[日本語] English
万見
- PDB-3n4c: 6-Phenyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridine-4-carbonitrile as cathepsin S ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n4c
タイトル6-Phenyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridine-4-carbonitrile as cathepsin S inhibitors
要素Cathepsin S
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Cathepsin S / covalent inhibitor / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cathepsin S / regulation of antigen processing and presentation / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding ...cathepsin S / regulation of antigen processing and presentation / basement membrane disassembly / positive regulation of cation channel activity / antigen processing and presentation of peptide antigen / endolysosome lumen / response to acidic pH / cellular response to thyroid hormone stimulus / Trafficking and processing of endosomal TLR / proteoglycan binding / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / toll-like receptor signaling pathway / antigen processing and presentation / collagen catabolic process / fibronectin binding / extracellular matrix disassembly / collagen binding / laminin binding / phagocytic vesicle / Degradation of the extracellular matrix / MHC class II antigen presentation / cysteine-type peptidase activity / lysosomal lumen / proteolysis involved in protein catabolic process / Endosomal/Vacuolar pathway / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / protein processing / late endosome / tertiary granule lumen / : / adaptive immune response / ficolin-1-rich granule lumen / lysosome / immune response / serine-type endopeptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / proteolysis / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, asparagine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases asparagine active site. / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine proteinases / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EF3 / Cathepsin S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Fradera, X. / Uitdehaag, J.C.M. / van Zeeland, M.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2010
タイトル: 6-Phenyl-1H-imidazo[4,5-c]pyridine-4-carbonitrile as cathepsin S inhibitors.
著者: Cai, J. / Baugh, M. / Black, D. / Long, C. / Jonathan Bennett, D. / Dempster, M. / Fradera, X. / Gillespie, J. / Andrews, F. / Boucharens, S. / Bruin, J. / Cameron, K.S. / Cumming, I. / ...著者: Cai, J. / Baugh, M. / Black, D. / Long, C. / Jonathan Bennett, D. / Dempster, M. / Fradera, X. / Gillespie, J. / Andrews, F. / Boucharens, S. / Bruin, J. / Cameron, K.S. / Cumming, I. / Hamilton, W. / Jones, P.S. / Kaptein, A. / Kinghorn, E. / Maidment, M. / Martin, I. / Mitchell, A. / Rankovic, Z. / Robinson, J. / Scullion, P. / Uitdehaag, J.C. / Vink, P. / Westwood, P. / van Zeeland, M. / van Berkom, L. / Bastiani, M. / Meulemans, T.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cathepsin S
B: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1877
ポリマ－48,0142
非ポリマー1,1735
水3,513195
1
A: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5463
ポリマ－24,0071
非ポリマー5392
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cathepsin S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6424
ポリマ－24,0071
非ポリマー6353
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.629, 85.629, 150.573
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-252-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Cathepsin S


分子量: 24006.936 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 115 to 331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 株: sapiens / 遺伝子: CTSS, Homo sapiens / プラスミド: baculovirus / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): BTI-Tn-5B1-4 (Hi-5) / 参照: UniProt: P25774, cathepsin S
#2: 化合物 ChemComp-EF3 / (E)-1-(1-methyl-6-{4-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]-3-(trifluoromethyl)phenyl}-1H-imidazo[4,5-c]pyridin-4-yl)methanimine


分子量: 460.495 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27F3N6O
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.21 %
結晶化手法: ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Composition of crystallisation solution (including components from protein prep): 50 mM NaAcetate; 0.25 M NaCl; coconcentrated with inhibitor; 4% DMSO; 26% PEG 4K; 0.1 M NaCitrate pH=5.0; 0,2 ...詳細: Composition of crystallisation solution (including components from protein prep): 50 mM NaAcetate; 0.25 M NaCl; coconcentrated with inhibitor; 4% DMSO; 26% PEG 4K; 0.1 M NaCitrate pH=5.0; 0,2 M (NH4)2SO4. Cryoprotectant composition: 26% PEG 4K, 0.1 M NaCitrate pH=5.0; o0.2 M (NH4)2SO4; 15% PEG 400 (compound), Hanging drop, temperature room temperatureK

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: R-Axis IV / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→56.54 Å / Num. obs: 39256 / % possible obs: 87.4 % / 冗長度: 6.82 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.977.740.4823.390.9
1.97-2.057.680.423.790
2.05-2.147.550.3574.288.4
2.14-2.257.40.2994.886.7
2.25-2.397.130.2595.486.1
2.39-2.586.820.2056.383.6
2.58-2.846.440.1667.183.2
2.84-3.255.980.1179.482.4
3.25-4.095.070.07113.883.3
4.09-56.546.380.04523.599

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.14 Å56.54 Å
Translation2.14 Å56.54 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1MS6

1ms6


解像度: 1.9→56.54 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 3.519 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28611 1968 5 %RANDOM
Rwork0.24907 ---
obs0.25091 37280 87.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.801 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3371 0 72 195 3638
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 156 -
Rwork0.363 2804 -
obs--90.63 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る