PDB-3n2l: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of an Orotate Phosphori...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n2l

タイトル

2.1 Angstrom resolution crystal structure of an Orotate Phosphoribosyltransferase (pyrE) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961

要素

Orotate phosphoribosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Orotate Phosphoribosyltransferase / Pyrimidine Ribonucleotide Biosynthesis / Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Glycosyltransferase / Magnesium / Pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine ribonucleoside biosynthetic process / orotate phosphoribosyltransferase / orotate phosphoribosyltransferase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: 2.1 Angstrom resolution crystal structure of an Orotate Phosphoribosyltransferase (pyrE) from Vibrio cholerae O1 biovar eltor str. N16961
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2010年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3n2l.ent.gz	509.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	3n2l_full_validation.pdf.gz	556.2 KB	表示
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CIF形式データ	3n2l_validation.cif.gz	87.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n2l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1lh0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1gw9-d 6ll2-d 3kbn-d 4xis-d 5y4j-d 6kd2-d 5avn-1 4w4q-d 6kcc-d 5avn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: IDP90785

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Orotate phosphoribosyltransferase

B: Orotate phosphoribosyltransferase

C: Orotate phosphoribosyltransferase

D: Orotate phosphoribosyltransferase

E: Orotate phosphoribosyltransferase

F: Orotate phosphoribosyltransferase

G: Orotate phosphoribosyltransferase

H: Orotate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

211 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Orotate phosphoribosyltransferase

B: Orotate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Orotate phosphoribosyltransferase

D: Orotate phosphoribosyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Orotate phosphoribosyltransferase

F: Orotate phosphoribosyltransferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.6 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Orotate phosphoribosyltransferase

H: Orotate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
52.7 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Orotate phosphoribosyltransferase

B: Orotate phosphoribosyltransferase

C: Orotate phosphoribosyltransferase

D: Orotate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
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6

E: Orotate phosphoribosyltransferase

F: Orotate phosphoribosyltransferase

G: Orotate phosphoribosyltransferase

H: Orotate phosphoribosyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
105 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	96.587, 76.712, 133.944
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotate phosphoribosyltransferase / OPRT / OPRTase 分子量: 26304.713 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: El Tor Inaba N16961 / 遺伝子: pyrE, VC_0211 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CodonPLus / 参照: UniProt: Q9KVD5, orotate phosphoribosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 639 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 7.5 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3 0.5 M NaCl, 5 mM BME. The crystallization condition is The Classics II Suite (#8) Cryo 5M NaCl + 50% sucrose. Crystals grew from 1:1 v/v drop. , ...詳細: 7.5 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3 0.5 M NaCl, 5 mM BME. The crystallization condition is The Classics II Suite (#8) Cryo 5M NaCl + 50% sucrose. Crystals grew from 1:1 v/v drop. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

結晶

マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 7.5 mg/mL protein in 10 mM Tris/HCl pH 8.3 0.5 M NaCl, 5 mM BME. The crystallization condition is The Classics II Suite (#8) Cryo 5M NaCl + 50% sucrose. Crystals grew from 1:1 v/v drop. , ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日 / 詳細: Be Lenses/Diamond Laue Mono
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 114128 / Num. obs: 114128 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.25
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / Num. unique all: 5630 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1LH0

1lh0

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 8.609 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26861	5711	5 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.22436	108289	99.51 %	-
all	-	108289	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.833 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.94 Å²	-0 Å²	0.7 Å²
2-	-	-2.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11639	0	3	639	12281

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	11976
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8111
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.567	1.964	16158
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.867	3	19693
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.748	5	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.681	23.902	569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.357	15	2077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.486	15	86
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	13382
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.837	1.5	7426
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.209	1.5	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.504	2	11884
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.265	3	4550
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.576	4.5	4274

