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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n93 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human CRFR2 alpha extracellular domain in complex with Urocortin 3 | |||||||||
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![]() | Membrane protein / Hormone / Class B-GPCR / Extracellular domain / CRFR2 alpha extracellular domain / Neuropeptide / Selectivity | |||||||||
機能・相同性 | ![]() corticotropin-releasing hormone receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of membrane potential / varicosity / Class B/2 (Secretin family receptors) / digestion / response to corticosterone / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / response to starvation ...corticotropin-releasing hormone receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 2 binding / positive regulation of membrane potential / varicosity / Class B/2 (Secretin family receptors) / digestion / response to corticosterone / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / response to starvation / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / response to immobilization stress / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / cellular response to nutrient levels / hormone-mediated signaling pathway / response to glucose / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / axon terminus / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / cellular response to hypoxia / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / extracellular space / extracellular region / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Pal, K. / Swaminathan, K. / Pioszak, A.A. / Xu, H.E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of ligand selectivity in human CRFR1 and CRFR2 alpha extracellular domain 著者: Pal, K. / Swaminathan, K. / Pioszak, A.A. / Xu, H.E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 376.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 309.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 6
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53146.746 Da / 分子数: 2 / 断片: extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | | 分子量: 1692.963 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 142-157 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: 多糖 | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.83 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 9% PEG 4000 0.1M Sodium acetate 16% Glycerol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 42571 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 19.64 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3C4M 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 20.406 / SU ML: 0.215 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 133.14 Å2 / Biso mean: 38.404 Å2 / Biso min: 2 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.489→2.554 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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