PDB-3mxm: TREX1 3' Exonuclease V201D Aicardi-Goutieres Syndrome Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mxm

タイトル

TREX1 3' Exonuclease V201D Aicardi-Goutieres Syndrome Mutant

要素

DNA (5'-D(*GP*AP*CP*G)-3')
Three prime repair exonuclease 1

キーワード

HYDROLASE/DNA / RNase H-like fold / Polyproline type II helix / HYDROLASE-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation ...immune response in brain or nervous system / adenyl deoxyribonucleotide binding / CD86 biosynthetic process / immune complex formation / cellular response to type I interferon / organ or tissue specific immune response / atrial cardiac muscle tissue development / activation of immune response / DNA synthesis involved in UV-damage excision repair / T cell antigen processing and presentation / MutSalpha complex binding / retrotransposition / oligosaccharyltransferase complex / regulation of lysosome organization / regulation of fatty acid metabolic process / regulation of lipid biosynthetic process / DNA modification / WW domain binding / heart process / MutLalpha complex binding / regulation of protein complex stability / cellular response to hydroxyurea / lymphoid progenitor cell differentiation / regulation of type I interferon production / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / macrophage activation involved in immune response / regulation of tumor necrosis factor production / regulation of cellular respiration / inflammatory response to antigenic stimulus / DNA catabolic process / regulation of immunoglobulin production / apoptotic cell clearance / regulation of T cell activation / regulation of glycolytic process / DNA duplex unwinding / DNA binding, bending / 3'-5'-DNA exonuclease activity / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / DNA metabolic process / : / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of innate immune response / blood vessel development / nuclear replication fork / cellular response to interferon-beta / heart morphogenesis / response to UV / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / negative regulation of innate immune response / 3'-5' exonuclease activity / DNA damage checkpoint signaling / generation of precursor metabolites and energy / kidney development / determination of adult lifespan / protein-DNA complex / establishment of protein localization / cellular response to gamma radiation / cellular response to reactive oxygen species / cellular response to UV / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / double-stranded DNA binding / defense response to virus / adaptive immune response / DNA replication / protein stabilization / inflammatory response / immune response / innate immune response / DNA damage response / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bailey, S.L. / Hollis, T.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray Crystal Structures of TREX1 3' Exonuclease Autoimmune Disease Mutants
著者: Bailey, S.L. / Harvey, S. / Perrino, F.W. / Hollis, T.

履歴

登録	2010年5月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mxm.cif.gz	202.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mxm.ent.gz	160.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mxm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3mxm_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mxm_full_validation.pdf.gz	459.2 KB	表示
XML形式データ	3mxm_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	3mxm_validation.cif.gz	37 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/3mxm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3mxiC 3mxjC 2ioc 2oa8 3mxk PDB 未公開エントリ 3n0o PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ywv-d 6vah-d 2o4i-d 6s69-d 6a46-d 2oa8-d 2fhx-d 3vgc-3 1vgc-3 6l8x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Three prime repair exonuclease 1

A: Three prime repair exonuclease 1

C: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*G)-3')

D: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

56.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Three prime repair exonuclease 1

C: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

B: Three prime repair exonuclease 1

D: DNA (5'-D(*GP*AP*CP*G)-3')

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
56.8 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	70.468, 86.026, 92.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Three prime repair exonuclease 1 / 3'-5' exonuclease TREX1 分子量: 26339.918 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal fragment, residues 1-242 / 変異: V201D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Trex1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91XB0, exodeoxyribonuclease III
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(GPAPCPG)-3') 分子量: 1215.843 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 539 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化	温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 16% PEG 3350 0.1 M NaI 5% 1,4-butanediol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 303K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→47 Å / Num. obs: 57078 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.67 % / B_iso Wilson estimate: 17.58 Å² / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.62 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 91.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.4_113)	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→18.706 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2033	2870	5.08 %	Random
R_work	0.1715	-	-	-
obs	0.1731	56543	98.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 49.851 Å² / k_sol: 0.392 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.0014 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.6829 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6843 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→18.706 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3467	162	16	539	4184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3735
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	5123
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.195	1393
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	580
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	642

