PDB-3n7z: Crystal structure of acetyltransferase from Bacillus anthracis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n7z

タイトル

Crystal structure of acetyltransferase from Bacillus anthracis

要素

Acetyltransferase, GNAT family

キーワード

TRANSFERASE / PSI2 / MCSG / structural genomics / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Chang, C. / Wu, R. / Gornicki, P. / Zhang, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Biochemical and Structural Analysis of an Eis Family Aminoglycoside Acetyltransferase from Bacillus anthracis.
著者: Green, K.D. / Biswas, T. / Chang, C. / Wu, R. / Chen, W. / Janes, B.K. / Chalupska, D. / Gornicki, P. / Hanna, P.C. / Tsodikov, O.V. / Joachimiak, A. / Garneau-Tsodikova, S.

履歴

登録	2010年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年6月17日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n7z.cif.gz	899.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n7z.ent.gz	755.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7z	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2hv2-d 4my3-d 2ozg-1 6rfy-d 6vv3-1 6vux-1 3ryo-2 6yca-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC68255.1

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetyltransferase, GNAT family

B: Acetyltransferase, GNAT family

C: Acetyltransferase, GNAT family

D: Acetyltransferase, GNAT family

E: Acetyltransferase, GNAT family

F: Acetyltransferase, GNAT family

ヘテロ分子

279 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.429, 176.859, 109.973
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 105.73, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

