PDB-3n76: Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n76

タイトル

Crystal structure of 3-dehydroquinate dehydratase from Mycobacterium tuberculosis in complex with compound 5

要素

3-dehydroquinate dehydratase

キーワード

LYASE/LYASE INHIBITOR / dehydroquinate dehydratase / aroD / shikimate pathway / drug discovery / mycobacterium tuberculosis / LYASE / LYASE-LYASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dias, M.V.B. / Snee, W.C. / Bromfield, K.M. / Payne, R. / Palaninathan, S.K. / Ciulli, A. / Howard, N.I. / Abell, C. / Sacchettini, J.C. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2011
タイトル: Structural investigation of inhibitor designs targeting 3-dehydroquinate dehydratase from the shikimate pathway of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Dias, M.V. / Snee, W.C. / Bromfield, K.M. / Payne, R.J. / Palaninathan, S.K. / Ciulli, A. / Howard, N.I. / Abell, C. / Sacchettini, J.C. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2010年5月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年2月29日	Group: Structure summary
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n76.cif.gz	46.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n76.ent.gz	32.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n76.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n76 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/3n76	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n59C 3n7aC 3n86C 3n87C 3n8kC 3n8nC 1h0rS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3n87-2 4kiw-2 4kiu-1 3n87-1 4kij-1 3n8n-2 4ciw-1 3n7a-2 3n7a-1 4ki7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (8)

登録構造単位

A: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-dehydroquinate dehydratase

ヘテロ分子

x 12

ソフトウェアが定義した集合体
193 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_445	-x-1,-y-1,z	1
crystal symmetry operation	3_454	-x-1,y,-z-1	1
crystal symmetry operation	4_544	x,-y-1,-z-1	1
crystal symmetry operation	5_555	z,x,y	1
crystal symmetry operation	6_544	z,-x-1,-y-1	1
crystal symmetry operation	7_445	-z-1,-x-1,y	1
crystal symmetry operation	8_454	-z-1,x,-y-1	1
crystal symmetry operation	9_555	y,z,x	1
crystal symmetry operation	10_454	-y-1,z,-x-1	1
crystal symmetry operation	11_544	y,-z-1,-x-1	1
crystal symmetry operation	12_445	-y-1,-z-1,x	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.410, 126.410, 126.410
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	196
Space group name H-M	F23

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-163- HOH
2	1	A-225- HOH
3	1	A-248- HOH

#1: タンパク質	3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinase / Type II DHQase 分子量: 15807.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: aroD, aroQ, MT2612, MTCY159.19, Rv2537c / プラスミド: pET28(a) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A4Z6, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物	ChemComp-CA2 / (1S,3R,4R,5S)-1,3,4-TRIHYDROXY-5-(3-PHENOXYPROPYL)CYCLOHEXANECARBOXYLIC ACID / 1,3,4-TRIHYDROXY-5-(3-PHENOXYPROPYL)-CYCLOHEXANE-1-CARBOXYLIC ACID / 1,3β,4α-トリヒドロキシ-5β-(3-フェノキシプロピル)シクロヘキサン-1β-カルボン酸分子量: 310.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.8 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Hepes, pH7.5 peg 6000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97825 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009 詳細: Si(111) monochromator. Mirror 1: Grazing angle 2.8 mrad, vertical focusing. Mir ror 2: vertical and horizontal focusing.
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97825 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→31.6 Å / Num. all: 13318 / Num. obs: 13302 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / B_iso Wilson estimate: 17.725 Å² / R_merge(I) obs: 0.133 / R_sym value: 0.121 / Net I/σ(I): 5.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.805 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 1929 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H0R

1h0r

解像度: 1.9→31.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 2.987 / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22147	654	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17528	-	-	-
all	0.18572	13318	-	-
obs	0.17753	12624	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.439 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1083	0	22	161	1266

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.021	1124
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.104	1.983	1532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.505	5	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.078	23.265	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.295	15	175
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.644	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.169	0.2	182
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	851
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.308	1.5	707
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.068	2	1128
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.216	3	417
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.928	4.5	404
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.901→1.951 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	50	-
R_work	0.259	930	-
obs	-	-	100 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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