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万見
- PDB-3n4m: E. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4m
タイトルE. coli RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain in complex with CAP and DNA
要素
  • Catabolite gene activator
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
  • DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
キーワードGENE REGULATION/DNA / protein-protein interactions / protein-DNA interactions / GENE REGULATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation ...carbon catabolite repression of transcription / DNA binding, bending / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / cAMP binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / protein-DNA complex / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site ...: / helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / DNA polymerase; domain 1 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-binding transcriptional dual regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.987 Å
データ登録者Lara-Gonzalez, S. / Birktoft, J.J. / Lawson, C.L.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: The RNA Polymerase alpha Subunit Recognizes the DNA Shape of the Upstream Promoter Element.
著者: Lara-Gonzalez, S. / Dantas Machado, A.C. / Rao, S. / Napoli, A.A. / Birktoft, J. / Di Felice, R. / Rohs, R. / Lawson, C.L.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2002
タイトル: Structural basis of transcription activation: the CAP-alpha CTD-DNA complex
著者: Benoff, B. / Yang, H. / Lawson, C.L. / Parkinson, G. / Liu, J. / Blatter, E. / Ebright, Y.W. / Berman, H.M. / Ebright, R.H.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_site
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年7月26日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite gene activator
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6409
ポリマ－55,7705
非ポリマー8714
水63135
1
A: Catabolite gene activator
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子

A: Catabolite gene activator
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
D: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,28118
ポリマ－111,53910
非ポリマー1,7418
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_657-x+y+1,y,-z+21
単位格子
Length a, b, c (Å)175.730, 175.730, 160.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-101-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: PRO / End label comp-ID: PRO / Auth seq-ID: 250 - 322 / Label seq-ID: 5 - 77

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain B and (resseq 250:322 )BB
2chain C and (resseq 250:322 )CC

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.709049, -0.218932, -0.670312), (-0.459989, 0.576888, -0.674989), (0.534472, 0.786937, 0.308335)
ベクター: 117.997002, 121.581001, 68.516296)

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / cAMP regulatory protein


分子量: 23541.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3357, cap, crp, csm, JW5702 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P0ACJ8
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / Transcriptase subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha


分子量: 9364.795 Da / 分子数: 2 / Fragment: alpha subunit C-terminal domain, residues 246-329 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b3295, JW3257, pez, phs, rpoA, sez / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*TP*AP*AP*AP*AP*TP*GP*TP*GP*AP*T)-3')


分子量: 6088.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*AP*TP*CP*AP*CP*AP*TP*TP*TP*TP*AP*GP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 7409.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 3種, 39分子

#5: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.77 %
結晶化温度: 293.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 4.5), 625 mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.2K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月11日 / 詳細: vertical mirror, horizontal monochromator
放射モノクロメーター: horizontally focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.987→38.51 Å / Num. all: 29113 / Num. obs: 29113 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 99.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.02→3.18 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 1.106 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4202 / Rsym value: 1.106 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1lb2, 3k4g

1lb2

3k4g


解像度: 2.987→38.51 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.828 / SU ML: 0.61 / Isotropic thermal model: group adp (by residue) / σ(F): 0.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 1481 5.1 %random
Rwork0.198 ---
all0.199 30104 --
obs0.199 29042 96.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 70.566 Å2 / ksol: 0.298 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 351.17 Å2 / Biso mean: 110.384 Å2 / Biso min: 38.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.92 Å2-0 Å2-0 Å2
2--10.92 Å20 Å2
3----21.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.987→38.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2759 896 47 35 3737
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043852
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9465391
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.3621517
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11B572X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
12C572X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.987-3.0840.4011080.3562039214780
3.084-3.1940.3481350.3192516265199
3.194-3.3220.2911540.2822513266799
3.322-3.4730.251330.2612518265199
3.473-3.6560.2631530.2322525267899
3.656-3.8850.2311390.2152527266699
3.885-4.1840.2081500.1772529267998
4.184-4.6050.1951330.1662539267298
4.605-5.270.1771290.1542569269898
5.27-6.6340.1741220.172606272897
6.634-38.5170.1941250.1652680280595
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 112.1779 Å / Origin y: -51.2756 Å / Origin z: 149.0329 Å
111213212223313233
T0.4991 Å2-0.0083 Å2-0.0811 Å2-0.3004 Å2-0.0273 Å2--0.2578 Å2
L1.2914 °2-0.2319 °2-0.2558 °2-0.5189 °2-0.1921 °2--0.3702 °2
S0.0181 Å °-0.02 Å °0.1337 Å °0.4331 Å °0.0013 Å °-0.0819 Å °-0.0045 Å °0.1066 Å °-0.0232 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA7 - 209
2X-RAY DIFFRACTION1allA210
3X-RAY DIFFRACTION1allB249 - 322
4X-RAY DIFFRACTION1allC250 - 322
5X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 20
6X-RAY DIFFRACTION1allE21 - 44
7X-RAY DIFFRACTION1allD100
8X-RAY DIFFRACTION1allA501
9X-RAY DIFFRACTION1allA502
10X-RAY DIFFRACTION1allA - D7 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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