; domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNA polymerase sigma factor SigA
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.252 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Birktoft, J.J. / Lawson, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The RNA Polymerase alpha Subunit Recognizes the DNA Shape of the Upstream Promoter Element.
著者: Lara-Gonzalez, S. / Dantas Machado, A.C. / Rao, S. / Napoli, A.A. / Birktoft, J. / Di Felice, R. / Rohs, R. / Lawson, C.L.
履歴
登録2010年5月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase sigma factor
D: RNA polymerase sigma factor
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
M: DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*GP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,0327
ポリマ－48,9736
非ポリマー591
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.710, 86.410, 147.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22D
13B
23C
14B
24C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSGLYGLYchain A and (resseq 375:402 )AA375 - 40210 - 37
21LYSLYSGLYGLYchain D and (resseq 375:402 )DB375 - 40210 - 37
12ALAALAARGARGchain A and (resseq 403:424 )AA403 - 42438 - 59
22ALAALAARGARGchain D and (resseq 403:424 )DB403 - 42438 - 59
13PROPROLEULEUchain B and (resseq 251:318 )BC251 - 3186 - 73
23PROPROLEULEUchain C and (resseq 251:318 )CD251 - 3186 - 73
14GLUGLUPROPROchain B and (resseq 319:322 )BC319 - 32274 - 77
24GLUGLUPROPROchain C and (resseq 319:322 )CD319 - 32274 - 77

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.092064, 0.966746, 0.238591), (0.973654, -0.137598, 0.181837), (0.20862, 0.215564, -0.953944)62.997299, -37.8302, -144.093994
2given(0.102772, 0.9561, 0.274428), (0.966024, -0.161708, 0.201615), (0.237141, 0.244383, -0.940234)65.330498, -36.278198, -143.481003
3given(0.310109, 0.706236, -0.636446), (-0.644763, 0.648199, 0.405117), (0.698651, 0.284726, 0.656367)9.68058, 23.8967, -31.6476
4given(0.316748, 0.668369, -0.673018), (-0.707628, 0.639005, 0.301554), (0.631612, 0.38073, 0.67536)8.19682, 21.9958, -30.367399

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 8527.862 Da / 分子数: 2 / 断片: sigma subunit region 4, residues 366-438 / 変異: L386M and 424-429 KYHESR replaced with RHPSR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: rpoS / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: Q9EZJ8
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 9364.795 Da / 分子数: 2 / 断片: alpha subunit C-terminal domain, residues 246-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3295, JW3257, pez, phs, rpoA, sez / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 MN

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*GP*G)-3')


分子量: 6848.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*C)-3')


分子量: 6339.106 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細424-429 KYHESR SEQUENCE IN T. AQUATICUS RNA POLYMERASE IS REPLACED WITH RHPSR SEQUENCE FROM E. COLI ...424-429 KYHESR SEQUENCE IN T. AQUATICUS RNA POLYMERASE IS REPLACED WITH RHPSR SEQUENCE FROM E. COLI RNA POLYMERASE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 28% (w/v) PEG4000, 0.2 M ammonium acetate, 0.01 M sarcosine, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月23日
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator with cryogenically-cooled first crystal and sagittally-bent second crystal horizontally-focusing at 3.3:1 demagnification
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→25.43 Å / Num. all: 7461 / Num. obs: 7461 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 98.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 3.25→3.42 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.816 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1048 / Rsym value: 0.816 / % possible all: 91.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3n4m, 1lb2 and 1ku7

3n4m

1lb2

1ku7


解像度: 3.252→25.43 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.714 / SU ML: 0.54
Isotropic thermal model: group ADP (297 groups, 1 residue per group) plus TLS (all atoms in 1 group)
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.13 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: additional pseudo-bond restraints applied to DNA base-pairs
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 480 6.47 %random
Rwork0.254 ---
all0.257 8450 --
obs0.257 7422 88.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.437 Å2 / ksol: 0.279 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 250.51 Å2 / Biso mean: 138.929 Å2 / Biso min: 85.36 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-39.777 Å2-0 Å2-0 Å2
2---5.676 Å20 Å2
3----34.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.252→25.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2006 875 4 1 2886
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063111
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2124237
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057488
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008391
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.6141232
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A219X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.152
12D219X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.152
21A191X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.203
22D191X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.203
31B526X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.152
32C526X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.152
41B38X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.308
42C38X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.308
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.252-3.7210.3741500.3762335248590
3.721-4.6840.2951690.2682298246790
4.684-25.4530.2691610.2112309247086
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.4667 Å / Origin y: -15.5546 Å / Origin z: -49.2867 Å
111213212223313233
T0.5358 Å2-0.0575 Å2-0.0907 Å2-0.5278 Å20.0749 Å2--0.665 Å2
L1.6588 °2-0.6447 °2-0.5868 °2-1.6605 °20.5178 °2--6.4742 °2
S0.0696 Å °-0.118 Å °-0.2897 Å °-0.0551 Å °0.1144 Å °0.0057 Å °0.6826 Å °0.0664 Å °-0.0016 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA374 - 426
2X-RAY DIFFRACTION1allD375 - 424
3X-RAY DIFFRACTION1allB250 - 324
4X-RAY DIFFRACTION1allC250 - 323
5X-RAY DIFFRACTION1allM1 - 22
6X-RAY DIFFRACTION1allN1 - 21
7X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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