PDB-3mwh: The 1.4 Ang crystal structure of the ArsD arsenic metallochaperon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mwh

タイトル

The 1.4 Ang crystal structure of the ArsD arsenic metallochaperone provides insights into its interactions with the ArsA ATPase

要素

Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

キーワード

CHAPERONE / ALPHA+BETA / ARSENICAL RESISTANCE / REPRESSOR / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

response to arsenic-containing substance / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Ye, J. / Ajees, A.A. / Yang, J. / Rosen, B.P.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: The 1.4 A crystal structure of the ArsD arsenic metallochaperone provides insights into its interaction with the ArsA ATPase.
著者: Ye, J. / Ajees, A.A. / Yang, J. / Rosen, B.P.

履歴

登録	2010年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mwh.cif.gz	53.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mwh.ent.gz	38.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mwh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mwh_validation.pdf.gz	451.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mwh_full_validation.pdf.gz	456.4 KB	表示
XML形式データ	3mwh_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	3mwh_validation.cif.gz	15.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/3mwh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kgkSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3u66-d 2g7h-d 2fej-d 2bre-2 1n0w-d 1cee-d 3kuu-1 1q88-1 3nzi-d 6byk-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

B: Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD

ヘテロ分子

24.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.676, 74.223, 40.830
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.77, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Arsenical resistance operon trans-acting repressor arsD 分子量: 12020.948 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arsD, R773 / プラスミド: pTYB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P46003
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25% PEG 6000, 0.1M Calcium acetate, 0.1M HEPES, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-D / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月13日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→40.46 Å / Num. obs: 13712 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.12 % / R_sym value: 0.091
反射シェル	解像度: 2.05→2.12 Å / 冗長度: 3.05 % / R_merge(I) obs: 0.348 / Num. unique all: 13712 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3KGK

3kgk

解像度: 2.05→40.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.915 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 13.46 / SU ML: 0.167 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.32419	686	5 %	RANDOM
R_work	0.27098	-	-	-
obs	0.27351	13712	97.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.88 Å²	0 Å²	1.52 Å²
2-	-	-2.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→40.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1534	0	6	113	1653

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	1568
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.992	1.979	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.374	5	192
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.865	25.072	69
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.267	15	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.935	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.141	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.129	1.5	973
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.966	2	1558
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.148	3	595
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.7	4.5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	53	-
R_work	0.297	945	-
obs	-	-	98.52 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.1826	-5.4877	7.3467	8.8639	-6.9792	10.3233	-0.1702	0.0812	0.0125	0.2976	0.0223	0.4128	-0.1304	0.1189	0.1479	0.1639	-0.0201	0.0302	0.1697	0.028	0.0946	8.9193	-1.2231	17.5849
2	2.3382	-0.7364	-0.5707	3.1301	0.553	1.3931	-0.093	0.0289	-0.1728	0.0353	0.0004	0.2384	0.2257	-0.0124	0.0925	0.153	-0.0067	-0.0261	0.1076	0.0019	0.0392	10.7563	-1.404	13.0067
3	7.9864	-6.1839	-2.0795	8.8351	-0.7187	1.5521	0.0153	0.3362	0.2949	0.404	-0.2904	-0.1677	-0.0301	-0.1218	0.2751	0.1691	0.0288	0.0278	0.189	-0.0635	0.3088	20.9809	19.4637	11.0183
4	1.4043	-0.0439	0.1442	1.973	-0.9728	2.9857	0.0323	0.0392	0.1984	-0.1149	0.024	-0.1022	-0.013	0.1019	-0.0564	0.0924	-0.0065	-0.0062	0.0949	-0.0066	0.0437	19.7268	17.2054	7.3213

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 10
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	23 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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