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- PDB-3mqh: crystal structure of the 3-N-acetyl transferase WlbB from Bordete... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mqh
タイトルcrystal structure of the 3-N-acetyl transferase WlbB from Bordetella petrii in complex with CoA and UDP-3-amino-2-acetamido-2,3-dideoxy glucuronic acid
要素Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / beta helix / acetyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; - #110 / : / Ubiquitin Ligase Nedd4; Chain: W; / Hexapeptide repeat proteins / Hexapeptide repeat / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Single Sheet / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / Chem-MJZ / PHOSPHATE ION / Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella petrii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者thoden, J.B. / holden, H.M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Molecular structure of WlbB, a bacterial N-acetyltransferase involved in the biosynthesis of 2,3-diacetamido-2,3-dideoxy-D-mannuronic acid .
著者: Thoden, J.B. / Holden, H.M.
履歴
登録2010年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
B: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
C: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
D: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
E: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
F: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,29235
ポリマ－124,6306
非ポリマー9,66229
水30,5891698
1
A: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
B: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
C: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,38519
ポリマ－62,3153
非ポリマー5,07116
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14130 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area20410 Å2
手法PISA
2
D: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
E: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
F: Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,90716
ポリマ－62,3153
非ポリマー4,59213
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13790 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area20680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.466, 107.891, 91.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.55, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Lipopolysaccharides biosynthesis acetyltransferase


分子量: 20771.611 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bordetella petrii (バクテリア) / 株: ATCC BAA-461, DSM 12804, CCUG 43448 / 遺伝子: Bpet4817, wlbB / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3)
参照: UniProt: A9IH93, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの

-
非ポリマー , 7種, 1727分子

#2: 化合物
ChemComp-MJZ / (2S,3S,4R,5R,6R)-5-(acetylamino)-4-amino-6-{[(R)-{[(R)-{[(2R,3S,4R,5R)-5-(2,4-dioxo-3,4-dihydropyrimidin-1(2H)-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-3-hydroxytetrahydro-2H-pyran-2-carboxylic acid


分子量: 620.352 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H26N4O17P2
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1698 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.41 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 16-20% PEG3400, 210 mM tetramethylammonium chloride, 100 mM HEPPS, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→50 Å / Num. all: 213775 / Num. obs: 213775 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.43→1.48 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 17966 / Rsym value: 0.125 / % possible all: 76.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3MQG

3mqg


解像度: 1.43→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 0.902 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20645 10686 5 %RANDOM
Rwork0.17417 ---
all0.176 213775 --
obs0.17578 203089 89.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.093 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å20 Å20.52 Å2
2---0.74 Å20 Å2
3---1.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.43→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8690 0 612 1698 11000
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0219609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1241.99913138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54751174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.89422.767430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.373151376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4361594
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1450.21457
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2911.55687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97529152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.22233922
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9894.53969
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.467 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 667 -
Rwork0.235 12154 -
obs--73.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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