PDB-3n24: The crystal structure of a two-component sensor domain (3rd form)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3n24

タイトル

The crystal structure of a two-component sensor domain (3rd form) from Pseudomonas aeruginosa PA01

要素

Sensor protein

キーワード

TRANSFERASE / two-component sensor domain / structural genomics / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG / ATP-BINDING / KINASE / MEMBRANE / NUCLEOTIDE-BINDING / PHOSPHOPROTEIN / TRANSMEMBRANE

機能・相同性

機能・相同性情報

histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphatase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.056 Å

データ登録者

Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a two-component sensor domain (3rd form) from Pseudomonas aeruginosa PA01
著者: Tan, K. / Chhor, G. / Buck, K. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2010年5月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3n24.cif.gz	359.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3n24.ent.gz	297.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3n24.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3n24_validation.pdf.gz	499.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3n24_full_validation.pdf.gz	525 KB	表示
XML形式データ	3n24_validation.xml.gz	34.9 KB	表示
CIF形式データ	3n24_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n24 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/3n24	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3kkbS 3l34 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6zb6-2 6zb6-3 6ihv-d 2fno-2 6uav-d 5elg-d 5ela-d 6zb6-5 2g0j-2 3ozj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC37838.3

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (12) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (8) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Sensor protein

B: Sensor protein

C: Sensor protein

D: Sensor protein

E: Sensor protein

F: Sensor protein

G: Sensor protein

H: Sensor protein

116 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Sensor protein

B: Sensor protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Sensor protein

D: Sensor protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Sensor protein

F: Sensor protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Sensor protein

H: Sensor protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.003, 61.093, 71.600
Angle α, β, γ (deg.)	85.60, 70.47, 89.50
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Sensor protein 分子量: 14557.721 Da / 分子数: 8 / 断片: sequence database residues 41-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PA01 / 遺伝子: PA5484 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pPK1037 / 参照: UniProt: Q9HT87, histidine kinase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.2M sodium, 0.1M phosphate citrate, 20% PEG8000, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月16日 / 詳細: mirror
放射	モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→37 Å / Num. all: 46030 / Num. obs: 46030 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.549 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique all: 2138 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KKB

3kkb

解像度: 2.056→36.63 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 0.01 / σ(I): 0 / 位相誤差: 30.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2816	2144	4.99 %	random
R_work	0.2025	-	-	-
obs	0.2064	42970	90.35 %	-
all	-	42970	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.744 Å² / k_sol: 0.335 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.253 Å²	-1.68 Å²	0.0424 Å²
2-	-	6.2552 Å²	3.4825 Å²
3-	-	-	-3.0022 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.056→36.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6888	0	0	205	7093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7090
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	9578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.197	2706
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1075
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1320

