PDB-3mvt: Crystal structure of apo mADA at 2.2A resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mvt

タイトル

Crystal structure of apo mADA at 2.2A resolution

要素

Adenosine deaminase

キーワード

HYDROLASE / Adenosine Deaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of mucus secretion / penile erection / purine nucleoside binding / positive regulation of germinal center formation ...mature B cell apoptotic process / xanthine biosynthetic process / negative regulation of penile erection / Purine salvage / Ribavirin ADME / negative regulation of circadian sleep/wake cycle, non-REM sleep / negative regulation of mucus secretion / penile erection / purine nucleoside binding / positive regulation of germinal center formation / negative regulation of adenosine receptor signaling pathway / histamine secretion / cytoplasmic vesicle lumen / 2'-deoxyadenosine deaminase activity / inosine biosynthetic process / amide catabolic process / adenosine deaminase / hypoxanthine biosynthetic process / germinal center B cell differentiation / adenosine catabolic process / adenosine deaminase activity / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / hypoxanthine salvage / deoxyadenosine catabolic process / dAMP catabolic process / adenosine metabolic process / positive regulation of T cell differentiation in thymus / AMP catabolic process / dATP catabolic process / mucus secretion / negative regulation of leukocyte migration / regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / response to purine-containing compound / embryonic digestive tract development / allantoin metabolic process / trophectodermal cell differentiation / GMP salvage / IMP salvage / positive regulation of smooth muscle contraction / Peyer's patch development / germinal center formation / negative regulation of mature B cell apoptotic process / AMP salvage / regulation of T cell differentiation in thymus / negative regulation of thymocyte apoptotic process / anchoring junction / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / alpha-beta T cell differentiation / regulation of T cell differentiation / positive regulation of heart rate / leukocyte migration / lung alveolus development / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / thymocyte apoptotic process / B cell proliferation / T cell differentiation / smooth muscle contraction / : / response to vitamin E / positive regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of B cell proliferation / T cell activation / dendrite cytoplasm / liver development / calcium-mediated signaling / lung development / placenta development / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of T cell activation / T cell receptor signaling pathway / T cell differentiation in thymus / in utero embryonic development / lysosome / cell adhesion / response to hypoxia / external side of plasma membrane / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Niu, W. / Shu, Q. / Chen, Z. / Mathews, S. / Di Cera, E. / Frieden, C.

引用

ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2010
タイトル: The role of Zn2+ on the structure and stability of murine adenosine deaminase.
著者: Niu, W. / Shu, Q. / Chen, Z. / Mathews, S. / Di Cera, E. / Frieden, C.

履歴

登録	2010年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mvt.cif.gz	299.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mvt.ent.gz	246.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3mvt_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mvt_full_validation.pdf.gz	458.9 KB	表示
XML形式データ	3mvt_validation.xml.gz	29.7 KB	表示
CIF形式データ	3mvt_validation.cif.gz	41.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/3mvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/3mvt	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3mviC 1a4mS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1uip-d 1fkx-d 3km8-1 1a4l-3 1a4m-1 1uio-d 1fkw-d 1ndw-d 3mvi-1 3t1g-d 1add-d 1vfl-d 5ye8-1 1v7a-d 3km8-2 3loo-2 1a4l-1 1a4l-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosine deaminase

C: Adenosine deaminase

ヘテロ分子

79.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Adenosine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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2

C: Adenosine deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	98.833, 93.827, 86.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.76, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Adenosine deaminase / Adenosine aminohydrolase 分子量: 39715.188 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 4-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ada / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: P03958, adenosine deaminase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.76 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 詳細: 200 mM Ammonium sulfate, 20 % PEG 3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年4月12日
放射	モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 39690 / Num. obs: 37983 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): -0.6 / Observed criterion σ(I): -0.6 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 2.5 % / R_merge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1762 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
MOLREP	from CCP4	位相決定
REFMAC	5.5.0066	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1a4m

1a4m

解像度: 2.2→33.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 15.401 / SU ML: 0.171 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -0.6 / σ(I): -0.6 / ESU R Free: 0.224 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24494	1903	5 %	RANDOM
R_work	0.18677	-	-	-
obs	0.18973	36077	95.65 %	-
all	-	37718	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.117 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.09 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→33.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5584	0	13	265	5862

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5722
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.207	1.968	7742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.248	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.36	24.593	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.192	15	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.267	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4336
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.353	1.5	3482
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.624	2	5638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.287	3	2240
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.903	4.5	2104