hexamer as is

#1: タンパク質	Acetyltransferase, GNAT family 分子量: 46460.934 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS2743 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q6HXD7
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.88 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M sodium HEPES, 20% PEG3350, 0.2M sodium chloride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月19日
放射	モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. all: 75598 / Num. obs: 75594 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.8 % / R_merge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 2.75→2.77 Å / 冗長度: 9.5 % / R_merge(I) obs: 0.929 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
ARP/wARP		モデル構築
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.75→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 29.489 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.351
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24238	3782	5 %	RANDOM
R_work	0.18725	-	-	-
obs	0.19005	71443	99.43 %	-
all	-	75225	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.946 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.85 Å²	0 Å²	-0.87 Å²
2-	-	-1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18924	0	6	92	19022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	19366
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.197	1.953	26166
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.205	5	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.53	24.369	975
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.131	15	3516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.638	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	2827
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	14625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.554	1.5	11422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.069	2	18462
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.639	3	7944
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.691	4.5	7704
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.811	3	19366
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.751→2.822 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	285	-
R_work	0.237	5190	-
obs	-	-	98.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4866	2.4411	2.6196	5.4615	3.9984	6.1257	-0.264	0.7047	-0.0697	-0.6043	0.7104	-0.8303	0.0336	1.1345	-0.4464	0.1729	0.018	0.0358	0.3303	-0.0816	0.3168	30.1914	96.2068	105.3219
2	1.6993	-1.736	-0.4485	3.7413	2.3089	3.9171	-0.0094	-0.1837	-0.2964	0.2715	0.188	0.0189	0.3219	0.0459	-0.1786	0.0904	-0.0218	-0.0709	0.0653	0.0495	0.116	21.6885	100.6019	116.3197
3	7.9907	-0.3923	4.2384	0.08	-0.5832	4.5904	0.1287	-0.0865	-0.9714	-0.0742	0.051	0.0036	0.4681	-0.2726	-0.1796	0.1229	-0.0574	-0.006	0.033	0.0114	0.2706	11.0838	102.051	113.2018
4	4.5325	0.5055	0.9185	2.1667	-0.6808	2.2228	-0.0195	0.2768	-0.0213	0.0049	0.0146	0.0934	0.0103	0.0564	0.0049	0.0952	0.0141	0.0115	0.0707	-0.0247	0.0182	14.8385	125.6068	99.0075
5	5.2205	-0.3906	-0.1405	2.7578	-1.3097	4.3176	-0.04	-0.7758	-0.1945	0.5835	0.1312	0.1474	-0.2847	-0.3261	-0.0912	0.1845	0.0104	0.0043	0.2004	0.1067	0.1063	6.688	110.1362	129.4989
6	1.0993	-0.6109	1.3546	6.3453	-1.0858	1.718	0.2231	0.1777	-0.1851	0.0279	0.0979	0.0149	0.367	0.0977	-0.3211	0.3385	-0.0342	-0.1305	0.5105	0.0341	0.3753	13.4867	115.823	111.218
7	7.5215	0.1319	1.7609	8.8568	0.8274	3.3476	-0.0535	-0.2389	0.4466	0.4535	-0.1214	-0.9663	-0.5407	0.3383	0.175	0.1841	-0.0555	0.019	0.2706	0.1104	0.3711	30.6793	89.5944	60.7948
8	2.8767	1.9775	-0.9882	2.4491	0.4087	1.6681	-0.2163	0.2749	-0.0972	-0.2663	0.1036	-0.1121	0.0229	-0.0049	0.1127	0.1667	0.0317	0.052	0.2099	0.031	0.124	22.5987	76.8689	59.2556
9	8.1812	-3.9698	-5.5927	2.1527	2.8504	3.9063	0.3339	0.5512	0.3719	-0.4271	-0.193	0.0477	-0.4026	-0.3213	-0.1409	0.3919	-0.0787	-0.1675	0.096	0.1143	0.3129	11.8834	78.9942	62.2308
10	3.8037	-1.0108	-0.5264	1.7997	0.3379	2.2454	0.0099	-0.1335	0.3267	0.0234	0.066	-0.0787	-0.0041	0.0139	-0.0759	0.0994	-0.0382	0.0071	0.0243	0.0011	0.081	15.3794	78.9253	89.7735
11	4.9623	0.3527	-0.0704	4.2978	1.1906	2.8651	-0.2066	0.185	-0.5501	-0.1151	0.1011	0.1174	0.4903	-0.2422	0.1055	0.225	-0.0491	0.0602	0.0925	-0.0265	0.0772	8.0096	60.3398	60.8141
12	7.7406	2.4708	-5.1281	4.5909	-3.4687	4.2817	0.1261	0.2342	0.3844	0.0936	0.2577	0.3894	-0.131	-0.2569	-0.3838	0.215	0.0503	0.0095	0.2778	0.0119	0.2885	14.4138	73.7273	75.0055