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.8125	0.2404	266	0.1969	4875	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8125-1.885	0.2135	275	0.1822	5339	X-RAY DIFFRACTION	99
1.885-1.9707	0.2348	280	0.1814	5361	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9707-2.0745	0.2167	310	0.1743	5337	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0745-2.2043	0.2058	297	0.1627	5398	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2043-2.3742	0.2041	282	0.1586	5391	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3742-2.6125	0.1997	305	0.1623	5401	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6125-2.9892	0.2004	280	0.1654	5457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9892-3.7611	0.1669	293	0.1608	5509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7611-18.7075	0.1835	282	0.1614	5605	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7714	-0.155	0.0445	1.0386	-0.2538	0.0315	-0.059	-0.0134	0.131	0.1107	0.0535	-0.0614	-0.0376	-0.0095	0.0199	0.0791	-0.0011	-0.0187	0.081	0.0036	0.0864	17.4993	20.9162	-4.7849
2	0.5288	-0.6899	0.4242	1.0002	-0.5755	0.3317	0.5373	0.4335	0.2488	-0.352	-0.2696	0.2533	-0.3631	0.0775	-0.2181	0.2955	0.1965	0.0156	0.4666	0.084	0.1837	17.281	22.7741	-26.8404
3	1.4562	0.5406	0.0625	1.0164	0.7085	0.5765	0.3438	0.5845	-0.0962	-0.2502	-0.0062	0.112	-0.0197	0.3559	-0.2623	0.1933	0.104	-0.0166	0.2617	0.0031	0.1222	5.9806	21.4646	-26.7752
4	0.1987	-0.3552	-0.0834	0.6671	0.1652	0.632	-0.0036	-0.0103	-0.0046	0.022	0.0501	0.0699	0.0173	-0.045	-0.0342	0.0804	0.0061	-0.0028	0.1088	0.0047	0.0785	10.3331	10.699	-1.5123
5	0.2979	-0.3551	-0.3841	0.7313	0.2416	0.5807	-0.1076	-0.0078	0.0018	0.0973	0.1103	-0.1698	0.0892	0.0206	-0.0192	0.096	0.0065	-0.0267	0.0981	-0.0112	0.0997	22.2841	9.3969	0.2995
6	0.4364	-0.0665	0.0232	0.2567	-0.0577	1.0448	-0.0423	-0.0381	0.1674	0.05	0.0366	-0.1017	-0.0457	0.0685	0.0071	0.0879	0.0102	-0.0172	0.0798	-0.0187	0.133	18.1389	25.4557	-2.6406
7	9.5288	1.1349	-5.5936	8.4266	0.4686	3.4935	-0.0147	-0.2451	0.7584	-0.1441	-0.4803	1.0908	-0.0012	-0.3111	0.4202	0.2241	0.0474	0.0041	0.2416	-0.0594	0.4615	1.6797	38.8239	-15.7752
8	0.646	-0.1353	0.297	0.207	0.1749	1.182	0.0594	0.0204	0.0943	-0.0079	-0.0388	0.0364	0.1088	-0.0913	-0.0194	0.0919	0.0113	-0.0089	0.1164	0.0167	0.1149	1.8434	24.1381	-15.436
9	0.6158	-0.1187	0.0318	0.9759	-0.6279	0.652	0.0701	0.0373	0.1504	0.0591	-0.0038	0.159	-0.0483	-0.0177	-0.0521	0.0847	0.0164	-0.0052	0.0935	0.0097	0.11	11.0294	21.1977	-14.8593
10	0.8243	-0.45	-0.0402	0.3905	0.0874	0.3155	-0.0076	-0.011	0.3133	0.0502	0.0253	-0.109	0.0405	0.0488	-0.0116	0.1017	-0.0165	-0.0232	0.0751	-0.0013	0.1793	20.6217	30.3732	-3.549
11	0.5868	0.0998	0.2858	0.4562	0.3871	0.6766	0.0395	0.0365	-0.105	0.0155	0.0056	-0.0439	0.1643	0.1198	-0.0504	0.1183	0.0245	-0.0077	0.0997	-0.0061	0.1001	22.258	-5.3159	-11.456
12	0.9627	0.6037	-0.4306	0.4858	-0.5956	1.1005	-0.1797	0.3487	0.0329	-0.0223	0.1461	0.1088	0.422	-0.8273	0.0751	0.3351	-0.2476	0.0743	0.683	-0.198	0.3056	1.7691	-7.9583	-5.9751
13	0.4283	0.2114	0.6479	0.334	0.5148	1.143	-0.0948	-0.7825	0.5908	0.1452	-0.1193	0.1672	-0.0999	-0.4202	0.2062	0.1249	-0.0173	-0.0255	0.2543	-0.1413	0.2453	-1.5458	-6.1673	-15.9183
14	0.4162	-0.0818	0.2657	0.445	0.101	0.2064	0.0086	0.186	0.0258	-0.1663	-0.009	-0.0151	0.0356	0.1222	0.004	0.1265	-0.0013	0.0029	0.155	-0.0102	0.0765	23.403	4.8932	-19.9446
15	0.222	0.0176	0.5289	1.1931	-0.3222	1.6007	0.0933	0.2229	0.0436	0.0738	0.0884	-0.1721	-0.2164	0.1511	-0.121	0.0905	0.0094	0.0265	0.1496	-0.0012	0.1637	32.2164	9.3335	-14.4236
16	0.4471	-0.1534	-0.0097	0.1707	0.0719	0.7304	0.0542	-0.0129	-0.1833	0.1072	0.0316	-0.0729	0.2468	0.0893	-0.0685	0.1524	0.0113	-0.0098	0.1006	-0.0146	0.1305	22.5491	-4.5277	-4.8991
17	0.5262	0.3494	-0.0825	0.838	0.2801	0.2443	-0.0483	0.1768	-0.124	-0.0589	0.128	-0.1051	0.1291	0.1109	-0.027	0.1593	0.0392	0.0065	0.1425	-0.0344	0.1265	31.7723	-6.4728	-15.6723
18	0.7197	-0.416	-0.0677	0.5965	0.2855	1.0695	-0.0076	0.1542	-0.4051	-0.0636	0.0639	-0.078	0.2303	0.1092	-0.0902	0.187	0.0012	-0.0257	0.0788	-0.0324	0.1636	19.5216	-13.4234	-12.715
19	0.7168	0.4583	0.1447	0.3224	0.1881	0.2931	-0.0137	0.0969	0.0965	-0.1399	0.0471	0.1128	0.1072	0.0014	-0.0139	0.1394	-0.0078	-0.0321	0.1107	-0.0384	0.1275	9.5502	-5.2669	-19.7296
20	1.6492	0.102	-0.4002	0.127	0.2496	1.3886	-0.0265	-0.0317	-0.3638	0.0339	-0.0121	-0.115	0.4616	0.03	0.0371	0.2347	0.0368	-0.0223	0.0976	-0.0148	0.2025	22.501	-14.4755	-9.0011

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:41)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 42:51)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 52:59)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 60:90)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 91:117)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 118:165)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 166:174)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 175:193)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 194:215)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 216:234)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 6:42)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 43:51)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 52:59)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 60:90)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 91:108)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 109:127)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 128:140)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 141:177)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 178:211)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 212:234)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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