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0556-2.129	0.3374	175	0.2507	3192	X-RAY DIFFRACTION	71
2.129-2.2142	0.3423	191	0.235	3750	X-RAY DIFFRACTION	82
2.2142-2.315	0.3034	189	0.2113	3916	X-RAY DIFFRACTION	87
2.315-2.437	0.2859	216	0.208	4058	X-RAY DIFFRACTION	90
2.437-2.5897	0.2986	218	0.203	4116	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5897-2.7896	0.2788	218	0.191	4219	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7896-3.0702	0.2754	258	0.1994	4317	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0702-3.5141	0.2558	233	0.1809	4396	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5141-4.4262	0.2739	210	0.17	4475	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4262-36.6359	0.2739	236	0.2319	4387	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0077	0.1774	-0.2042	0.1674	-0.0928	0.1822	0.0114	-0.4312	0.001	-0.096	-0.0855	-0.0075	0.1321	-0.1116	0.0063	0.1337	-0.0128	-0.0126	0.1495	-0.0233	0.2115	-4.8641	-1.5259	9.1519
2	-0.0151	-0.0527	0.0912	-0.0074	-0.0212	0.0533	-0.0699	0.5113	-0.1301	0.0645	0.0193	0.4076	0.1033	0.2161	-0.0004	0.2631	-0.0242	-0.0406	0.18	-0.0128	0.3021	-4.6662	-0.5808	-6.6702
3	0.7426	-0.2687	0.3214	0.1976	-0.2141	0.5282	-0.2956	0.1003	0.0979	0.1118	-0.01	-0.3148	0.1237	0.434	-0.0674	0.1503	0.0364	0.0578	0.3648	0.0944	0.2535	8.399	2.4617	-7.7564
4	0.3417	-0.0855	-0.1612	0.0353	0.0424	0.109	-0.1781	1.5025	0.18	-0.3875	0.0449	-0.0668	0.0023	-0.2463	-0.0082	0.2989	-0.0597	-0.0036	0.4039	0.0374	0.1182	0.3108	4.0898	-15.3395
5	0.2883	0.0097	0.0415	0.0326	-0.0711	0.2998	-0.2272	-0.1423	0.0106	-0.024	0.2557	-0.0085	0.0506	0.1697	-0.0025	0.1582	0.0036	0.0214	0.2513	0.0054	0.179	5.3719	-5.2764	5.2314
6	1.572	0.2367	-0.0769	0.0724	0.0886	1.772	-0.0372	-0.0988	0.0009	-0.023	-0.0807	0.0547	0.1105	-0.063	-0.4419	0.0786	0.0173	-0.0032	0.0042	-0.0166	0.0738	7.1559	31.625	38.6274
7	0.6996	-0.1915	0.1829	0.1756	-0.1605	0.5163	-0.076	0.3105	0.0747	-0.0834	-0.1372	-0.1101	0.1518	0.4836	-0.0081	0.2321	0.0282	0.0312	0.2191	0.0349	0.1853	19.8697	34.6157	25.4612
8	0.0624	-0.0261	0.0254	0.0513	-0.017	0.0516	0.2249	0.5616	0.1498	-0.5168	0.0009	-0.3027	-0.1561	0.0357	0.0006	0.329	-0.0383	-0.0733	0.2563	0.0355	0.1858	11.738	38.0339	18.4623
9	0.4453	0.0018	0.0375	0.0439	-0.089	0.2668	-0.1826	-0.0967	0.0534	-0.0918	0.3592	-0.1172	0.0491	0.2999	0.0035	0.1588	0.0252	-0.0132	0.1225	-0.0195	0.0927	17.4897	28.4313	38.8859
10	0.676	0.2751	0.2606	0.0851	0.0087	0.2326	-0.1181	-0.1925	0.3948	-0.0242	0.1586	-0.4253	-0.0655	0.3182	-0.0121	0.1612	0.1058	0.0105	0.7047	0.1033	0.1976	38.1577	30.0136	40.5529
11	0.609	-0.234	-0.1269	0.8143	0.2455	0.5666	-0.0906	-0.5924	-0.3448	0.3116	-0.3021	0.0207	0.6485	0.3364	-0.0424	0.3303	0.0757	0.0453	0.5261	0.1967	0.2013	31.6632	22.8392	46.5661
12	0.2517	0.0168	0.1312	0.0269	-0.0117	0.1522	-0.338	-0.5821	-0.1936	0.3176	0.4125	0.252	-0.0704	0.394	-0.0034	0.1298	0.0341	0.054	0.2083	0.0405	0.184	43.937	26.1682	30.3008
13	1.1434	-0.5416	-0.1042	0.4188	0.2265	0.3873	-0.002	0.5818	0.1516	0.0307	-0.136	0.0035	0.1415	-0.4963	0.0143	0.1738	-0.1596	0.01	0.2462	-0.0506	0.0801	37.9787	26.8306	21.2231
14	0.4725	-0.044	-0.0889	0.0431	0.031	0.2633	-0.4103	0.1031	0.0737	-0.1782	0.4696	0.0929	-0.0263	0.0635	-0.0038	0.1751	-0.0658	0.0381	0.1208	-0.0114	0.1326	29.2856	27.9296	34.8652
15	1.0645	-0.2112	0.0895	0.1089	0.034	0.8461	-0.0441	-0.4223	0.1288	0.1413	0.0229	-0.0538	0.1143	0.2354	-0.0006	0.1435	0.0346	0.0033	0.2529	0.0101	0.1718	23.1141	-7.026	10.8689
16	0.0983	0.071	0.1202	0.0185	0.0358	0.0879	-0.0315	0.1036	0.1229	0.4323	0.2312	-0.2714	-0.0729	0.1869	-0	0.2363	0.027	0.0099	0.1846	-0.0316	0.1794	32.1789	-7.8159	-2.9059
17	0.5388	-0.1794	0.2439	0.2842	0.1328	0.7496	0.1106	0.1367	0.1211	-0.0159	-0.1876	0.1412	0.0347	-0.0108	-0	0.151	-0	0.0106	0.1492	-0.0313	0.1286	26.1986	-7.66	-11.6061
18	0.2323	0.0177	-0.0125	0.0153	-0.0024	0.058	-0.1988	-0.3448	0.0398	-0.4713	0.384	-0.1091	0.0384	0.0494	0.0006	0.1753	-0.0035	-0.0107	0.1347	-0.0052	0.1892	17.1802	-4.3422	1.9858

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A resid 43:124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A resid 132:158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B resid 49:96
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain B resid 103:122
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B resid 131:164
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain C resid 41:163
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain D resid 47:98
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain D resid 102:122
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain D resid 131:162
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain E resid 42:72
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain E resid 77:120
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain E resid 132:158
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain F resid 42:124
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain F resid 132:162
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain G resid 40:124
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain G resid 132:157
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain H resid 42:123
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain H resid 133:161

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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