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.322	384	-
R_work	0.292	7873	-
obs	-	7873	98.15 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1394	0.1219	0.169	3.8147	0.4949	3.4574	-0.0311	-0.7325	0.1539	0.745	0.1013	-0.1833	-0.0726	0.0483	-0.0702	0.3528	0.049	-0.0427	0.391	-0.0296	0.0479	40.4369	-10.0943	50.1849
2	1.9732	-0.095	-0.24	1.3394	-0.6136	1.9817	-0.0048	-0.3221	0.1692	0.3579	0.0413	0.143	-0.1336	-0.0841	-0.0366	0.2172	0.0322	0.0011	0.2282	-0.0361	0.1126	35.7483	-8.1453	38.6425
3	3.0791	-0.2981	-0.1711	3.5266	-0.4085	3.1849	0.0354	0.029	0.4483	0.0159	0.0574	0.0846	-0.2378	-0.5012	-0.0928	0.1289	0.0578	0.0028	0.2751	0.0101	0.2361	27.0291	-3.9161	29.2197
4	4.8426	-1.5598	0.8076	1.3915	-0.3204	0.7809	-0.001	-0.5228	0.1255	0.3551	0.068	0.3965	-0.006	-0.1762	-0.067	0.3774	0.0402	0.0677	0.4488	-0.0329	0.2803	23.0408	-6.5522	44.5638
5	26.1273	-5.9064	5.9624	7.4694	-1.912	8.1868	-0.0341	-1.5454	0.6505	0.7953	0.0715	-0.1376	0.1009	-0.2604	-0.0375	0.5668	0.1296	-0.0981	0.6125	-0.0355	0.0969	56.9866	-23.95	63.4303
6	5.6016	-0.8561	1.1923	3.9965	-0.8683	5.662	0.0271	0.3577	0.1664	-0.5335	0.0173	-0.1556	-0.2248	-0.112	-0.0444	0.2906	-0.023	0.0644	0.242	0.0416	0.0961	42.9562	-2.1882	8.3991
7	2.244	0.5842	0.0723	2.6344	-0.0969	2.6524	-0.0219	-0.007	0.2985	0.0661	0.0229	-0.2791	-0.2494	-0.008	-0.001	0.1259	0.0153	-0.0106	0.0901	-0.0031	0.1808	45.6167	-0.4689	26.6959
8	2.6865	-3.6054	-0.2439	8.5411	1.756	7.1753	0.0767	0.1977	0.1374	-0.1949	-0.0921	-0.0326	-0.9484	-0.0252	0.0154	0.3327	-0.0249	0.0151	0.0975	0.0141	0.3241	47.8709	13.5558	26.3372
9	1.3125	1.645	1.3246	5.8359	5.4194	5.0991	-0.155	0.4354	0.7506	-1.3023	0.2578	0.0527	-1.3475	0.1714	-0.1028	0.7766	-0.0733	0.065	0.4477	0.1997	0.7436	50.7032	11.9519	13.948
10	1.9649	-0.6212	0.1741	0.8957	1.9189	6.1647	-0.0481	0.3177	0.2149	-0.2541	0.1774	-0.2113	-0.3489	0.7412	-0.1293	0.5341	-0.0727	0.1357	0.3912	0.0391	0.3716	50.4865	-1.7088	7.7114
11	4.1708	-0.3305	0.1583	2.7774	-2.179	5.62	-0.0939	-0.9103	0.034	0.7519	0.2659	-0.0784	0.2862	0.2568	-0.172	0.4436	0.1226	-0.1278	0.4812	0.0158	0.0885	53.7421	-26.3629	52.8629
12	2.634	0.0355	-0.5324	1.4648	0.3916	2.5455	-0.0093	-0.1498	-0.1084	0.2064	0.0136	-0.5288	-0.0157	0.2276	-0.0043	0.1214	0.0346	-0.0531	0.1798	0.0232	0.2743	58.2838	-27.199	34.35
13	4.6737	-0.9658	0.843	3.6698	0.4163	2.4638	-0.042	0.1063	-0.3827	0.0848	0.1365	-0.4859	0.3082	0.593	-0.0945	0.1865	0.1041	-0.0324	0.3209	0.0044	0.5114	71.4086	-33.7348	32.6347
14	3.7402	-1.7146	-1.0415	1.4816	-0.1337	0.8593	-0.2193	-0.8327	0.4534	0.2517	0.1749	-0.5074	-0.0722	0.3432	0.0444	0.3703	0.0756	-0.1552	0.6263	-0.0497	0.4495	67.0519	-26.1218	50.0706
15	26.8886	-9.5302	3.5716	13.6786	-0.3681	4.5233	-0.3039	-1.1113	-0.3766	0.6125	0.2126	0.0007	0.0127	-0.06	0.0913	0.639	0.0849	0.0231	0.6613	-0.0607	0.0262	34.4119	-10.1271	62.7782
16	0.7305	-0.302	0.4473	3.8203	2.0331	5.0293	0.1397	0.37	0.0102	-0.3304	0.0764	-0.272	0.0911	0.2324	-0.216	0.2928	0.0382	0.0714	0.286	-0.0203	0.2008	52.9442	-33.3689	12.6676
17	2.9605	-0.3953	0.4991	4.4793	-0.2404	2.619	-0.0611	-0.0512	-0.4073	0.1284	0.007	-0.262	0.1643	-0.0926	0.0541	0.135	-0.002	0.0309	0.094	0.0276	0.1888	46.4566	-35.909	30.0682
18	3.0327	0.3275	-0.6587	5.3616	-1.0707	4.6693	0.0771	0.1179	-0.5698	0.0655	-0.0023	-0.1532	0.614	-0.1904	-0.0748	0.2692	-0.0297	-0.0129	0.0796	0.0012	0.3473	45.0396	-46.9232	27.6786
