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万見
- PDB-3mrl: Crystal Structure of MHC class I HLA-A2 molecule complexed with H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mrl
タイトルCrystal Structure of MHC class I HLA-A2 molecule complexed with HCV NS3-1073-1081 nonapeptide C6V variant
要素
  • 9-meric peptide from Serine protease/NTPase/helicase NS3
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC class I / HLA / IMMUNE RESPONSE / NONAPEPTIDE / VIRAL PEPTIDE / HEPATITIS C VIRUS / NS3 PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of triglyceride biosynthetic process / hepacivirin / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / host cell mitochondrial membrane / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation ...positive regulation of triglyceride biosynthetic process / hepacivirin / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / host cell mitochondrial membrane / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / CD8 receptor binding / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / antibacterial humoral response / positive regulation of cellular senescence / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / T cell receptor signaling pathway / nucleoside-triphosphate phosphatase / negative regulation of neuron projection development / channel activity / protein refolding / viral nucleocapsid / early endosome membrane / monoatomic ion transmembrane transport / protein homotetramerization / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / defense response to Gram-positive bacterium / host cell perinuclear region of cytoplasm / immune response / host cell endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis C virus genotype 1b
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Gras, S. / Reiser, J.-B. / Chouquet, A. / Le Gorrec, M. / Debeaupuis, E. / Echasserieau, K. / Saulquin, X. / Bonneville, M. / Housset, D.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2014
タイトル: Analysis of Relationships between Peptide/MHC Structural Features and Naive T Cell Frequency in Humans.
著者: Reiser, J.B. / Legoux, F. / Gras, S. / Trudel, E. / Chouquet, A. / Leger, A. / Le Gorrec, M. / Machillot, P. / Bonneville, M. / Saulquin, X. / Housset, D.
履歴
登録2010年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22015年1月28日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
P: 9-meric peptide from Serine protease/NTPase/helicase NS3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8783
ポリマ－46,8783
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4390 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.634, 80.973, 57.019
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 34008.711 Da / 分子数: 1 / 断片: HLA-A*0201 alpha chain, UNP resiude 25-300 / 変異: A245V / 由来タイプ: 組換発現
詳細: C-terminal biotin acceptor peptide sequence tag (GSLHHILDAQKMVWNHR)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA, HLA-A, HLAA / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90F LAQQ1 / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, BETA-2 MICROGLUBULIN, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): X90F LAQQ1 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 9-meric peptide from Serine protease/NTPase/helicase NS3


分子量: 990.176 Da / 分子数: 1 / 断片: NS3 protein fragment, UNP residues 1073-1081 / 変異: C6V / 由来タイプ: 合成
詳細: chemical synthesis; Variant of a sequence occurring in Hepatitis C virus NS3 protein
由来: (合成) Hepatitis C virus genotype 1b (isolate HC-J1) (C型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: Q03463
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 6000, 0.1M NaCitrate, 3.6mg/ml protein conc., pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97569 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97569 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16618 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.99 % / Biso Wilson estimate: 40.304 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 7.82
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
2.4-2.480.5532.93798149590.2
2.48-2.580.4963.54236161191.2
2.58-2.680.3544.43694140990.9
2.68-2.80.26453701140690.9
2.8-2.940.20163576134690
2.94-3.10.1517.13373126590
3.1-3.290.2497.94587132499.3
3.29-3.510.199.24199120398.8
3.51-3.790.14310.63960114798.3
3.79-4.160.11311.73647107098.1
4.16-4.650.09512.8316894697.6
4.65-5.370.08613.1283685398
5.37-6.570.0912.9228070998.2
6.57-9.30.07113.7187956197.9
9.30.06112.273827384

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.0044精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MRG

3mrg


解像度: 2.41→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 5.585 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.343 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY; 10 to 20 refinement cycles with all observed reflections were performed at the end of the refinement procedure, in order to obtain the most accurate model. ...詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY; 10 to 20 refinement cycles with all observed reflections were performed at the end of the refinement procedure, in order to obtain the most accurate model. Rwork and Rfree values corresponds to the coordinates just before these very last cycles.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1599 10.2 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.205 15691 90.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.73 Å2 / Biso mean: 31.59 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å2-1.28 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3145 0 0 47 3192
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0213245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2231.9194409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.995384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64523.121173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.88215527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9351528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2451
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212551
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.06421912
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98833088
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84331333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.90941319
LS精密化 シェル解像度: 2.409→2.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 90 -
Rwork0.253 856 -
all-946 -
obs--80.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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