- PDB-3mqq: The Crystal Structure of the PAS domain in complex with Ethanol o... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3mqq
タイトル
The Crystal Structure of the PAS domain in complex with Ethanol of a Transcriptional Regulator in the LuxR family from Burkholderia thailandensis to 1.65A
要素
Transcriptional regulator, LuxR family
キーワード
Transcription regulator / PAS domain / LuxR / regulator / PSI / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報
regulation of DNA-templated transcription / DNA binding 類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / PAS domain / PAS domain / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / PAS domain ...LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / PAS domain / PAS domain / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / Transcriptional regulator, LuxR family 類似検索 - 構成要素
モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 32890 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 2.372 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル
解像度 (Å)
冗長度 (%)
Rmerge(I) obs
Num. unique all
Χ2
Diffraction-ID
% possible all
1.65-1.71
3.7
0.627
3244
0.931
1
99
1.71-1.78
3.7
0.455
3250
0.959
1
99
1.78-1.86
3.7
0.297
3270
1.025
1
99.3
1.86-1.96
3.7
0.211
3248
1.207
1
99.5
1.96-2.08
3.7
0.147
3292
1.441
1
99.5
2.08-2.24
3.7
0.113
3320
1.832
1
99.7
2.24-2.46
3.7
0.097
3270
2.334
1
99.9
2.46-2.82
3.7
0.092
3332
3.381
1
100
2.82-3.55
3.6
0.074
3341
4.248
1
99.7
3.55-50
3.5
0.072
3323
6.664
1
96.5
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
NB
DENZO
データ削減
SCALEPACK
データスケーリング
REFMAC
精密化
PDB_EXTRACT
3.004
データ抽出
SBC-Collect
データ収集
HKL-3000
データ削減
HKL-3000
データスケーリング
PHASER
位相決定
精密化
解像度: 1.65→33.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.915 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.257
1667
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.224
-
-
-
obs
0.225
32814
98.81 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK