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- PDB-3mw2: Crystal structure of beta-neurexin 1 with the splice insert 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mw2
タイトルCrystal structure of beta-neurexin 1 with the splice insert 4
要素Neurexin-1-alpha
キーワードCELL ADHESION / NEUREXIN / LNS domain / CALCIUM-binding / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Neurexins and neuroligins / trans-synaptic protein complex / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / neuroligin family protein binding / positive regulation of synapse maturation ...Neurexins and neuroligins / trans-synaptic protein complex / neuroligin clustering involved in postsynaptic membrane assembly / regulation of trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / trans-synaptic signaling, modulating synaptic transmission / gephyrin clustering involved in postsynaptic density assembly / postsynaptic density protein 95 clustering / postsynaptic membrane assembly / neuroligin family protein binding / positive regulation of synapse maturation / regulation of grooming behavior / synaptic membrane adhesion / regulation of postsynaptic specialization assembly / presynapse assembly / regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of postsynaptic density assembly / neurotransmitter secretion / acetylcholine receptor binding / regulation of synaptic vesicle cycle / vesicle docking involved in exocytosis / positive regulation of synapse assembly / adult behavior / neuromuscular process controlling balance / positive regulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of presynapse assembly / prepulse inhibition / synapse assembly / cell adhesion molecule binding / presynaptic active zone membrane / calcium channel regulator activity / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cell projection / learning / GABA-ergic synapse / Schaffer collateral - CA1 synapse / presynaptic membrane / nuclear membrane / chemical synaptic transmission / vesicle / neuronal cell body / calcium ion binding / nucleolus / glutamatergic synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. ...Neurexin/syndecan/glycophorin C / putative band 4.1 homologues' binding motif / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / Epidermal growth factor-like domain. / Jelly Rolls - #200 / EGF-like domain profile. / EGF-like domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Neurexin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å
データ登録者Jin, X. / Shapiro, L.
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2010
タイトル: Splice Form Dependence of beta-Neurexin/Neuroligin Binding Interactions.
著者: Koehnke, J. / Katsamba, P.S. / Ahlsen, G. / Bahna, F. / Vendome, J. / Honig, B. / Shapiro, L. / Jin, X.
履歴
登録2010年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neurexin-1-alpha
B: Neurexin-1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7755
ポリマ－45,5072
非ポリマー1,2683
水2,666148
1
A: Neurexin-1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4353
ポリマ－22,7541
非ポリマー6822
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Neurexin-1-alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3402
ポリマ－22,7541
非ポリマー5871
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.890, 59.819, 105.697
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.86, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological unit is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Neurexin-1-alpha / Neurexin I-alpha


分子量: 22753.578 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1132 to 1334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nrxn1, Kiaa0578 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9CS84
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[DManpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: 26% PEG1000, 0.2M lithium sulfate, 0.1M phosphate-citrate, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月12日
詳細: Si (111) crystal monochromator with vertical focusing mirror
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 18319 / Num. obs: 14339 / % possible obs: 78.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 19.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3BOD

3bod


解像度: 2.69→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 26.824 / SU ML: 0.3 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.386 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28724 739 5.1 %RANDOM
Rwork0.2058 ---
all0.21 14286 --
obs0.21016 13752 99.02 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.836 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-0.91 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.69→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3041 0 83 148 3272
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0223209
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.9754357
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6615397
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.20423.867150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.00715524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5921526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2495
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.022414
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.20.21235
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22105
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1960.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4071.51994
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.73623115
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.03131365
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.8324.51238
LS精密化 シェル解像度: 2.69→2.759 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 50 -
Rwork0.348 946 -
obs--90.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.76081.24060.2853.02470.04324.91240.1038-0.1793-0.03610.0586-0.23360.0515-0.12040.1480.1299-0.2254-0.0022-0.0412-0.25460.0424-0.091425.8861-0.244713.8177
25.7741.53891.26413.46220.79166.0680.0785-0.65690.27140.234-0.27590.1607-0.1429-0.33770.1973-0.0725-0.18570.00810.003-0.0083-0.078410.9478-7.819640.0964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A84 - 288
2X-RAY DIFFRACTION2B84 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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