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	138	-
R_work	0.277	2466	-
obs	-	2466	90.2 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4452	-1.3564	-0.3266	6.2552	0.9926	0.6513	0.076	0.3478	-0.2277	-0.9331	-0.1672	0.3877	-0.0608	0.0027	0.0912	0.1746	-0.0119	-0.047	0.1193	-0.0208	0.0366	77.5144	-6.7593	-5.5691
2	7.9036	0.5883	-4.8807	9.6818	1.8133	4.5898	0.2238	0.657	-0.1756	-1.1688	-0.1739	1.1109	-0.376	-0.6123	-0.05	0.2749	-0.0032	-0.1668	0.2817	-0.083	0.3932	68.7011	-16.5516	-6.1714
3	4.6573	-0.0131	1.7969	8.3461	-0.1505	2.5997	0.0014	-0.199	-0.521	0.0062	0.0228	0.2608	0.0187	-0.0761	-0.0242	0.0832	0.0105	-0.0046	0.0498	0.0093	0.0882	80.4716	-12.1462	0.252
4	2.576	-0.0234	0.0917	6.7327	0.3165	3.4503	-0.1162	-0.0894	-0.1928	-0.0894	0.1311	-0.4743	0.3233	0.2522	-0.0149	0.05	0.0016	0.0228	0.0773	-0.0151	0.0516	86.5951	-6.4725	3.6378
5	0.2526	-0.1856	-1.0154	11.2897	-4.6216	6.7704	0.0846	-0.0455	0.132	-0.7081	0.0167	-0.9297	-0.0983	0.3547	-0.1013	0.134	-0.0731	0.0544	0.2889	0.0054	0.1582	90.2711	3.5261	-7.0418
6	2.4733	0.6566	-0.7165	5.4134	-1.7442	4.9206	-0.0068	-0.3229	0.0327	0.3591	0.0646	-0.358	0.1342	0.2319	-0.0578	0.0434	0.0191	-0.0339	0.0893	-0.0202	0.032	85.3632	-0.9062	10.5606
7	11.4341	-3.4649	0.1016	2.2614	1.8	2.778	-0.0614	-0.0794	0.4676	-0.3037	0.2579	-0.2931	-0.4919	0.3686	-0.1965	0.1079	-0.0454	0.0225	0.1013	0.0076	0.1086	91.0152	5.8522	6.8567
8	2.21	-2.2151	0.6898	3.7333	0.1277	3.4375	-0.2499	-0.4382	-0.2376	0.9168	0.0869	0.3976	0.199	-0.0604	0.163	0.3532	-0.0669	0.086	0.2677	0.014	0.0518	76.3434	1.303	20.0943
9	2.8396	-0.555	0.125	4.7435	0.5599	2.0593	-0.0477	-0.131	-0.0375	0.0254	-0.1045	1.11	-0.0883	-0.367	0.1523	0.0304	-0.0047	0.0093	0.1373	-0.0355	0.3016	63.3193	5.1168	6.2122
10	7.9426	-2.8321	2.2973	6.7098	-2.1124	5.1348	0.1032	0.2335	0.4591	-0.4798	-0.0957	0.1156	-0.4092	0.406	-0.0075	0.1745	-0.0075	-0.034	0.0628	-0.0242	0.0757	76.3595	18.2118	-0.2949
11	4.0105	-1.5968	-0.3115	4.9485	1.5356	2.1314	0.106	0.0226	0.2369	-0.6127	-0.0991	0.5565	0.0612	-0.34	-0.0069	0.1209	-0.0411	-0.1065	0.0698	0.0175	0.1432	66.935	17.7166	40.0379
12	7.4994	2.2452	-0.5147	5.1695	-0.0103	6.6018	0.0815	0.6948	-0.8232	-0.7378	0.0693	0.4063	0.1598	0.0989	-0.1508	0.2397	0.0398	-0.0914	0.1067	-0.0936	0.2059	75.0274	-3.7122	34.619
13	4.6404	0.1159	1.8047	7.641	0.1145	2.5976	0.0514	-0.1537	-0.5339	-0.0385	0.047	0.4449	0.1397	-0.2183	-0.0984	0.0937	0.0002	0.0006	0.0808	-0.0002	0.0973	72.2686	2.4685	42.0689
14	2.6791	-1.3908	1.1775	5.1338	-1.3072	2.7703	0.1142	0.1584	0.0166	-0.3732	-0.0743	0.0512	0.1412	0.0919	-0.0399	0.0365	-0.0132	0.0019	0.058	-0.0139	0.006	76.6118	13.0416	44.0923
15	5.1141	0.1343	2.4033	5.596	-2.2133	7.3215	-0.0312	0.085	-0.1401	0.1109	-0.1028	-1.0978	0.3803	0.612	0.134	0.0706	0.0413	-0.0317	0.1366	-0.0351	0.2422	86.1015	6.0494	46.9509
16	2.1339	0.0752	0.0697	3.3271	-1.2716	6.4028	-0.0177	-0.1572	0.1078	0.2418	0.0002	-0.2331	-0.1254	0.2838	0.0174	0.0405	0.0162	-0.017	0.1012	-0.0184	0.0241	81.8916	15.1772	52.5153
17	4.8309	-1.8898	3.3759	3.4263	-2.6368	5.6766	0.054	-0.8914	-0.1291	0.8246	0.0954	0.4922	0.1524	-0.5541	-0.1494	0.3888	-0.0603	0.1602	0.2833	-0.0404	0.0891	71.7235	15.9759	63.2989
18	4.9594	-0.3034	-1.3562	6.7499	1.3018	7.1231	0.062	-1.0161	0.5	1.0499	-0.0417	0.7406	-0.3583	-0.7434	-0.0203	0.2421	0.0533	0.1277	0.4638	-0.0949	0.2868	58.9148	23.8044	61.4757
19	1.5577	0.0394	0.084	4.3604	0.5672	1.605	-0.0776	-0.079	0.0258	-0.0393	-0.063	0.8781	-0.0468	-0.3413	0.1407	0.0418	0.0146	0.0094	0.1419	-0.046	0.2063	59.3347	19.8288	46.6654
20	9.7486	-1.4894	2.6451	7.8607	-1.0529	6.9995	-0.0332	0.7397	0.5634	-0.4876	-0.1394	-0.2355	-0.3774	0.4882	0.1726	0.1394	-0.0071	0.004	0.0927	0.0165	0.1166	72.8164	34.3907	40.0384

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 40
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	41 - 55
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	56 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 134
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	135 - 143
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	144 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	171 - 179
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	180 - 233
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	234 - 322
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	323 - 352
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	4 - 22
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	23 - 45
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	46 - 88
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	89 - 110
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	111 - 142
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	143 - 179
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	180 - 237
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	238 - 256
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	257 - 336
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	337 - 352

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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