PDB-3n7h: Crystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Anopheles gam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n7h

タイトル

Crystal structure of Odorant Binding Protein 1 from Anopheles gambiae (AgamOBP1) with DEET (N,N-Diethyl-meta-toluamide) and PEG

要素

Odorant binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / INSECT ODORANT BINDING PROTEIN / OBP1 / AgamOBP1 / DEET / N / N-Diethyl-meta-toluamide / OLFACTION

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / response to stimulus / sensory perception of smell
類似検索 - 分子機能

生物種

Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Tsitsanou, K.E. / Zographos, S.E.

引用

ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2012
タイトル: Anopheles gambiae odorant binding protein crystal complex with the synthetic repellent DEET: implications for structure-based design of novel mosquito repellents.
著者: Tsitsanou, K.E. / Thireou, T. / Drakou, C.E. / Koussis, K. / Keramioti, M.V. / Leonidas, D.D. / Eliopoulos, E. / Iatrou, K. / Zographos, S.E.

履歴

登録	2010年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年1月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n7h.cif.gz	140.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n7h.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n7h_validation.pdf.gz	820 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n7h_full_validation.pdf.gz	824 KB	表示
XML形式データ	3n7h_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	3n7h_validation.cif.gz	24.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2erbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2erb-d 4fqt-d 2fn9-2 3aj6-1 3ogn-d 4eob-5 2itj-d 3e5s-d 4iyb-d 2dry-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Odorant binding protein

B: Odorant binding protein

ヘテロ分子

32.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.930, 63.540, 68.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Odorant binding protein 分子量: 14547.619 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 20-144 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ) 遺伝子: AgamOBP1, OBP-1 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): OrigamiB(DE3) / 参照: UniProt: Q8T6S0

-
非ポリマー , 6種, 365分子

#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-MOH / METHANOL / ヒドロキシメチリジンラジカル分子量: 32.042 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₄O
#4: 化合物	ChemComp-DE3 / N,N-diethyl-3-methylbenzamide / DEET 分子量: 191.269 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₇NO
#5: 化合物	ChemComp-PEU / 2,5,8,11,14,17,20,23,26,29,32,35,38,41,44,47,50,53,56,59,62,65,68,71,74,77,80-HEPTACOSAOXADOOCTACONTAN-82-OL / PEG 8000 分子量: 1221.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₁₁₂O₂₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 32% PEG 8000, 250 mM MgCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.81 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射	モノクロメーター: Double crystal Si(111), horizontally focusing プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.598→63.54 Å / Num. all: 32525 / Num. obs: 32525 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5 % / B_iso Wilson estimate: 21.5 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.6→1.68 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique all: 4578 / R_sym value: 0.414 / % possible all: 98.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.72 Å	31.77 Å
Translation	1.72 Å	31.77 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.16	データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MAR345		データ収集
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ERB

2erb

解像度: 1.6→63.54 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.193 / WR_factor R_work: 0.166 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.894 / SU B: 3.764 / SU ML: 0.06 / SU R Cruickshank DPI: 0.101 / SU R_free: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	1642	5.1 %	RANDOM
R_work	0.172	-	-	-
all	0.174	32525	-	-
obs	0.174	32416	98.75 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 73.12 Å² / B_iso mean: 16.734 Å² / B_iso min: 8.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.31 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.65 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.17 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→63.54 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2034	0	76	349	2459

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2343
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.278	1.994	3181
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.206	5	290
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.187	25.14	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.98	15	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.55	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	322
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.348	1.5	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.691	2	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.464	3	979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.442	4.5	940

LS精密化シェル

解像度: 1.598→1.639 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	133	-
R_work	0.248	2168	-
all	-	2301	-
obs	-	-	97.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	10.5887	0.2567	-11.2289	1.2589	5.664	30.3619	1.4545	1.2348	-0.6354	-0.5466	-0.972	0.1054	-0.8004	-2.7014	-0.4825	0.5544	0.1774	-0.3486	0.2378	-0.0385	0.1801	3.9646	-8.7889	5.2032
2	5.6699	-1.0311	3.306	0.7531	-1.1463	5.2219	-0.0005	0.3995	0.0691	-0.3143	-0.0974	-0.1021	0.1285	0.3615	0.0979	0.1752	0.0124	0.0422	0.0987	0.0036	0.0737	17.993	-11.7346	8.9312
3	7.642	0.5268	-1.3026	3.8084	-1.5949	4.0903	-0.0552	0.1366	-0.1018	-0.1805	0.0933	-0.133	-0.0017	0.2291	-0.0381	0.0875	0.003	0.0119	0.1087	-0.003	0.099	20.9754	-14.118	22.7282
4	0.7334	-0.2826	0.1641	1.5349	-0.5354	2.0478	0.003	0.025	-0.0585	-0.0538	-0.0023	0.0378	0.1002	0.007	-0.0007	0.1097	-0.0007	0.0066	0.1007	0.003	0.1018	10.3691	-15.145	23.7124
5	3.9763	0.9823	-2.2338	0.4453	-3.1894	3.7497	-0.28	0.1798	-0.1557	-0.1492	0.3819	0.1574	0.2909	-0.6065	-0.1018	0.1352	-0.0336	-0.0231	0.1177	0.0237	0.1473	1.0547	-11.768	19.2776
6	1.115	0.5651	-0.4322	1.9776	-0.4427	0.875	0.0095	-0.0401	0.0403	0.0737	0.0099	-0.0499	-0.0313	0.056	-0.0194	0.0986	0.0061	-0.001	0.1096	-0.0035	0.0991	16.57	-1.7373	25.516
7	1.0571	-0.9636	-0.7102	1.5625	1.1719	1.3901	0.0721	0.1251	0.0326	-0.1415	-0.0114	-0.0203	-0.0939	0.0206	-0.0607	0.1098	-0.0066	0.0102	0.0932	0.0135	0.0836	14.0977	3.5245	11.7374
8	3.3299	0.8109	0.2727	6.9176	-1.2413	4.9243	0.0348	-0.0807	0.1912	0.1424	0.1018	0.2758	-0.2481	-0.1498	-0.1366	0.1158	0.0086	0.023	0.108	-0.0022	0.1002	7.8611	1.3945	30.7545
9	0.4134	-0.2168	0.4314	1.103	-0.2472	1.7722	0.0308	0.023	0.0262	-0.0521	0.0082	0.0123	0.0107	-0.0771	-0.0389	0.0922	-0.0053	0	0.1128	0.0121	0.0999	6.9931	-3.6769	16.2955
10	1.9453	-0.4146	2.4518	2.6863	-1.346	6.8311	0.0644	0.1556	-0.0601	-0.2858	0.0001	-0.1247	0.0858	0.0371	-0.0645	0.1361	-0.0004	-0.0093	0.095	-0.0104	0.0768	15.6199	24.9124	-2.8472
11	0.4413	-0.2252	0.2498	3.6679	2.9915	4.0946	0.0903	0.1847	-0.0523	-0.2985	-0.126	0.1715	-0.2173	-0.2181	0.0357	0.0764	0.0356	-0.0252	0.1569	-0.0088	0.0887	4.6246	31.7236	7.7407
12	2.0442	-1.5235	-0.07	3.2362	2.8218	6.7329	-0.0059	-0.1363	0.0626	0.0134	-0.0024	0.1115	0.0477	-0.2196	0.0084	0.1016	0.0013	0.0005	0.0802	0.0009	0.1147	11.8078	39.4934	17.4011
13	9.4079	0.8579	-2.4313	14.2062	3.9471	12.8035	0.3725	0.3046	0.4993	-0.7038	0.0099	-0.0433	-0.6206	-0.148	-0.3824	0.1387	-0.0107	0.0199	0.0933	0.0283	0.0949	17.0966	37.7776	8.4203
14	1.4066	-0.1974	0.3254	1.1331	0.6939	0.9783	0.004	-0.0542	-0.017	-0.0272	0.0014	0.0397	-0.0465	0.0381	-0.0054	0.1098	0.0064	-0.0055	0.1009	-0.0027	0.1224	14.4607	29.7181	16.2277
15	1.1423	0.2081	-0.213	0.8286	0.1216	1.339	-0.0545	0.0758	-0.0919	-0.0621	0.0107	0.0334	0.0908	-0.0547	0.0438	0.1128	-0.008	0.0014	0.0871	-0.0073	0.116	8.9342	15.596	10.5503
16	1.5145	-2.1711	-0.7134	6.6189	1.2854	0.27	-0.0817	-0.2087	0.1462	0.5464	0.2405	-0.3361	0.0893	0.1624	-0.1589	0.1209	0.0095	-0.0373	0.1158	-0.0331	0.1369	18.6355	17.2945	22.4026
17	0.4132	-0.1592	-0.3894	1.1279	0.5491	1.9133	0.0202	-0.0064	-0.0331	-0.0223	0.0005	0.0331	0.0416	0.0175	-0.0207	0.0982	-0.0002	-0.0059	0.1126	-0.0095	0.115	17.9563	23.6537	12.655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 5
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	6 - 19
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	20 - 26
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	27 - 41
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	42 - 47
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	48 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	76 - 98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	99 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	107 - 125
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	1 - 10
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	11 - 26
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	27 - 33
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	34 - 38
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	39 - 68
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	69 - 94
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	95 - 101
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	102 - 125

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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