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万見
- PDB-3mxw: Crystal structure Sonic hedgehog bound to the 5E1 fab fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mxw
タイトルCrystal structure Sonic hedgehog bound to the 5E1 fab fragment
要素
  • 5E1 heavy chain
  • 5E1 light chain
  • Sonic hedgehog protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / antibody complex / fab fragment / metalloprotease / calcium binding / zinc hydrolase / development / morphogen
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation ...regulation of nodal signaling pathway / positive regulation of skeletal muscle cell proliferation / right lung development / left lung development / primary prostatic bud elongation / regulation of mesenchymal cell proliferation involved in prostate gland development / mesenchymal smoothened signaling pathway involved in prostate gland development / positive regulation of sclerotome development / tracheoesophageal septum formation / negative regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / positive regulation of ureter smooth muscle cell differentiation / negative regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / positive regulation of kidney smooth muscle cell differentiation / morphogen activity / regulation of odontogenesis / positive regulation of mesenchymal cell proliferation involved in ureter development / trunk neural crest cell migration / Formation of lateral plate mesoderm / hindgut morphogenesis / polarity specification of anterior/posterior axis / negative regulation of alpha-beta T cell differentiation / regulation of prostatic bud formation / formation of anatomical boundary / positive regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of glial cell proliferation / metanephric mesenchymal cell proliferation involved in metanephros development / ventral midline development / trachea morphogenesis / cholesterol-protein transferase activity / HHAT G278V doesn't palmitoylate Hh-Np / telencephalon regionalization / bud outgrowth involved in lung branching / epithelial-mesenchymal cell signaling / Ligand-receptor interactions / lung epithelium development / laminin-1 binding / salivary gland cavitation / negative regulation of cholesterol efflux / spinal cord dorsal/ventral patterning / negative regulation of mesenchymal cell apoptotic process / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / cell development / spinal cord motor neuron differentiation / negative regulation of T cell differentiation in thymus / positive regulation of T cell differentiation in thymus / establishment of epithelial cell polarity / skeletal muscle cell proliferation / prostate gland development / intermediate filament organization / limb bud formation / embryonic skeletal system development / stem cell development / skeletal muscle fiber differentiation / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / mesenchymal cell apoptotic process / animal organ formation / Activation of SMO / patched binding / hindbrain development / embryonic digestive tract morphogenesis / positive regulation of skeletal muscle tissue development / somite development / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of dopaminergic neuron differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / neuron fate commitment / cerebellar granule cell precursor proliferation / self proteolysis / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / lung lobe morphogenesis / smooth muscle tissue development / dorsal/ventral neural tube patterning / artery development / lymphoid progenitor cell differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative thymic T cell selection / regulation of stem cell proliferation / pattern specification process / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / branching involved in salivary gland morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / embryonic pattern specification / lung-associated mesenchyme development / intein-mediated protein splicing / glycosaminoglycan binding / thalamus development / Formation of axial mesoderm / dopaminergic neuron differentiation / metanephros development / Developmental Lineage of Pancreatic Acinar Cells / metanephric collecting duct development / camera-type eye development / positive thymic T cell selection / oligodendrocyte development / positive regulation of smoothened signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal ...Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sonic hedgehog protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Hymowitz, S.G. / Maun, H.R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Hedgehog pathway antagonist 5E1 binds hedgehog at the pseudo-active site.
著者: Maun, H.R. / Wen, X. / Lingel, A. / de Sauvage, F.J. / Lazarus, R.A. / Scales, S.J. / Hymowitz, S.G.
履歴
登録2010年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sonic hedgehog protein
L: 5E1 light chain
H: 5E1 heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8809
ポリマ－66,4463
非ポリマー4346
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6090 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area25180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.306, 90.544, 111.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Sonic hedgehog protein / SHH / HHG-1 / Sonic hedgehog protein N-product / Sonic hedgehog protein C-product


分子量: 19122.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHH
プラスミド: PET101/D-TOPO (INVITROGEN) WITH T7 promoter
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta 2 / 参照: UniProt: Q15465

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抗体 , 2種, 2分子 LH

#2: 抗体 5E1 light chain


分子量: 23507.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 5E1 heavy chain


分子量: 23816.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 429分子

#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: protein solution (20 mM Hepes, pH 7.2, 0.1 M NaCl, 5 mM CaCl2) was mixed with equal volume of well solution (0.2 M lithium sulfate, 100 mM Hepes, pH 7.5, and 22% w/v PEG 4000), VAPOR ...詳細: protein solution (20 mM Hepes, pH 7.2, 0.1 M NaCl, 5 mM CaCl2) was mixed with equal volume of well solution (0.2 M lithium sulfate, 100 mM Hepes, pH 7.5, and 22% w/v PEG 4000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日 / 詳細: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→50 Å / Num. obs: 54683 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 19.6 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル解像度: 1.83→1.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4917 / Rsym value: 0.464 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1VHH, refined fab

1vhh


解像度: 1.83→47.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.323 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): -3 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21844 5441 10.1 %RANDOM
Rwork0.17639 ---
all0.18056 ---
obs0.18056 54255 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.797 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.85 Å20 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3---0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→47.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4537 0 18 423 4978
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224708
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.9516389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4865596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.74324.554202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.53815772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8951520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.22029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.23175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2408
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.150.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3620.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5962.53035
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4654752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0632.51945
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.44651630
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.868 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 269 -
Rwork0.246 2548 -
obs--87.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61290.06670.16831.1798-0.0411.93870.0018-0.0258-0.05470.08880.01760.0564-0.0582-0.1463-0.0194-0.08850.0076-0.0083-0.03410.0099-0.085-15.2285-20.122327.7473
20.6747-0.1009-0.24430.9126-0.06770.9875-0.00040.1492-0.0604-0.1818-0.0341-0.01530.0127-0.06980.0345-0.0948-0.0061-0.0112-0.0339-0.0317-0.0689-11.8841-24.7752-5.6774
32.2798-0.244-0.22112.4476-0.54941.44230.0077-0.01670.03840.0704-0.1018-0.3257-0.11180.10310.094-0.124-0.0096-0.0231-0.09760.046-0.0793-0.643-13.896750.9946
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1L1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION1H1 - 110
3X-RAY DIFFRACTION2L108 - 212
4X-RAY DIFFRACTION2H111 - 214
5X-RAY DIFFRACTION3A39 - 191

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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