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- PDB-3mst: Crystal structure of a Putative nitrate transport protein (TVN010... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mst
タイトルCrystal structure of a Putative nitrate transport protein (TVN0104) from THERMOPLASMA VOLCANIUM at 1.35 A resolution
要素Putative nitrate transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #200 / Protein of unknown function DUF3834 / Protein of unknown function (DUF3834) / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / ACETATE ION / Unknown ligand / TVG0108190 protein
機能・相同性情報
生物種Thermoplasma volcanium (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative nitrate transport protein (TVN0104) from THERMOPLASMA VOLCANIUM at 1.35 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nitrate transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,41512
ポリマ－27,9311
非ポリマー48511
水4,918273
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.042, 80.040, 42.522
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Putative nitrate transport protein


分子量: 27930.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermoplasma volcanium (古細菌) / 遺伝子: TV0103, TVG0108190 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q97CJ8

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非ポリマー , 5種, 284分子

#2: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. DNA SEQUENCING ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH AN N-TERMINAL PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. DNA SEQUENCING OF THE CLONED CONSTRUCT REVEALS A SERINE AT POSITION 8 INSTEAD OF AN ALANINE. THE SERINE AT POSITION 8 IS SUPPORTED BY ELECTRON DENSITY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.0740.45MAD PHASING WAS ACOMPLISHED WITH 3-WAVELENGTH DATA FROM A SECOND CRYSTAL THAT DIFFRACTED TO 2.2 A. THE INITIAL MODEL BUILT FROM THESE PHASES WAS REFINED AGAINST THE CURRENT 1.35 A DATA.
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.330.25M calcium chloride, 14.0% 2-propanol, 0.1M sodium acetate pH 4.33, temperature 277K, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法4.330.25M calcium chloride, 22.0% 2-propanol, 0.1M sodium acetate pH 4.33, temperature 277K, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL9-210.91837
シンクロトロンSSRL BL11-120.97959, 0.91837, 0.97917
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2010年3月10日Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2010年2月11日Flat mirror (vertical focusing)
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979591
30.979171
反射解像度: 1.35→41.13 Å / Num. obs: 49540 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.88 % / Biso Wilson estimate: 19.818 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 14.71
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.35-1.40.5032.21622649591,296.5
1.4-1.450.4131620944201,2100
1.45-1.520.2944.11948052811,299.8
1.52-1.60.2115.61828549501,299.8
1.6-1.70.1427.81832249271,299.9
1.7-1.830.10510.41843549341,299.7
1.83-2.020.097162678751151,2100
2.02-2.310.07523.53424549241,299.8
2.31-2.910.05531.13717049861,299.9
2.91-41.130.03742.23659550441,299.7

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.35→41.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.981 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.15 / SU B: 1.689 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.048
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3) UNIDENTIFIED LIGAND (UNL) HAS BEEN MODELED IN ELECTRON DENSITY FOUND NEAR THE PUTATIVE ACTIVE SITES. (4) CHLORIDE (CL) AND ACETATE (ACT) IONS FROM CRYSTALLIZATION CONDITION, AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) MOLECULES FROM CRYO CONDITION ARE MODELED INTO THE STRUCTURE. (5) THE EXPERIMENTAL PHASE RESTRAINTS INCLUDED IN THE REFINEMENT ARE FROM A THREE- WAVELENGTH MAD DATA SET COLLECTED FROM THE SECOND CRYSTAL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.155 2500 5.1 %RANDOM
Rwork0.119 ---
obs0.121 49502 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.72 Å2 / Biso mean: 18.029 Å2 / Biso min: 6.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20.26 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.35→41.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1809 0 30 273 2112
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222089
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6611.9762842
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.98433522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7715284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16324.33390
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.32915380
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7121513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022459
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.53131314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.923533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.53542148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8455775
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.8526694
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.78233524
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 193 -
Rwork0.224 3286 -
all-3479 -
obs--95.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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