PDB-3n5m: Crystals structure of a Bacillus anthracis aminotransferase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n5m

タイトル

Crystals structure of a Bacillus anthracis aminotransferase

要素

Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / Aminotransferase / Bacillus anthracis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / DiLeo, R. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystals structure of a Bacillus anthracis aminotransferase
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / DiLeo, R. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年5月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年12月14日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	4bq0-d 4e3r-d 3a8u-1 4b9b-1 3q8n-d 5lha-d 6s54-d 4e3q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP01705

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

B: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

C: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

D: Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase

ヘテロ分子

206 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.414, 176.176, 80.059
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	chain A and (resseq 5:449 )	A	5 - 449
2	1	1	chain B and (resseq 5:449 )	B	5 - 449
3	1	1	chain C and (resseq 5:449 )	C	5 - 449
4	1	1	chain D and (resseq 5:449 )	D	5 - 449

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.987306, -0.004251, -0.158776), (0.001283, -0.999823, 0.018785), (-0.158828, 0.018343, 0.987136)	92.390297, 213.705994, 5.40513
2	given	(0.894149, 0.422611, 0.147981), (0.422186, -0.9058, 0.035842), (0.149189, 0.030428, -0.98834)	-43.5923, 184.498001, 31.882601
3	given	(-0.908735, -0.417249, 0.01021), (-0.417216, 0.907446, -0.049714), (0.011478, -0.049436, -0.998711)	129.595001, 29.581301, 46.846901

#1: タンパク質	Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase 分子量: 51225.676 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Sterne / 遺伝子: BAS1519, BA_1636, GBAA1636, GBAA_1636 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q6I0U5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1038 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	CLONING ERROR

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.57 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 3350,100mM Na Formate,100mM Li Sulfate, 100mM Bis-Tris, pH 7, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月12日 / 詳細: beryllium lens
放射	モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 108118 / Num. obs: 106929 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.097 / Χ²: 1.016 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 10035 / Χ²: 0.984 / % possible all: 93.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.6.1_357	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→34.85 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.44 / σ(I): 2.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.193	5314	4.99 %
R_work	0.156	-	-
obs	0.158	106428	98.92 %
all	-	107612	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.827 Å² / k_sol: 0.332 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 330.23 Å² / B_iso mean: 36.71 Å² / B_iso min: 6.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	8.808 Å²	-0 Å²	-4.238 Å²
2-	-	-9.932 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.124 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→34.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14124	0	48	1038	15210

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14663
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.225	19832
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	2122
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2581
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.41	5540

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	3419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.411
1	2	B	3419	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.411
1	3	C	3394	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.321
1	4	D	3430	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.432

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.05-2.123	0.296	505	0.244	9516	10021	9516	93.3
2.123-2.208	0.262	508	0.208	10007	10515	10007	98
2.208-2.309	0.231	518	0.188	10217	10735	10217	99.9
2.309-2.43	0.242	506	0.18	10224	10730	10224	100
2.43-2.583	0.215	551	0.17	10186	10737	10186	100
2.583-2.782	0.22	538	0.168	10171	10709	10171	100
2.782-3.062	0.201	556	0.167	10199	10755	10199	99.9
3.062-3.504	0.201	539	0.153	10227	10766	10227	99.8
3.504-4.414	0.143	559	0.117	10142	10701	10142	99.1
4.414-34.855	0.157	534	0.135	10225	10759	10225	99.2

