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万見
- PDB-3mu6: Inhibiting the Binding of Class IIa Histone Deacetylases to Myocy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mu6
タイトルInhibiting the Binding of Class IIa Histone Deacetylases to Myocyte Enhancer Factor-2 by Small Molecules
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
  • Myocyte-specific enhancer factor 2A
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / MADS-box/MEF2 domain / transcription co-factors / protein-DNA complex / protein-protein docking / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / dendrite morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding ...ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / dendrite morphogenesis / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding / SMAD binding / ERK/MAPK targets / cellular response to calcium ion / positive regulation of D-glucose import / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / MAPK cascade / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / apoptotic process / DNA-templated transcription / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. ...SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BXL / DNA / DNA (> 10) / Myocyte-specific enhancer factor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.434 Å
データ登録者Jayathilaka, N. / Han, A. / Gaffney, K. / Dey, R. / He, J. / Ye, J. / Gao, T. / Petasis, N.A. / Chen, L.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Inhibition of the function of class IIa HDACs by blocking their interaction with MEF2.
著者: Jayathilaka, N. / Han, A. / Gaffney, K.J. / Dey, R. / Jarusiewicz, J.A. / Noridomi, K. / Philips, M.A. / Lei, X. / He, J. / Ye, J. / Gao, T. / Petasis, N.A. / Chen, L.
履歴
登録2010年5月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月22日Group: Database references
改定 1.22012年3月21日Group: Database references
改定 1.32012年7月25日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myocyte-specific enhancer factor 2A
B: Myocyte-specific enhancer factor 2A
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
C: Myocyte-specific enhancer factor 2A
D: Myocyte-specific enhancer factor 2A
G: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,7699
ポリマ－54,4318
非ポリマー3371
水00
1
A: Myocyte-specific enhancer factor 2A
B: Myocyte-specific enhancer factor 2A
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,5535
ポリマ－27,2164
非ポリマー3371
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area12140 Å2
手法PISA
2
C: Myocyte-specific enhancer factor 2A
D: Myocyte-specific enhancer factor 2A
G: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2164
ポリマ－27,2164
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8760 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area12160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.567, 61.622, 61.478
Angle α, β, γ (deg.)114.120, 89.990, 89.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D
13C
23B
33D
14A
24B
15C
25D
16C
26B
36D
17E
27G
18F
28H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111CHAIN A RESID 2:60A0
211CHAIN B RESID 2:60B0
112CHAIN C RESID 2:60C0
212CHAIN D RESID 2:60D0
113CHAIN C RESID 2:60C0
213CHAIN B RESID 2:60B0
313CHAIN D RESID 2:60D0
114CHAIN A RESID 68:72A0
214CHAIN B RESID 68:72B0
115CHAIN C RESID 68:72C0
215CHAIN D RESID 68:72D0
116CHAIN C RESID 68:72C0
216CHAIN B RESID 68:72B0
316CHAIN D RESID 68:72D0
117CHAIN EE1 - 17
217CHAIN GG1 - 17
118CHAIN FF1 - 17
218CHAIN HH1 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8

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要素

#1: タンパク質
Myocyte-specific enhancer factor 2A / Serum response factor-like protein 1


分子量: 8402.940 Da / 分子数: 4 / 変異: E71A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2A, MEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02078
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*TP*TP*AP*TP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5200.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*AP*GP*CP*TP*AP*AP*TP*AP*AP*TP*AP*GP*CP*TP*T)-3')


分子量: 5209.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-BXL / (3E)-N~8~-(2-aminophenyl)-N~1~-phenyloct-3-enediamide


分子量: 337.416 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N3O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 50 mM acetic acid, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2, 3.3% Glycerol, 22.5% 3K PEG, pH 4.7, hanging drop, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1acetic acid11
2NaCl11
3MgCl211
4CaCl211
5Glycerol11
63K PEG11
7acetic acid12
8NaCl12
9MgCl212
10CaCl212
11Glycerol12
123K PEG12

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 19854 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 2.751 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.43-2.522.30.25519541.8493.9
2.52-2.622.40.20719591.99193.7
2.62-2.742.40.17119692.0695.6
2.74-2.882.40.15219702.14595.5
2.88-3.062.40.11819882.35695
3.06-3.32.40.06319802.82795.8
3.3-3.632.40.06119853.35395.8
3.63-4.152.30.05620223.77895.5
4.15-5.232.40.04920063.75297.1
5.23-502.40.04320213.32198

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EGW

1egw


解像度: 2.434→33.444 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.801 / SU ML: 0.37 / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 1026 5.18 %
Rwork0.23 --
obs0.231 19819 94.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 21.402 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 94.66 Å2 / Biso mean: 32.949 Å2 / Biso min: 8.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.58 Å2-0.459 Å20.837 Å2
2--7.447 Å2-11.446 Å2
3----1.867 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.434→33.444 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 1382 25 0 3751
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.335574
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004456
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8411605
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
12B485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.019
21C485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
22D485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
31C485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
32B485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.016
33D485X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
41A45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
42B45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.015
51C45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
52D45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
61C45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
62B45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.012
63D45X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
71E345X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
72G345X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
81F346X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
82H346X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.013
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.434-2.5620.3211400.2822584272489
2.562-2.7230.2921420.2592664280695
2.723-2.9330.3181420.2692703284595
2.933-3.2280.2661410.2422707284895
3.228-3.6950.2341270.1962707283496
3.695-4.6530.21760.1852695287196
4.653-33.4470.2021580.1852733289198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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