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万見
- PDB-3n12: Crystal stricture of chitinase in complex with zinc atoms from Ba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3n12
タイトルCrystal stricture of chitinase in complex with zinc atoms from Bacillus cereus NCTU2
要素Chitinase A
キーワードHYDROLASE / chitinase / ChiNCTU2 / zinc atoms / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase / chitin binding / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...: / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / chitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Hsieh, Y.-C. / Wu, Y.-J. / Wu, W.-G. / Li, Y.-K. / Chen, C.-J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Crystal structures of bacillus cereus NCTU2 chitinase complexes with chitooligomers reveal novel substrate binding for catalysis: a chitinase without chitin-binding and insertion domains
著者: Hsieh, Y.-C. / Wu, Y.-J. / Chiang, T.-Y. / Kuo, C.-Y. / Shrestha, K.L. / Chao, C.-F. / Huang, Y.-C. / Chuankhayan, P. / Wu, W.-G. / Li, Y.-K. / Chen, C.-J.
履歴
登録2010年5月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chitinase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5896
ポリマ－36,2681
非ポリマー3225
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.753, 48.616, 66.752
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chitinase A / ChiNCTU2


分子量: 36267.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: NCTU2 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0VV09, chitinase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE IS CONFLICT BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE SEQUENCE. ACCORDING TO THE ...THERE IS CONFLICT BETWEEN THE REPORTED SEQUENCE AND DATABASE REFERENCE SEQUENCE. ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY THE POSITION 277 IS OBVIOUSLY VAL THAN ALA.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.11 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM zinc acetate dihydrate, 22%(w/v) PEG 8000 in 100mM sodium cacodylate buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSPring-8 BL12B211.28228
シンクロトロンSPring-8 BL12B221.28284, 1.25233, 1.2902
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 4r1CCD2004年11月3日
ADSC QUANTUM 4r2CCD2005年7月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.282281
21.282841
31.252331
41.29021
反射解像度: 1.11→30 Å / Num. all: 125749 / Num. obs: 118833 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.038 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.11→1.16 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.577 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 14413 / Rsym value: 0.481 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→16.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 0.623 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.047 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21309 4790 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.19875 89815 94.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.205 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.25 Å20 Å2-0.37 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→16.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2558 0 8 302 2868
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.0222627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8771.953565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9475331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59825.085118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.14915411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.127156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0610.2375
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3091.51640
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60622623
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.9783987
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.414.5942
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 358 -
Rwork0.244 6492 -
obs--92.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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