[日本語] English
万見
- PDB-3n2b: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Diaminopimelate Deca... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n2b
タイトル1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Diaminopimelate Decarboxylase (lysA) from Vibrio cholerae.
要素Diaminopimelate decarboxylase
キーワードLYASE / Diaminopimelate Decarboxylase / lysA / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate decarboxylase / diaminopimelate decarboxylase activity / lysine biosynthetic process via diaminopimelate / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain ...Diaminopimelate decarboxylase, LysA / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, pyridoxal-phosphate binding site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 pyridoxal-P attachment site. / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Diaminopimelate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: 1.8 Angstrom Resolution Crystal Structure of Diaminopimelate Decarboxylase (lysA) from Vibrio cholerae.
著者: Minasov, G. / Halavaty, A. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diaminopimelate decarboxylase
B: Diaminopimelate decarboxylase
C: Diaminopimelate decarboxylase
D: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)196,4488
ポリマ－196,3064
非ポリマー1424
水20,1951121
1
A: Diaminopimelate decarboxylase
B: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,1883
ポリマ－98,1532
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6880 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area30600 Å2
手法PISA
2
C: Diaminopimelate decarboxylase
D: Diaminopimelate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2595
ポリマ－98,1532
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7150 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.394, 80.329, 118.693
Angle α, β, γ (deg.)105.31, 93.62, 90.52
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Diaminopimelate decarboxylase / DAP decarboxylase


分子量: 49076.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 / 遺伝子: lysA, VC_0125 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KVL7, diaminopimelate decarboxylase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.02 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein solution: 7.8 mg/mL, 0.25M Sodium chloride, 0.01M Tris pH 8.3; Screen solution: PACT (D8) 0.2M Ammonium chloride, 0.1M Tris pH 8.0, 20%(w/v) PEG6000., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月22日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 147832 / Num. obs: 147832 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.363 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 7354 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P3E

2p3e


解像度: 1.8→29.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 2.264 / SU ML: 0.07 / Isotropic thermal model: Refined individually / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21874 7289 5 %RANDOM
Rwork0.18266 ---
all0.18449 138491 --
obs0.18449 138491 97.51 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20.34 Å2-0.25 Å2
2---2.98 Å2-1.49 Å2
3---0.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12599 0 4 1121 13724
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.02213140
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028871
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3921.96717859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.846321603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.24351661
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.45123.894624
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.495152214
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.37315103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02114881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2141.58187
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3271.53336
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.072213169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92834953
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.634.54688
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 539 -
Rwork0.266 10039 -
obs-10039 96.33 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る