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- PDB-3mw6: Crystal structure of NMB1681 from Neisseria meningitidis MC58, a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mw6
タイトルCrystal structure of NMB1681 from Neisseria meningitidis MC58, a FinO-like RNA chaperone
要素uncharacterized protein NMB1681
キーワードstructural genomics / unknown function / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性Fertility Inhibition Protein O; Chain: A; Domain 1 / ProQ/FinO domain / ProQ/FinO domain superfamily / ProQ/FINO family / ProQ/FinO domain / ProQ/FINO family / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ProQ/FinO domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.209 Å
データ登録者Tan, K. / Zhou, M. / Duggan, E. / Abdullah, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2010
タイトル: N. meningitidis 1681 is a member of the FinO family of RNA chaperones.
著者: Chaulk, S. / Lu, J. / Tan, K. / Arthur, D.C. / Edwards, R.A. / Frost, L.S. / Joachimiak, A. / Glover, J.N.
履歴
登録2010年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2010年7月14日ID: 2HXJ
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein NMB1681
B: uncharacterized protein NMB1681
C: uncharacterized protein NMB1681
D: uncharacterized protein NMB1681
E: uncharacterized protein NMB1681
F: uncharacterized protein NMB1681
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,6947
ポリマ－95,6016
非ポリマー921
水3,063170
1
A: uncharacterized protein NMB1681
B: uncharacterized protein NMB1681


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8672
ポリマ－31,8672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1310 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
2
C: uncharacterized protein NMB1681
D: uncharacterized protein NMB1681
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9593
ポリマ－31,8672
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area12840 Å2
手法PISA
3
D: uncharacterized protein NMB1681

E: uncharacterized protein NMB1681

F: uncharacterized protein NMB1681


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8013
ポリマ－47,8013
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area20160 Å2
手法PISA
4
E: uncharacterized protein NMB1681
F: uncharacterized protein NMB1681


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8672
ポリマ－31,8672
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.479, 76.527, 122.715
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Experimentally unknown. Possibly, the chains A and B, C and D, E and F form dimers respectively.

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要素

#1: タンパク質
uncharacterized protein NMB1681


分子量: 15933.576 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
株: MC58 / 遺伝子: NMB1681 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9JY98
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.62 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100MM BIS-TRIS, 170MM MGCL2, 21% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97932 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2001年4月21日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97932 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→109 Å / Num. obs: 96019 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 26.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.464 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / Num. unique all: 2736 / % possible all: 79.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.209→42.889 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.89 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2348 4882 5.08 %random
Rwork0.1906 ---
all0.1929 96019 --
obs0.1929 96019 93.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.951 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.3771 Å20 Å2-4.0939 Å2
2--15.8526 Å20 Å2
3----7.4755 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.209→42.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5393 0 6 170 5569
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085526
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0267435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.1772110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005976
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2086-2.28760.31253030.27765793X-RAY DIFFRACTION59
2.2876-2.37910.31984410.24918370X-RAY DIFFRACTION85
2.3791-2.48740.28544860.23389326X-RAY DIFFRACTION96
2.4874-2.61850.29045430.22399681X-RAY DIFFRACTION99
2.6185-2.78260.27495200.21059664X-RAY DIFFRACTION99
2.7826-2.99740.28235160.22079683X-RAY DIFFRACTION99
2.9974-3.29890.25525150.21039716X-RAY DIFFRACTION99
3.2989-3.7760.20735470.17769689X-RAY DIFFRACTION99
3.776-4.75640.20585570.14519635X-RAY DIFFRACTION99
4.7564-42.89710.18484540.16679580X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2157-0.3438-0.29421.75111.50931.93320.0589-0.1024-0.0623-0.03090.0376-0.21560.01190.0772-0.09050.24090.0597-0.02650.2045-0.05860.2175-14.96161.224-25.3654
20.92380.8498-0.66821.031-0.31181.392-0.2505-0.2152-0.49770.02780.021-0.3614-0.01850.33280.17230.19960.14360.09620.50450.14380.4563-23.9174-21.0125-42.1572
31.0587-0.44760.63581.1588-0.83521.80040.07880.3364-0.0865-0.153-0.14020.053-0.0417-0.03890.06620.27990.06040.0210.5460.02460.2332-48.7744-6.8645-45.2942
41.6557-0.32280.5341.5972-0.91252.1707-0.0138-0.1026-0.03090.0758-0.01560.02790.15190.26620.05740.29310.03640.03910.29480.09650.2217-46.1678-11.4627-12.3633
51.3321.37890.45232.01160.38021.19970.1586-0.21270.29220.0441-0.25630.33870.0334-0.23620.0790.2302-0.0067-00.23-0.02430.3438-74.8053-0.0063-17.2656
62.5332-0.84461.10690.25540.61531.10020.0210.10540.3673-0.0111-0.0927-0.0261-0.090.09970.05210.31820.0004-0.03770.21660.04580.341-51.275921.7346-22.8186
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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