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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3msi | ||||||
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タイトル | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 | ||||||
![]() | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 | ||||||
![]() | ANTIFREEZE / ANTIFREEZE POLYPEPTIDE / MUTANT / ICE BINDING PROTEIN / THERMAL HYSTERESIS PROTEIN / GLYCOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Deluca, C.I. / Davies, P.L. / Ye, Q. / Jia, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The effects of steric mutations on the structure of type III antifreeze protein and its interaction with ice. 著者: DeLuca, C.I. / Davies, P.L. / Ye, Q. / Jia, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 24.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7063.395 Da / 分子数: 1 / 変異: A16H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 50-55% AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4-4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 30 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jia, Z.,(1995) Protein Sci., 4, 1236. / PH range low: 4.5 / PH range high: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月11日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→8 Å / Num. obs: 4933 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Rsym value: 0.306 / % possible all: 98.3 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.43 Å / Num. obs: 9650 / % possible obs: 83.9 % / Num. measured all: 40197 / Rmerge(I) obs: 0.065 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: 1MSI 解像度: 1.43→50 Å / 交差検証法: FREE-R REFINEMENT / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.43→50 Å
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 9650 / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rfree: 0.25 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |