PDB-3n4d: Crystal structure of Cg10062 inactivated by(R)-oxirane-2-carboxylate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n4d

タイトル

Crystal structure of Cg10062 inactivated by(R)-oxirane-2-carboxylate

要素

Putative tautomerase

キーワード

HYDROLASE / Cg10062 / cis-3-Chloroacrylic Acid Dehalogenase / Tautomerase superfamily / Beta-alpha-beta motif

機能・相同性

Tautomerase, cis-CaaD-like / Putative oxalocrotonate tautomerase enzyme / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Macrophage Migration Inhibitory Factor / Tautomerase/MIF superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Tautomerase cis-CaaD-like domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.54 Å

データ登録者

Guo, Y. / Robertson, B.A. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of the Native and Inactivated Cg10062, a cis-3-Chloroacrylic Acid Dehalogenase from Corynebacterium glutamicum: Implications for the Evolution of cis-3-Chloroacrylic ...
著者: Guo, Y. / Robertson, B.A. / J Poelarends, G. / Thunnissen, A.-M.W.H. / Hackert, M.L. / Whitman, C.P. / Dijkstra, B.W.

履歴

登録	2010年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n4d.cif.gz	276.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n4d.ent.gz	226.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3n4d_validation.pdf.gz	506.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n4d_full_validation.pdf.gz	555.9 KB	表示
XML形式データ	3n4d_validation.xml.gz	60.7 KB	表示
CIF形式データ	3n4d_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/3n4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3n4gC 3n4hC 2fltS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n4g-d 2flz-2 2flz-1 5qk7-2 2dsc-d 2flz-3 4uor-11 2w5q-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative tautomerase

B: Putative tautomerase

C: Putative tautomerase

D: Putative tautomerase

E: Putative tautomerase

F: Putative tautomerase

G: Putative tautomerase

H: Putative tautomerase

I: Putative tautomerase

155 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative tautomerase

B: Putative tautomerase

C: Putative tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Putative tautomerase

E: Putative tautomerase

F: Putative tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
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3

G: Putative tautomerase

H: Putative tautomerase

I: Putative tautomerase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51.6 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	57.099, 131.002, 179.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative tautomerase / Putative uncharacterized protein Cgl0062 分子量: 17203.256 Da / 分子数: 9 / 断片: Cg10062 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) 遺伝子: cg0081, Cg10062, Cgl0062 / プラスミド: pET3b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) 参照: UniProt: Q8NU77, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative tautomerase / Putative uncharacterized protein Cgl0062

分子量: 17203.256 Da / 分子数: 9 / 断片: Cg10062 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Corynebacterium glutamicum (バクテリア)
遺伝子: cg0081, Cg10062, Cgl0062 / プラスミド: pET3b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
参照: UniProt: Q8NU77, 加水分解酵素; ハロゲン結合に作用; C-ハロゲン化合物に作用

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 298 K / pH: 4 詳細: 6 micro liter hanging drop consisting of equal volume of crystallization solution (0.07 M sodium aetate buffer, pH 4.6, 1.4 M sodium chloride) and protein solution (18.9mg/L Cg10062 in 10mM ...詳細: 6 micro liter hanging drop consisting of equal volume of crystallization solution (0.07 M sodium aetate buffer, pH 4.6, 1.4 M sodium chloride) and protein solution (18.9mg/L Cg10062 in 10mM Tris-SO4, pH 8.0), Hanging drop, temperature 298K

結晶

マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %

結晶化

温度: 298 K / pH: 4
詳細: 6 micro liter hanging drop consisting of equal volume of crystallization solution (0.07 M sodium aetate buffer, pH 4.6, 1.4 M sodium chloride) and protein solution (18.9mg/L Cg10062 in 10mM ...

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月7日
放射	モノクロメーター: BLUE MAX-FLUX OPTICAL SYSTEM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 89329 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 61.2
反射シェル	解像度: 2.02→2.09 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 1.206 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FLT

2flt

解像度: 2.54→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24327	2312	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22343	-	-	-
obs	0.22446	43020	99.96 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.27 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.11 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.54→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10546	0	0	480	11026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	10790
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.337	1.958	14651
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.143	5	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.326	23.97	534
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.312	15	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.69	15	89
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	1621
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8194
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.305	0.2	6221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.2	7405
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.322	0.2	695
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.288	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.245	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.393	1.5	6506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.551	2	10503
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.16	3	4284
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.26	4.5	4148
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.54→2.606 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.358	183	-
R_work	0.325	3133	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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