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.093	0.7248	0.2835	5.7148	2.4753	1.2696	0.0908	-0.204	-0.0483	-0.4019	0.0258	-0.5654	-0.2541	-0.0288	-0.1695	0.2294	-0.043	-0.0587	0.2156	0.0197	0.5417	60.9128	144.1855	20.0895
2	0.7428	-0.3835	0.0401	1.5651	-0.181	0.342	-0.0139	0.1266	0.1803	-0.1089	-0.0377	-0.1401	0.0002	0.0081	0.0436	0.0867	0.0007	-0.0137	0.108	0.0564	0.163	38.5714	129.5006	10.9163
3	0.5118	-0.3262	0.1312	1.4313	-0.2628	0.1335	0.0672	0.1065	0.0907	-0.3173	-0.0711	0.1277	0.0261	-0.0337	-0.0063	0.2142	0.0164	-0.0361	0.1969	0.05	0.2196	32.7345	124.2517	4.3721
4	0.8873	-0.7577	0.0155	1.2725	0.1741	0.2745	0.1891	0.2228	0.5014	-0.57	-0.1712	-0.8284	-0.0289	0.1615	-0.0042	0.3887	0.0344	0.2299	0.2963	0.2001	0.5487	55.9554	134.6225	-5.865
5	0.3915	-0.6667	-0.0095	1.3629	0.2606	0.2578	0.0248	-0.0328	-0.084	-0.1843	-0.0155	0.5084	-0.0594	-0.0382	0.0069	0.1404	-0.025	0.0122	0.1879	-0.0253	0.3212	28.739	70.885	18.5846
6	0.1473	-0.2235	0.0639	1.0491	-0.0052	0.3026	-0.0159	0.0336	-0.095	-0.1576	-0.0709	-0.1892	0.0932	0.0824	0.0856	0.0946	0.0306	0.0554	0.1315	-0.009	0.2214	54.3832	70.4244	13.8504
7	0.4923	-0.3296	0.103	1.4014	-0.2419	0.2041	0.0181	0.0836	0.0499	-0.2668	-0.0766	-0.2815	-0.0241	0.0721	0.0452	0.1299	0.0074	0.0608	0.1523	0.0264	0.1805	55.8268	92.1049	8.3028
8	0.1998	-0.1061	0.1076	1.5099	0.0015	0.1826	0.0481	0.1238	-0.1216	-0.6332	-0.0862	0.2737	-0.057	-0.0191	0.0207	0.413	0.0342	-0.0689	0.2425	-0.068	0.219	37.6295	79.2132	-6.9048
9	0.0185	0.0398	-0.0531	0.3672	-0.1485	0.1833	-0.1058	-0.0754	-0.0172	0.074	0.0615	-0.3538	0.0071	0.0969	0.0651	0.1837	0.0405	-0.0028	0.3101	0.0717	0.4789	75.0723	79.9791	25.1952
10	0.3735	-0.1893	0.0001	0.7338	-0.1197	0.3013	-0.0264	0.009	-0.1815	0.1449	0.0026	-0.0652	0.0778	-0.0021	0.0189	0.1191	0.0371	0.0145	0.1265	0.0156	0.2256	51.0778	70.3229	30.1223
11	0.4744	-0.2318	0.0727	1.5163	-0.0375	0.2367	-0.1111	-0.0364	-0.0379	0.3363	0.0719	0.0549	-0.0481	-0.013	0.0231	0.1482	0.0317	0.0308	0.1196	0.0093	0.1136	40.2422	89.8118	34.2669
12	0.2477	-0.3286	0.0675	1.2514	-0.0811	0.3785	-0.2031	-0.1509	0.0208	0.6419	0.1358	-0.5134	-0.0701	0.0926	0.0342	0.4407	0.0903	-0.1732	0.2245	0.0043	0.2559	61.5799	85.4378	50.3893
13	0.3788	0.6757	-0.1108	1.5417	0.1796	0.4529	0.0465	0.3055	0.2611	0.1494	0.0822	0.4274	0.0503	-0.1506	-0.1101	0.1733	0.0286	-0.0016	0.2834	0.1173	0.4317	15.9808	132.0136	20.2361
14	0.6752	-0.0879	-0.0115	0.8774	-0.5038	0.2928	-0.0312	-0.0037	0.3111	0.3271	0.0436	-0.2072	-0.2275	0.0215	0.0021	0.2544	0.0332	-0.063	0.1412	-0.0013	0.3717	36.779	144.0942	28.4446
15	0.4689	-0.1502	-0.0077	1.6552	-0.3351	0.1056	-0.1568	-0.0799	0.1293	0.4608	0.0948	-0.253	-0.0951	0.0308	0.0613	0.2756	0.0381	-0.0994	0.1262	-0.0163	0.1995	45.7844	119.8342	37.1856
16	0.7406	-0.3395	-0.3447	1.5681	-0.1484	0.5316	-0.1352	-0.0712	0.231	0.5635	0.1603	-0.025	-0.1209	0.0135	-0.0309	0.3521	0.0666	-0.0338	0.1738	-0.0096	0.209	33.7729	131.9534	39.4025

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -1:30)	A	-1 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 31:188)	A	31 - 188
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 189:346)	A	189 - 346
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 347:449)	A	347 - 449
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 1:30)	B	1 - 30
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 31:104)	B	31 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 105:347)	B	105 - 347
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 348:449)	B	348 - 449
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid -1:30)	C	-1 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain C and resid 31:104)	C	31 - 104
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 105:341)	C	105 - 341
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 342:449)	C	342 - 449
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain D and resid 4:31)	D	4 - 31
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain D and resid 32:104)	D	32 - 104
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain D and resid 105:270)	D	105 - 270
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 271:449)	D	271 - 449

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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