PDB-3mpx: Crystal structure of the DH and PH-1 domains of human FGD5

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mpx

タイトル

Crystal structure of the DH and PH-1 domains of human FGD5

要素

FYVE, RhoGEF and PH domain-containing protein 5

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / Structural Genomics Consortium / DH domain / PH domain / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

guanyl-nucleotide exchange factor activity => GO:0005085 / filopodium assembly / regulation of GTPase activity / ruffle / cytoskeleton organization / guanyl-nucleotide exchange factor activity / small GTPase binding / ruffle membrane / lamellipodium / regulation of cell shape ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. ...

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of the DH and PH-1 domains of human FGD5
著者: Shen, Y. / Nedyalkova, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / Crombet, L. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2010年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年6月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mpx.cif.gz	72 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mpx.ent.gz	54 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mpx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mpx_validation.pdf.gz	433.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mpx_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	3mpx_validation.xml.gz	12.2 KB	表示
CIF形式データ	3mpx_validation.cif.gz	16 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3s9d-2 5mn2-2 3tgx-7 5mn2-1 6d8z-2 3s9d-1 1mtl-d 1ys3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (5) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (6)

登録構造単位

A: FYVE, RhoGEF and PH domain-containing protein 5

50.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.140, 70.645, 127.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	FYVE, RhoGEF and PH domain-containing protein 5 / Zinc finger FYVE domain-containing protein 23 分子量: 50303.230 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 889-1304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FGD5, ZFYVE23 / プラスミド: pET28-MHL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-V2R-pRARE2 / 参照: UniProt: Q6ZNL6
#2: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成
配列の詳細	THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONTAINED AMINO-ACIDS AS GIVEN IN DBREF. THIS PROTEIN LIKELY ...THE PROTEIN USED FOR CRYSTALLIZATION CONTAINED AMINO-ACIDS AS GIVEN IN DBREF. THIS PROTEIN LIKELY DEGRADED IN THE PRESENCE TRYPSIN TO A TRUNCATED SPECIES DURING THE CRYSTALLIZATION EXPERIMENT. THEREFORE, CALCULATED VM AND VS VALUES ARE BASED ON AN ESTIMATE. THE AUTHORS ASSUMED RESIDUES 890 TO 1205 TO BE PRESENT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.6 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% w/v PEG 3350, 0.2M lithium sulfate, 0.1M HEPES pH 7.5. 1:100 trypsin was also added. vapor diffusion, sitting drop, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942, 0.97934

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月25日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97942	1
2	0.97934	1

反射

解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 9116 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.142 / Χ²: 1.237 / Net I/σ(I): 5.5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.8-2.85	6.3	0.469	434	0.807	96.9
2.85-2.9	7.3	0.435	441	0.784	100
2.9-2.96	7.2	0.342	461	0.775	100
2.96-3.02	7.3	0.334	429	0.791	100
3.02-3.08	7.2	0.295	446	0.808	100
3.08-3.15	7.2	0.25	436	0.831	100
3.15-3.23	7.1	0.215	466	0.867	100
3.23-3.32	7.2	0.197	429	0.931	100
3.32-3.42	7.2	0.177	450	0.878	100
3.42-3.53	7.1	0.153	458	1.141	100
3.53-3.65	7.1	0.14	450	1.074	100
3.65-3.8	7.1	0.132	449	1.175	100
3.8-3.97	7	0.117	450	1.335	100
3.97-4.18	7	0.116	458	1.519	99.8
4.18-4.44	6.9	0.111	462	1.683	100
4.44-4.78	6.9	0.098	463	1.794	100
4.78-5.26	6.7	0.098	451	1.447	100
5.26-6.02	6.5	0.117	471	1.308	100
6.02-7.56	6.7	0.102	486	1.55	100
7.56-30	6.1	0.071	526	3.287	100

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
RESOLVE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.8→29.71 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.842 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: Model was refined against inflection wavelength data

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.289	430	4.77 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
obs	0.221	9013	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.702 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.505 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.803 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.376 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.71 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2287	0	11	0	2298

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2326	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.12	3157	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		785	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		54	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		348	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2326	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.72
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.9
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		305	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2621	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.8→3.13 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.354	142	5.69 %
R_work	0.228	2355	-
all	0.235	2497	-

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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