13	6.9969	2.3742	-2.4097	3.1829	-1.7658	6.9864	0.0317	0.0391	-0.2556	0.3905	-0.1664	-0.7984	0.532	1.0647	0.1347	0.222	0.0335	-0.1072	0.3823	0.0589	0.287	30.3735	129.1734	76.4957
14	1.8862	0.3936	1.2899	1.8284	-1.6013	4.4235	0.0108	-0.1401	0.213	-0.0209	0.0163	0.0425	-0.4106	0.1031	-0.0271	0.168	-0.0646	0.0631	0.1838	0.0465	0.1067	22.2659	137.3829	66.8472
15	4.8846	1.6597	-0.0189	3.601	-1.0107	0.3334	0.0242	-0.7624	0.1462	0.7378	-0.0509	0.0142	-0.241	-0.0738	0.0267	0.3485	-0.0435	0.0099	0.3608	0.0572	0.1923	11.4983	133.5281	66.9176
16	3.4674	0.5748	-0.4707	3.0832	-0.1023	1.3562	-0.0263	-0.1625	-0.1175	-0.1171	-0.1078	-0.1059	0.0072	-0.033	0.1341	0.122	-0.021	0.0117	0.1595	0.1215	0.1228	15.1673	110.545	52.5457
17	4.76	-0.9091	-0.0101	5.5313	0.2018	3.6132	0.0295	0.6375	0.5427	-0.8606	-0.1246	0.3868	-0.5779	-0.1254	0.0951	0.3683	0.0047	-0.0884	0.1748	0.1512	0.1881	7.8576	145.1962	53.1484
18	4.2581	2.5304	-1.6215	4.1855	2.6649	5.5332	0.0049	0.1391	-0.0354	0.3564	-0.0083	0.0761	0.3064	0.0092	0.0034	0.3959	-0.0565	0.0111	0.407	0.1108	0.4725	14.0199	125.9419	55.6247
19	5.1189	1.3578	0.7285	7.8375	1.1919	2.8506	-0.1687	0.3389	1.1336	-0.1436	0	1.2381	-0.4266	-0.4531	0.1687	0.0835	0.0416	0.0358	0.2097	0.1102	0.7702	-31.319	84.9804	97.0868
20	2.2807	-1.4161	-2.4448	5.9127	1.2824	3.0111	-0.0462	-0.1288	0.227	0.3886	0.0378	0.3141	0.2019	0.1324	0.0084	0.1306	-0.0695	0.0689	0.1263	0.1034	0.384	-22.8866	72.8839	96.1706
21	4.8465	3.4886	-3.2079	5.6234	-3.8438	4.5565	0.3149	-0.421	0.5155	0.8173	0.0087	0.2601	-0.4139	0.5702	-0.3236	0.2263	-0.007	-0.0494	0.237	0.0151	0.2774	-12.1161	75.7688	93.4532
22	4.552	0.7788	-0.4057	2.537	-1.0264	2.5312	0.1122	0.1828	0.0708	-0.1535	0.074	0.1122	0.1165	0.0307	-0.1862	0.0889	0.0013	-0.0458	0.0767	0.0394	0.1021	-15.7605	80.5595	66.6719
23	5.0895	-1.629	1.2046	4.9778	-2.9359	2.9411	0.0249	0.1188	-0.3935	-0.3116	0.096	0.131	0.4937	0.0581	-0.1209	0.2075	-0.025	-0.0283	0.0352	-0.003	0.0346	-8.057	57.2322	91.8132
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25	6.9068	1.0637	-2.2363	4.1344	0.2889	5.5949	-0.2133	0.6757	-0.3026	-0.4578	0.143	0.4918	0.2838	-0.9077	0.0703	0.0856	-0.0205	-0.0782	0.3301	-0.0815	0.2191	-31.4837	128.8248	88.8772
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34	3.7716	-0.132	0.6968	1.8638	0.7809	3.2526	-0.0045	-0.2414	0.2083	0.0076	-0.0269	-0.0696	-0.1783	0.0087	0.0314	0.1129	-0.0005	0.0118	0.1442	0.0718	0.1309	-16.2008	128.8772	65.8604
35	6.2375	0.5151	-1.3691	3.7841	0.8349	6.5818	0.0165	0.8584	0.3304	-0.6409	-0.0443	-0.2649	-0.3163	-0.0753	0.0278	0.209	0.0029	0.0114	0.235	0.1282	0.0963	-8.6386	118.4496	33.0821
36	1.0481	-0.7252	2.0852	2.5091	0.8491	6.7989	-0.0287	0.0469	-0.0684	-0.1258	0.0807	0.125	-0.3477	0.2741	-0.052	0.2446	-0.0704	-0.069	0.4028	0.0644	0.3475	-14.9605	121.2121	52.1625

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	6 - 64
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	65 - 113
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	115 - 136
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	137 - 278
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	279 - 380
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	381 - 390
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	6 - 64
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	65 - 113
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	115 - 136
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	137 - 278
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	279 - 380
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	381 - 390
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	6 - 64
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	65 - 113
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	115 - 136
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	137 - 278
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	279 - 380
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	381 - 390
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	6 - 64
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	65 - 113
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	D	279 - 380
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	6 - 64
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	E	115 - 136
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35	X-RAY DIFFRACTION	35	F	279 - 380
36	X-RAY DIFFRACTION	36	F	381 - 390

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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