PDB-3mqw: Crystal structure of a putative endoribonuclease L-PSP from Entam...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mqw

タイトル

Crystal structure of a putative endoribonuclease L-PSP from Entamoeba histolytica with higher solvent content and an ordered N-terminal tag

要素

putative Endoribonuclease L-PSP

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / putative Endoribonuclease / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

deaminase activity / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a putative endoribonuclease L-PSP from Entamoeba histolytica
著者: Gardberg, A. / Abendroth, J. / Staker, B.

履歴

登録	2010年4月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mqw.cif.gz	321 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mqw.ent.gz	261.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mqw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mqw_validation.pdf.gz	519.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mqw_full_validation.pdf.gz	528.5 KB	表示
XML形式データ	3mqw_validation.xml.gz	41.1 KB	表示
CIF形式データ	3mqw_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mqw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/3mqw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3m4sS 3m1x S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6imc-3 1mew-d 6imc-2 1k0a-d 2xuw-d 6imc-1 6imc-4 3mmy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EnhiA.00579.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#124 - 2010年4月
コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: putative Endoribonuclease L-PSP

B: putative Endoribonuclease L-PSP

C: putative Endoribonuclease L-PSP

D: putative Endoribonuclease L-PSP

E: putative Endoribonuclease L-PSP

F: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

96.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: putative Endoribonuclease L-PSP

B: putative Endoribonuclease L-PSP

C: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: putative Endoribonuclease L-PSP

E: putative Endoribonuclease L-PSP

F: putative Endoribonuclease L-PSP

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.000, 99.720, 106.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	F
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	A

NCSドメイン領域:

#1: タンパク質	putative Endoribonuclease L-PSP 分子量: 15685.029 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ) 遺伝子: EHI_087570, HM-1:IMSS / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C4LXT9
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: JCSG+ SCREEN CONDITION F2: 100MM CITRATE, 3150 MM AMMONIUM SULFATE, ENHIA.00579.A AT 26 MG/ML IN THE PRESENCE OF 2 MM SODIUM ORTHOVANADATE, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→19.86 Å / Num. all: 83127 / Num. obs: 81926 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.34 Å² / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.29
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6076 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3M4S

3m4s

解像度: 1.8→19.86 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 4.429 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.183	4096	5 %	RANDOM
R_work	0.147	-	-	-
all	0.148	83127	-	-
obs	0.148	81664	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.86 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5907	0	136	766	6809

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.995	8517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.661	5	861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.315	25.963	218
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.919	15	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.943	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	4640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.864	1.5	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.463	2	6604
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.777	3	2134
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.551	4.5	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 745 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	loose positional	0.2	5
B	loose positional	0.18	5
C	loose positional	0.2	5
D	loose positional	0.2	5
E	loose positional	0.34	5
F	loose positional	0.28	5
A	loose thermal	1.47	10
B	loose thermal	1.68	10
C	loose thermal	1.52	10
D	loose thermal	1.35	10
E	loose thermal	1.37	10
F	loose thermal	1.94	10

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	275	-
R_work	0.225	5188	-
obs	-	5463	90 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7596	0.0597	-0.0574	0.4717	0.1277	0.5247	0.0158	-0.0368	0.1008	0.013	-0.0088	0.0468	-0.0413	-0.0429	-0.007	0.0097	-0.003	0.0104	0.0153	-0.01	0.0262	-32.1681	-11.1443	11.0413
2	0.7192	0.1966	-0.1007	0.773	-0.0881	0.5152	-0.0164	0.1077	-0.007	-0.0858	-0.0108	0.0064	0.0411	-0.0537	0.0272	0.0194	-0.0089	0.0065	0.0308	-0.0097	0.0056	-22.4812	-19.2797	-8.8195
3	0.9148	0.2808	-0.3469	0.4089	-0.1835	0.4321	-0.0005	-0.1289	-0.0475	0.0246	-0.0421	-0.0258	0.0344	0.0675	0.0426	0.0113	0.0059	0.0026	0.0235	0.0097	0.0063	-10.4348	-21.1498	11.6026
4	0.2816	0.0876	-0.0308	1.179	-0.3014	0.5108	0.0017	0.0044	0.0029	-0.0578	-0.0423	-0.083	-0.0151	0.1208	0.0406	0.008	-0.0066	0.0082	0.0331	0.0079	0.0175	4.7898	7.4767	-9.0469
5	0.8852	-0.0554	0.0537	0.9706	-0.0965	0.7376	0.0195	0.0437	0.0136	-0.0212	-0.0445	0.0928	-0.0833	-0.0316	0.025	0.0177	0.0091	-0.0031	0.0075	-0.0015	0.0284	-16.1434	19.6307	-8.5596
6	1.0761	0.2528	-0.275	0.744	-0.219	0.6562	0.0681	-0.1641	0.027	0.1557	-0.0685	0.0155	-0.1107	0.0561	0.0003	0.0687	-0.0336	-0.0037	0.0369	-0.0033	0.0068	-2.7678	17.5087	10.8304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-6 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-12 - 127
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-8 - 127
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-13 - 127
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-7 - 127
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-7 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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