ソフトウェア 名称 バージョン 分類 NB DENZOデータ削減 Show SCALEPACKデータスケーリング Show PHASER位相決定 Show PHENIX1.5_2精密化 Show PDB_EXTRACT3.1 データ抽出 Show HKL-2000データ削減 HKL-2000データスケーリング
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : PDB ENTRY 3DSO解像度 : 2.149→24.852 Å / Occupancy max : 1 / Occupancy min : 0.3 / SU ML : 0.34 / Isotropic thermal model : Isotropic with TLS / 交差検証法 : Throught / σ(F) : 0 / σ(I) : 0 / 立体化学のターゲット値 : MLRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.276 604 9.85 % Random Rwork 0.219 - - - obs 0.224 6130 96.7 % - all - 6130 - -
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol : 53.142 Å2 / ksol : 0.415 e/Å3 原子変位パラメータ Biso max : 121.54 Å2 / Biso mean : 49.489 Å2 / Biso min : 23.81 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -8.098 Å2 0 Å2 -4.734 Å2 2- - 5.322 Å2 -0 Å2 3- - - 2.776 Å2
精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 2.149→24.852 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 858 0 3 7 868
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.005 876 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d0.989 1166 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.063 128 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.003 151 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d16.565 331
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 4
解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all Num. reflection obs % reflection obs (%)2.149-2.365 0.305 146 0.25 1375 1521 1543 96 2.365-2.707 0.345 164 0.24 1371 1535 1531 98 2.707-3.409 0.303 145 0.222 1386 1531 1535 98 3.409-24.854 0.242 149 0.204 1394 1543 1521 95
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 2.8495 0.6976 0.4385 0.1379 -0.025 0.7515 -0.0724 0.1076 0.2507 0.0769 -0.0362 -0.0127 0.0071 0.1367 -0 0.2741 -0.01 0.01 0.2052 -0.0476 0.3203 -14.8014 -9.9926 3.5477 2 1.9347 -0.0311 1.5968 0.1589 0.2372 1.6338 0.251 -0.2375 -0.0097 0.2593 -0.0802 0.0094 0.1085 0.1908 0 0.3689 -0.0468 -0.0324 0.3831 0.0079 0.2512 4.9427 -12.2965 15.1768
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain A and resseq 5:63A5 - 63 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain B and resseq 6:63B6 - 63