PDB-3n95: Crystal structure of human CRFR2 alpha extracellular domain in co...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n95

タイトル

Crystal structure of human CRFR2 alpha extracellular domain in complex with Urocortin 2

要素

Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain
Urocortin-2

キーワード

Membrane protein / Hormone / Class B-GPCR / Extracellular domain / CRFR2 alpha extracellular domain / Neuropeptide / Selectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

corticotropin-releasing hormone receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / hormone binding / Class B/2 (Secretin family receptors) / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / maltose binding / carbohydrate transport / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.72 Å

データ登録者

Pal, K. / Swaminathan, K. / Pioszak, A.A. / Xu, H.E.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural basis of ligand selectivity in human CRFR1 and CRFR2 alpha extracellular domain
著者: Pal, K. / Swaminathan, K. / Pioszak, A.A. / Xu, H.E.

履歴

登録	2010年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb3n95.ent.gz	296.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

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文書・詳細版	3n95_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/3n95 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/3n95	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n93SC 3n96C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n93-1 4g1b-d 8588 2aeq-1 4hpf-1 6gh4-d 20538 8587 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
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#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
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#221 - 2018年5月
ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines)
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グルカゴン (Glucagon)
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アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
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グルカン分解酵素 (Glucansucrase)
類似性 (1)
#208 - 2017年4月
グルコース輸送体 (Glucose Transporters)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

E: Urocortin-2

F: Urocortin-2

ヘテロ分子

217 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

E: Urocortin-2

ヘテロ分子

B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

F: Urocortin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
217 kDa, 6 ポリマー
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2

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

E: Urocortin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 3 ポリマー
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3

B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

F: Urocortin-2

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
109 kDa, 3 ポリマー
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4

A: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

ヘテロ分子

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53.5 kDa, 1 ポリマー
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5

B: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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6

C: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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7

D: Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.5 kDa, 1 ポリマー
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8

E: Urocortin-2

登録者が定義した集合体
1.74 kDa, 1 ポリマー
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9

F: Urocortin-2

登録者が定義した集合体
1.74 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.311, 212.068, 107.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.540, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	A	A	-369 - -6	3 - 366
2	1	LYS	LYS	ALA	ALA	1	B	B	-369 - -6	3 - 366
1	2	LYS	LYS	ALA	ALA	1	B	B	-369 - -6	3 - 366
2	2	LYS	LYS	ALA	ALA	1	C	C	-369 - -6	3 - 366
1	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	C	C	-369 - -6	3 - 366
2	3	LYS	LYS	ALA	ALA	1	D	D	-369 - -6	3 - 366
1	4	ALA	ALA	GLY	GLY	2	A	A	4 - 26	376 - 398
2	4	ALA	ALA	GLY	GLY	2	B	B	4 - 26	376 - 398
1	5	ALA	ALA	GLY	GLY	2	B	B	4 - 26	376 - 398
2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	2	C	C	4 - 26	376 - 398
1	6	ALA	ALA	GLY	GLY	2	C	C	4 - 26	376 - 398
2	6	ALA	ALA	GLY	GLY	2	D	D	4 - 26	376 - 398
1	7	SER	SER	GLU	GLU	2	A	A	38 - 99	410 - 471
2	7	SER	SER	GLU	GLU	2	B	B	38 - 99	410 - 471
1	8	SER	SER	GLU	GLU	2	B	B	38 - 99	410 - 471
2	8	SER	SER	GLU	GLU	2	C	C	38 - 99	410 - 471
1	9	SER	SER	GLU	GLU	2	C	C	38 - 99	410 - 471
2	9	SER	SER	GLU	GLU	2	D	D	38 - 99	410 - 471

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

#1: タンパク質

Maltose binding protein-CRFR2 alpha extracellular domain

分子量: 53146.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Human CRFR2 alpha / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9*PLUS

#2: タンパク質・ペプチド

Urocortin-2 / Urocortin II / Ucn II / Stresscopin-related peptide / Urocortin-related peptide

分子量: 1741.993 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 94-109 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Human Urocortin 2 / 参照: UniProt: Q96RP3

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 12% PEG 6000 0.1M ADA (pH 6.0) 0.1M MgCl2 12% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.72→50 Å / Num. obs: 62181 / % possible obs: 98.93 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 14.28
反射シェル	解像度: 2.72→2.82 Å / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.82

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N93

3n93

解像度: 2.72→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 30.68 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.374 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.266	3148	5.1 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.226	62071	98.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 220 Å² / B_iso mean: 24.744 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	0 Å²	-0.07 Å²
2-	-	1.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.72→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14722	0	92	272	15086

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	15186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.229	1.97	20659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.272	5	1891
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.617	25.618	671
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.93	15	2471
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.038	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	11554
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.217	1.5	9457
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.384	2	15133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.64	3	5725
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.004	4.5	5526

