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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3n5m | ||||||
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Title | Crystals structure of a Bacillus anthracis aminotransferase | ||||||
![]() | Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Aminotransferase / Bacillus anthracis / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases | ||||||
Function / homology | Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / DiLeo, R. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystals structure of a Bacillus anthracis aminotransferase Authors: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / DiLeo, R. / Onopriyenko, O. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 382 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 326.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 468.7 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 488.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 74.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 106.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | |
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Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS oper:
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Components
#1: Protein | Mass: 51225.676 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | CLONING ERROR | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.14 Å3/Da / Density % sol: 42.57 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: hanging drop / pH: 7 Details: 20% PEG 3350,100mM Na Formate,100mM Li Sulfate, 100mM Bis-Tris, pH 7, hanging drop, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 110 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 12, 2010 / Details: beryllium lens |
Radiation | Monochromator: C(111) diamond laue monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97857 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. all: 108118 / Num. obs: 106929 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1.5 / Observed criterion σ(I): 2.2 / Redundancy: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.016 / Net I/σ(I): 9.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.12 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 10035 / Χ2: 0.984 / % possible all: 93.2 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.827 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 330.23 Å2 / Biso mean: 36.71 Å2 / Biso min: 6.43 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→34.85 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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