PDB-3ms2: Glycogen phosphorylase complexed with 4-methylbenzaldehyde-4-(bet...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ms2

タイトル

Glycogen phosphorylase complexed with 4-methylbenzaldehyde-4-(beta-D-glucopyranosyl) thiosemicarbazone

要素

Glycogen phosphorylase, muscle form

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Glycogenolysis / type 2 diabetes / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

maltodextrin phosphorylase activity / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Alexacou, K.-M.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2010
タイトル: The binding of beta-D-glucopyranosyl-thiosemicarbazone derivatives to glycogen phosphorylase: a new class of inhibitors
著者: Alexacou, K.M. / Tenchiu Deleanu, A.C. / Chrysina, E.D. / Charavgi, M.D. / Kostas, I.D. / Zographos, S.E. / Oikonomakos, N.G. / Leonidas, D.D.

履歴

登録	2010年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年11月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ms2.cif.gz	182.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ms2.ent.gz	142.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ms2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3ms2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/3ms2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mqfC 3mrtC 3mrvC 3mrxC 3ms4C 3ms7C 3mscC 3mt7C 3mt8C 3mt9C 3mtaC 3mtbC 3mtdC 3nc4C 2prjS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xc7-1 1p29-1 3mtb-1 2qn3-1 6f3r-1 6f3s-1 2gpa-1 2iei-d 6qa7-1 3mqf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

98.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

A: Glycogen phosphorylase, muscle form

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
196 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.583, 127.583, 115.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1048- HOH

#1: タンパク質	Glycogen phosphorylase, muscle form / Myophosphorylase 分子量: 97519.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Muscle / 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-18S / N-({(2E)-2-[(4-methylphenyl)methylidene]hydrazino}carbonothioyl)-beta-D-glucopyranosylamine / 4-methylbenzaldehyde-4-(beta-D-glucopyranosyl) thiosemicarbazone / 4-メチルベンズアルデヒド4-(β-D-グルコピラノシル)チオセミカルバゾン分子量: 355.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₁N₃O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.99 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: small tubes / pH: 6.7 詳細: 20 mg/ml of protein in a buffer solution containing 10 mM BES pH 6.7, 1 mM EDTA and 3 mM DTT. 20mM inhibitor in 20% DMSO soaked native crystal for 3.5 hrs, pH 6.7, SMALL TUBES, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.04498 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月19日
放射	モノクロメーター: Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04498 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→35.6 Å / Num. all: 49630 / Num. obs: 49630 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CNS		精密化
HKL-3000		データ収集
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 2PRJ

2prj

解像度: 2.1→34.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 4.619 / SU ML: 0.122 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22285	2509	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18302	-	-	-
obs	0.18508	47052	88.37 %	-
all	-	47052	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.77 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→34.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6608	0	48	262	6918

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	6813
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.192	1.96	9223
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.648	5	808
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.24	23.534	348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.205	15	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.282	15	59
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	998
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5223
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.186	0.2	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	4683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	444
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.158	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.121	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.635	1.5	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.229	2	6519
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.791	3	2775
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.064	4.5	2704
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	163	-
R_work	0.245	3168	-
obs	-	-	82.35 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)