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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3n1k | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a StWhy2-cERE32 complex | ||||||
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![]() | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Single-stranded DNA binding protein / Plant / Whirly / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() defense response / single-stranded DNA binding / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cappadocia, L. / Brisson, N. / Sygusch, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structures of DNA-Whirly Complexes and Their Role in Arabidopsis Organelle Genome Repair. 著者: Cappadocia, L. / Marechal, A. / Parent, J.S. / Lepage, E. / Sygusch, J. / Brisson, N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 38 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | Authors state that the biological unit is a tetramer protein plus a 32-mer DNA molecule, as indicated as pentamer in remark 350. Please refer to remark 999 for more details on the sequences specificity of this crystal structure. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20000.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 2773.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Synthesis |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZED DNA IS A 32-MER OLIGONUCLEOTIDE WITH SEQUENCE ...THE SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.63 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 19% PEG6000, 0.1M Tris, 1.5M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月4日 |
放射 | モノクロメーター: Si 220 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 5894 / Num. obs: 5865 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 30.5 % / Biso Wilson estimate: 64.98 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 546 / Rsym value: 0.68 / % possible all: 96 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1L3A 解像度: 2.702→41.734 Å / SU ML: 2.44 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.05 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.243 Å2 / ksol: 0.308 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 62.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.702→41.734 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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