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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3myv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a SusD superfamily protein (BVU_0732) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.80 A resolution | ||||||
要素 | SusD superfamily protein | ||||||
キーワード | SACCHARIDE BINDING PROTEIN / RagB / SusD and hypothetical proteins / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 / Polysaccharide Binding Protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Bacteroides vulgatus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal structure of a SusD superfamily protein (BVU_0732) from Bacteroides vulgatus ATCC 8482 at 1.80 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3myv.cif.gz | 383.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3myv.ent.gz | 314.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3myv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3myv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/3myv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGMERIZATION STATE IN SOLUTION. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51550.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア) 株: ATCC 8482 / DSM 1447 / NCTC 11154 / 遺伝子: BVU_0732 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: A6KYC4 #2: 化合物 | ChemComp-NA / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (RESIDUES 28-480) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 28-480) WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 22.5000% polyethylene glycol 3350, 0.2000M di-sodium hydrogen phosphate, 0.1M HEPES pH 6.7, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.91837,0.97954,0.97934 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月6日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→74.434 Å / Num. obs: 96603 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 18.505 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 6.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 多波長異常分散 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→74.434 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 4.355 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.106 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. WATERS WERE EXCLUDED FROM TLS GROUPS. 5. RAMACHANDRAN OUTLIERS (A61 AND B61) ARE SUPPORTED BY CLEAR DENSITY. 5. SODIUM ION (NA), PHOSPHATE ION (PO4), AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) MODELED WERE PRESENT IN CRYSTLLIZATION/CRYO CONDITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.32 Å2 / Biso mean: 22.387 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→74.434 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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