PDB-3mwp: Nucleoprotein structure of lassa fever virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwp

タイトル

Nucleoprotein structure of lassa fever virus

要素

Nucleoprotein

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / Nucleoprotein / Structural Genomics / Scottish Structural Proteomics Facility / SSPF

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / helical viral capsid / 3'-5' exonuclease activity / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Lassa virus Josiah (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

Qi, X. / Lan, S. / Wang, W. / Schelde, L.M. / Dong, H. / Wallat, G. / Liang, Y. / Ly, H. / Dong, C. / Scottish Structural Proteomics Facility (SSPF)

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Cap binding and immune evasion revealed by Lassa nucleoprotein structure.
著者: Qi, X. / Lan, S. / Wang, W. / Schelde, L.M. / Dong, H. / Wallat, G.D. / Ly, H. / Liang, Y. / Dong, C.

履歴

登録	2010年5月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwp.cif.gz	586.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwp.ent.gz	485.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mwtC 3mx2C 3mx5C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3mx5-d 3r3l-d 3mx2-d 3mwt-d 6p64-d 1vgw-d 4tw0-d 1ekj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoprotein

B: Nucleoprotein

C: Nucleoprotein

ヘテロ分子

192 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Nucleoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Nucleoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

C: Nucleoprotein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
64 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	176.820, 176.820, 56.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

#1: タンパク質	Nucleoprotein / Nucleocapsid protein / Protein N 分子量: 63965.145 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lassa virus Josiah (ウイルス) / 株: Mouse/Sierra Leone/Josiah/1976 / 遺伝子: N, Nucleoprotein / プラスミド: pLou3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rossetta / 参照: UniProt: P13699
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M Lithium chloride, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	77	1
2	77	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Diamond	I02	1	0.978
シンクロトロン	Diamond	I02	2	1.84550,1.84470,1.30510

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2009年1月23日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2009年1月23日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.978	1
2	1.8455	1
3	1.8447	1
4	1.3051	1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.348
1	1	K, H, -L	2	0.652

反射

解像度: 1.782→153.193 Å / Num. all: 184629 / Num. obs: 184629 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 16.4

反射シェル

解像度: 1.782→1.81 Å / 冗長度: 5.5 % / R_merge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / R_sym value: 0.408 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SOLVE		位相決定
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.795→153.18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 9.877 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.02 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19638	9253	5 %	RANDOM
R_work	0.17773	-	-	-
obs	0.17866	174753	99.71 %	-
all	-	184629	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.489 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	14.93 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	14.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-29.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→153.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11993	0	3	475	12471

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	12167
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.395	1.979	16423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.508	5	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.771	24.763	527
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.272	15	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.72	15	81
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1914
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	8882
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.62	1.5	7838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.568	2	12620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.145	3	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.094	4.5	4231
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.795→1.842 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.27	679	-
R_work	0.235	12831	-
obs	-	-	98.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1861	0.1292	0.1367	0.252	0.066	0.1423	0.0459	-0.0056	0.0175	0.0028	-0.038	0.0001	-0.0073	-0.029	-0.0079	0.3016	-0.0006	0.0091	0.3383	0.0015	0.4661	60.904	-39.901	-16.449
2	0.3301	-0.0062	0.0855	0.1057	0.1117	0.1536	-0.0269	0.0127	0.025	0.0176	0.02	0.0182	-0.0071	0.0245	0.007	0.3236	-0.0052	-0.0133	0.2927	0.0145	0.4686	4.875	-73.082	-43.605
3	0.2629	0.0966	-0.0691	0.1999	-0.1151	0.1014	0.0028	-0.0098	-0.0087	0.0038	0.0363	-0.0139	-0.0024	-0.0039	-0.0391	0.331	0.0034	-0.0305	0.301	-0.0139	0.5152	12.808	-26.739	-3.606
4	0.0401	0.0175	0.014	0.014	0.0165	0.0227	-0.0082	0.0014	0.0103	-0.01	0.002	0.0111	-0.0035	0.013	0.0062	0.332	0.0006	-0.0098	0.3192	0.0076	0.5006	28.859	-51.643	-24.96
5	2.1211	1.6327	0.4269	1.4606	0.2685	0.3342	-0.0144	0.2062	0.0517	0.0609	0.0373	-0.0722	-0.2568	0.2113	-0.0229	0.3582	-0.0442	0.0107	0.3603	0.0416	0.4744	75.993	-23.052	-9.486
6	3.3301	3.1185	4.1308	3.0815	3.9587	5.3135	-0.2184	0.2653	0.0481	-0.3876	-0.0157	0.3993	-0.0758	-0.167	0.2342	1.2953	-0.3789	-0.0125	1.3392	-0.4346	1.2324	-17.205	-76.923	-50.577
7	0.4383	0.0068	0.1089	0.3318	0.207	0.2877	-0.0046	0.496	0.1414	-0.2828	-0.0624	0.0093	-0.0368	0.0277	0.0671	0.3873	0.0066	-0.0015	0.6405	-0.0074	0.5958	28.565	-10.572	-10.545
8	4.9859	3.8337	-1.9282	3.3595	-1.4114	0.8213	-1.3607	5.3093	5.0144	-1.5186	3.2527	5.037	0.4836	-2.0885	-1.892	0.938	-0.4297	-2.8211	7.5079	2.6933	8.8193	17.839	-67.581	-22.283
9	152.0443	-62.4472	-81.857	26.0319	34.0547	44.5953	2.4616	5.2557	-0.0254	-1.9866	-1.744	-0.3233	-2.2836	-1.8786	-0.7176	3.6899	0.9175	0.8792	4.4635	-0.8646	2.3258	-21.517	-74.86	-58.024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 561
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	8 - 561
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 561
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Z	1 - 556
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1
6	X-RAY DIFFRACTION	6	E	2
7	X-RAY DIFFRACTION	7	F	3
8	X-RAY DIFFRACTION	8	G	1 - 5
9	X-RAY DIFFRACTION	9	H	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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