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- PDB-3mtr: Crystal structure of the Ig5-FN1 tandem of human NCAM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mtr
タイトルCrystal structure of the Ig5-FN1 tandem of human NCAM
要素Neural cell adhesion molecule 1
キーワードCELL ADHESION / NCAM / immunoglobulin domain / fibronectin type III repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / : / virus receptor activity ...regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / commissural neuron axon guidance / NCAM1 interactions / epithelial to mesenchymal transition / ECM proteoglycans / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / Interferon gamma signaling / : / virus receptor activity / RAF/MAP kinase cascade / neuron projection / cell adhesion / Golgi membrane / external side of plasma membrane / cell surface / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, ARP / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Lavie, A. / Foley, D.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure and mutagenesis of neural cell adhesion molecule domains: evidence for flexibility in the placement of polysialic acid attachment sites
著者: Foley, D.A. / Swartzentruber, K.G. / Lavie, A. / Colley, K.J.
履歴
登録2010年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neural cell adhesion molecule 1
B: Neural cell adhesion molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9323
ポリマ－46,8362
非ポリマー961
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2390 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area19220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.090, 155.840, 71.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Neural cell adhesion molecule 1 / N-CAM-1 / NCAM-1


分子量: 23417.867 Da / 分子数: 2 / 断片: Ig5-FN1 tandem (UNP residues 414 to 611) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCAM1, NCAM / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13591
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月15日
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→30 Å / Num. obs: 40353 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 14.92
反射 シェル解像度: 1.79→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.11 / Num. unique all: 6259 / Rsym value: 0.585 / % possible all: 96.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHASER位相決定
ARPモデル構築
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換, ARP
開始モデル: PDB entry 2HAZ

2haz


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 5.384 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.132 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23022 4060 10.2 %RANDOM
Rwork0.18343 ---
all0.18816 35851 --
obs0.18816 35851 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.848 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3018 0 5 340 3363
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223104
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5671.9454249
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6845392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50125.338133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.72415461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.602158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2469
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21280
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.22159
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2760.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9911.52011
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5323178
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63931284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.984.51071
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 286 -
Rwork0.214 2681 -
obs-2681 99.76 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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