PDB-3mt5: Crystal Structure of the Human BK Gating Apparatus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mt5

タイトル

Crystal Structure of the Human BK Gating Apparatus

要素

Potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, alpha member 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / potassium channel

機能・相同性

機能・相同性情報

Acetylcholine inhibits contraction of outer hair cells / Ca2+ activated K+ channels / micturition / response to carbon monoxide / large conductance calcium-activated potassium channel activity / calcium-activated potassium channel activity / negative regulation of cell volume / smooth muscle contraction involved in micturition / intracellular potassium ion homeostasis / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Yuan, P. / MacKinnon, R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure of the human BK channel Ca2+-activation apparatus at 3.0 A resolution.
著者: Yuan, P. / Leonetti, M.D. / Pico, A.R. / Hsiung, Y. / MacKinnon, R.

履歴

登録	2010年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mt5.cif.gz	132.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mt5.ent.gz	99.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/3mt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qns-d 4udy-d 5na8-1 6m01-d 3naf-d 6oid-d 3tqt-d 3rur-d 1suf-d 3da3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #167 - 2013年11月 SNAREタンパク質 (SNARE Proteins) 類似性 (1) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, alpha member 1

ヘテロ分子

81.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, alpha member 1

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
491 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.518, 144.518, 182.195
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質	Potassium large conductance calcium-activated channel, subfamily M, alpha member 1 分子量: 81644.406 Da / 分子数: 1 / 断片: Cytoplasmic Domain (UNP RESIDUED 356-1071) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KCNMA1, RP11-443A13.1-004 / プラスミド: pFastBac 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q5SVK2, UniProt: Q12791*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1
4	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	24-ID-C	1	0.9792
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9792
シンクロトロン	NSLS	X29A	3	0.9793
シンクロトロン	NSLS	X29A	4	0.964

検出器

ID	検出器	日付
1	CCD	2009年12月12日
2	CCD	2010年1月29日
3	CCD	2010年1月29日
4	CCD	2010年1月29日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1
3	MAD	M	x-ray	1
4	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9792	1
2	0.9793	1
3	0.964	1

Reflection

冗長度: 7 % / Av σ(I) over netI: 19.6 / 数: 122548 / R_merge(I) obs: 0.105 / Χ²: 1.39 / D res high: 3.3 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 17611 / % possible obs: 99.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.1	50	98.5	1	0.044	3.142	6.3
5.64	7.1	99.8	1	0.089	1.806	6.8
4.93	5.64	99.9	1	0.084	1.347	6.9
4.48	4.93	99.9	1	0.073	1.307	7
4.16	4.48	100	1	0.087	1.21	7
3.91	4.16	100	1	0.129	1.092	7.1
3.72	3.91	100	1	0.177	1.042	7.1
3.55	3.72	100	1	0.232	0.998	7.1
3.42	3.55	100	1	0.346	1.028	7.2
3.3	3.42	100	1	0.493	1.004	7.2

反射

解像度: 3→50 Å / Num. obs: 23149 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.089 / Χ²: 1.077 / Net I/σ(I): 9.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3-3.11	5.9	0.738	2253	1.1	99.9
3.11-3.23	5.9	0.514	2267	1.072	99.9
3.23-3.38	5.9	0.339	2261	1.096	99.9
3.38-3.56	5.9	0.211	2263	1.124	100
3.56-3.78	5.9	0.132	2282	1.042	100
3.78-4.07	5.9	0.096	2301	1.051	100
4.07-4.48	5.8	0.062	2298	1.009	100
4.48-5.13	5.7	0.054	2324	1.045	100
5.13-6.46	5.6	0.067	2369	1.146	100
6.46-50	5.2	0.032	2531	1.087	99.8

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
3 wavelength	1	1	0.9792	6.03	-7.52
3 wavelength	1	2	0.9793	2.87	-9.08
3 wavelength	1	3	0.964	3.72	-4.35

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.424	0.226	0.126	0.91
2	Se	60	0.73	0.07	0.17	0.554
3	Se	60	0.456	0.143	0.142	0.92
4	Se	43.532	0.339	0.379	0.103	0.393
5	Se	60	0.498	0.177	0.063	0.548
6	Se	60	0.308	0.266	0.157	0.634
7	Se	60	0.566	0.157	0.085	0.672
8	Se	17.725	0.402	0.35	0.078	0.269
9	Se	60	0.466	0.146	0.243	0.62
10	Se	50.392	0.514	0.375	0.166	0.412
11	Se	60	0.461	0.399	0.18	0.63
12	Se	60	0.369	0.275	0.092	0.649
13	Se	60	0.53	0.405	0.041	0.618

Phasing dm

FOM : 0.7 / FOM acentric: 0.7 / FOM centric: 0.72 / 反射: 16652 / Reflection acentric: 14118 / Reflection centric: 2534

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
9.4-19.902	0.95	0.97	0.93	756	483	273
5.9-9.4	0.85	0.86	0.81	2371	1840	531
4.7-5.9	0.8	0.81	0.73	2889	2410	479
4.1-4.7	0.79	0.8	0.77	2843	2443	400
3.5-4.1	0.64	0.64	0.64	4876	4306	570
3.3-3.5	0.43	0.43	0.45	2917	2636	281

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3→47.5 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.908 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / WR_factor R_free: 0.265 / WR_factor R_work: 0.234 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.825 / SU B: 17.116 / SU ML: 0.314 / SU R Cruickshank DPI: 0.91 / SU R_free: 0.393 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.393
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.278	1187	5.1 %	RANDOM
R_work	0.246	-	-	-
obs	0.248	21937	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.18 Å² / B_iso mean: 67.341 Å² / B_iso min: 34.06 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.44 Å²	0.72 Å²	-0 Å²
2-	-	1.44 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→47.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4680	0	6	0	4686

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	4775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.215	1.963	6465
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.706	5	586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.17	24.583	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.655	15	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.222	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	746
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3546
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.603	1.5	2951
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.145	2	4768
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.16	3	1824
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.109	4.5	1697

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	86	-
R_work	0.328	1578	-
all	-	1664	-
obs	-	-	99.64 %

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