19	1.2704	4.0564	-3.3741	14.3928	-12.1009	10.1856	0.0429	0.4231	-0.035	-0.533	0.6042	0.7574	0.4638	-0.3709	-0.6471	0.9628	0.0325	-0.1374	0.8124	-0.3122	0.9108	41.4916	-50.8295	16.9911
20	3.4794	1.0233	-2.1567	4.3372	-2.6576	5.9522	-0.0136	0.5554	-0.4319	-0.5202	0.2234	-0.0155	0.192	-0.6778	-0.2099	0.3531	0.0258	0.0434	0.3199	-0.0709	0.1479	43.4851	-36.7495	9.1641
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33	5.0001	1.0119	-1.5361	1.7841	-0.9486	2.2714	-0.1396	0.4153	-0.3227	-0.2862	0.1605	0.1895	0.2541	-0.4642	-0.0209	0.1467	-0.0865	-0.118	0.3627	-0.0392	0.4051	-25.4902	-70.0011	26.2962
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39	1.6438	-1.814	1.5755	12.3208	7.0885	9.1521	0.0293	-0.3346	-0.2845	0.6932	0.4595	-0.1031	0.4958	-0.0809	-0.4888	0.7629	-0.0068	-0.0338	0.6527	0.1154	0.6081	3.6139	-89.2781	50.1651
40	1.9822	-0.8539	-2.0947	3.0344	3.4395	7.8029	-0.0644	-0.624	-0.4019	0.7324	0.3732	-0.256	0.4015	0.8732	-0.3087	0.429	0.0105	0.0263	0.3814	0.0299	0.2553	1.837	-75.2112	57.6892

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 27
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	28 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	91 - 134
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	135 - 193
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	194 - 214
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 36
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	37 - 129
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	130 - 152
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	153 - 175
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	176 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	2 - 36
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	37 - 100
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	101 - 149
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	150 - 194
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	195 - 214
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	2 - 50
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	51 - 116
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	117 - 156
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	157 - 175
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	176 - 194
21	X-RAY DIFFRACTION	21	E	2 - 36
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	37 - 123
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	124 - 148
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	149 - 193
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	194 - 214
26	X-RAY DIFFRACTION	26	F	2 - 36
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	37 - 129
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	130 - 153
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	154 - 173
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	174 - 194
31	X-RAY DIFFRACTION	31	G	2 - 36
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	170 - 196
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36	X-RAY DIFFRACTION	36	H	2 - 41
37	X-RAY DIFFRACTION	37	H	42 - 116
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	117 - 156
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	157 - 175
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	176 - 194

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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