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- PDB-3n1i: Crystal Structure of a StWhy2-ERE32 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n1i
タイトルCrystal Structure of a StWhy2-ERE32 complex
要素
  • DNA 32-mer ERE32
  • protein StWhy2
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Single-stranded DNA binding protein / Plant / Whirly / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response / single-stranded DNA binding / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / mitochondrion / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Whirly transcription factor / Whirly transcription factor / Transcriptional Coactivator Pc4; Chain A / ssDNA-binding transcriptional regulator / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Single-stranded DNA-binding protein WHY2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Solanum tuberosum (ジャガイモ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Cappadocia, L. / Brisson, N. / Sygusch, J.
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of DNA-Whirly Complexes and Their Role in Arabidopsis Organelle Genome Repair.
著者: Cappadocia, L. / Marechal, A. / Parent, J.S. / Lepage, E. / Sygusch, J. / Brisson, N.
履歴
登録2010年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: software / struct_ref_seq
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: protein StWhy2
B: DNA 32-mer ERE32


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6932
ポリマ－22,6932
非ポリマー00
水64936
1
A: protein StWhy2
B: DNA 32-mer ERE32
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)544,64448
ポリマ－544,64448
非ポリマー00
水86548
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation4_564x,-y+1,-z-11
crystal symmetry operation5_654z+1,x,y-11
crystal symmetry operation6_665z+1,-x+1,-y1
crystal symmetry operation7_564-z,-x+1,y-11
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_564y,z+1,x-11
crystal symmetry operation10_665-y+1,z+1,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_654-y+1,-z,x-11
crystal symmetry operation13_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation14_664-y+1,-x+1,-z-11
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation17_565x,z+1,-y1
crystal symmetry operation18_664-x+1,z+1,y-11
crystal symmetry operation19_655-x+1,-z,-y1
crystal symmetry operation20_554x,-z,y-11
crystal symmetry operation21_655z+1,y,-x1
crystal symmetry operation22_664z+1,-y+1,x-11
crystal symmetry operation23_554-z,y,x-11
crystal symmetry operation24_565-z,-y+1,-x1
Buried area127190 Å2
ΔGint-889 kcal/mol
Surface area179220 Å2
手法PISA
2
A: protein StWhy2
B: DNA 32-mer ERE32

A: protein StWhy2
B: DNA 32-mer ERE32

A: protein StWhy2
B: DNA 32-mer ERE32

A: protein StWhy2
B: DNA 32-mer ERE32


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,7748
ポリマ－90,7748
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-11
crystal symmetry operation21_655z+1,y,-x1
crystal symmetry operation23_554-z,y,x-11
Buried area16740 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area34330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.164, 167.164, 167.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number209
Space group name H-MF432
詳細Authors state that the biological unit is a tetramer protein plus a 32-mer DNA molecule, as indicated as pentamer in remark 350. Please refer to remark 999 for more details on the sequences specificity of this crystal structure.

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要素

#1: タンパク質 protein StWhy2


分子量: 20000.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Solanum tuberosum (ジャガイモ) / 株: Kennebec / 遺伝子: StWhy2 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9J034*PLUS
#2: DNA鎖 DNA 32-mer ERE32


分子量: 2692.778 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA Synthesis
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZED DNA IS A 32-MER OLIGONUCLEOTIDE WITH SEQUENCE ...THE SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZED DNA IS A 32-MER OLIGONUCLEOTIDE WITH SEQUENCE TGTCATTTTTGTCATTTTTGTCATTTTTGTCA. ONLY 9 RESIDUES OF THYMIDINE WERE MODELED IN THE COORDINATES OF THE ASYMMETRIC UNIT. ACCORDING TO THE AUTHORS, THE 32-MER DNA BINDS A TETRAMER THAT INCLUDE FOUR MONOMERS OF FOUR ASYMMETRIC UNITS; THE STWHY2-DNA BINDING IS NOT SEQUENCE SPECIFIC THUS EACH TETRAMERIC PROTEIN BINDS A 32-MER DNA IN DIFFERENT SEQUENCE REGISTERS; AS A RESULT ONLY THREE OF THE FOUR DNA-BINDING SITES OF EACH TETRAMER WOULD BE PHYSICALLY OCCUPIED BY THE DNA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 13.5% PEG6000, 0.1M Tris, 1.0M LiCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.08 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 10693 / Num. obs: 10665 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 35.9 % / Biso Wilson estimate: 40.49 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 1028 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
PHENIXモデル構築
CNS精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1L3A

1l3a


解像度: 2.2→32.171 Å / SU ML: 0.35 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2618 755 7.67 %RANDOM
Rwork0.2267 ---
obs0.2295 9840 92.11 %-
all-10665 --
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.592 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 53.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.0433 Å20 Å20 Å2
2--1.0433 Å2-0 Å2
3---1.0433 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→32.171 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 180 0 36 1482
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0992056
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.539561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2003-2.37010.47581000.46891252X-RAY DIFFRACTION65
2.3701-2.60850.33361400.29091877X-RAY DIFFRACTION97
2.6085-2.98580.31841610.26441908X-RAY DIFFRACTION99
2.9858-3.76080.22651630.21411955X-RAY DIFFRACTION99
3.7608-32.17420.22561910.18522093X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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