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	2826	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	2826	TIGHT THERMAL	0.09	0.5
2	B	2826	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	B	2826	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
3	C	2826	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	2826	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
4	A	92	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	A	75	MEDIUM POSITIONAL	0.06	0.5
4	A	92	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
4	A	75	MEDIUM THERMAL	0.08	2
5	B	92	TIGHT POSITIONAL	0.1	0.05
5	B	75	MEDIUM POSITIONAL	0.14	0.5
5	B	92	TIGHT THERMAL	0.14	0.5
5	B	75	MEDIUM THERMAL	0.15	2
6	C	92	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
6	C	75	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.5
6	C	92	TIGHT THERMAL	0.07	0.5
6	C	75	MEDIUM THERMAL	0.1	2
7	A	248	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
7	A	244	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
7	A	248	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
7	A	244	MEDIUM THERMAL	0.07	2
8	B	248	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
8	B	244	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.5
8	B	248	TIGHT THERMAL	0.08	0.5
8	B	244	MEDIUM THERMAL	0.13	2
9	C	248	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
9	C	244	MEDIUM POSITIONAL	0.04	0.5
9	C	248	TIGHT THERMAL	0.05	0.5
9	C	244	MEDIUM THERMAL	0.09	2

LS精密化シェル

解像度: 2.721→2.791 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	233	-
R_work	0.296	4175	-
all	-	4408	-
obs	-	-	97.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.065	-0.0504	0.4535	1.3907	-0.7573	3.1216	0.1445	-0.0532	-0.004	-0.0034	-0.0425	0.0585	0.1098	0.0111	-0.102	0.03	0.0053	0.024	0.0265	0.0215	0.0936	-2.8388	-32.5264	30.7809
2	1.0074	0.0004	-0.4626	1.4329	-0.8474	3.1051	0.1376	0.0539	-0.0112	0.0038	-0.0431	0.0441	-0.1156	-0.0041	-0.0945	0.0268	-0.0089	-0.0101	0.0424	0.0171	0.0902	24.0104	-72.1856	73.1671
3	1.4603	-0.7382	-0.095	2.4356	-0.6162	2.4326	0.1839	0.363	-0.1371	-0.6022	-0.1245	-0.1028	0.5434	0.202	-0.0594	0.2541	0.078	0.0166	0.2157	-0.0207	0.1677	1.1622	-28.2244	88.5556
4	1.5257	0.3996	0.7639	3.488	-2.4269	5.1791	0.0718	-0.2668	0.1409	1.1046	-0.1853	-0.158	-1.2751	0.2339	0.1135	0.4439	-0.0788	-0.0066	0.1534	-0.0209	0.1296	26.9997	-76.2536	15.3415
5	5.3111	2.4767	0.4863	2.5936	0.6021	0.8621	-0.0588	0.0604	-0.3052	-0.096	0.0847	0.0833	0.157	-0.4958	-0.0259	0.1759	-0.0506	0.0292	0.4309	0.044	0.3142	-13.8109	-8.5641	55.1959
6	5.84	-2.5334	-0.6071	2.5945	1.0719	0.66	-0.0979	-0.0419	0.4092	0.0425	-0.0385	0.187	-0.06	-0.3113	0.1365	0.1942	0.0593	-0.005	0.5229	0.0234	0.3777	12.734	-96.2772	49.2748
7	3.537	-1.3909	-0.7858	2.4649	0.7643	3.37	-0.1469	-0.1273	-0.0127	0.0028	0.1238	-0.2298	-0.3113	0.3277	0.0231	0.0705	-0.032	0.0011	0.1762	-0.0109	0.2185	14.0971	-9.5084	54.4607
8	3.0683	0.9016	1.2097	2.4747	1.0629	4.7523	-0.1618	0.1414	-0.0029	-0.0585	0.1837	-0.3188	0.4659	0.4063	-0.022	0.0864	0.0244	0.0397	0.1771	-0.0138	0.2174	40.9017	-95.35	49.214
9	0.1433	1.3729	-0.786	17.2055	-9.7934	5.582	0.2159	-0.2107	-0.1254	1.5717	-0.3531	-0.0938	-0.8245	0.3362	0.1372	0.8412	0.5421	-0.2485	1.4299	0.3053	0.6508	16.9881	-16.6148	71.6958
10	13.5526	-1.5866	15.5627	0.7085	-3.0933	21.1648	-0.9402	1.3631	0.8059	-0.3348	0.2724	-0.0223	-0.3316	0.3961	0.6678	0.9689	-0.2292	0.0714	0.6199	0.1116	0.3666	43.4534	-88.1144	32.25

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-369 - 2
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-369 - 2
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-369 - 2
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-369 - 2
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	3 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	3 - 102
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 102
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	3 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	E	26 - 42
10	X-RAY DIFFRACTION	10	F	26 - 42

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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