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- PDB-3mpv: Structure of EUTL in the zinc-induced open form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mpv
タイトルStructure of EUTL in the zinc-induced open form
要素Ethanolamine utilization protein eutL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / shell protein / bacterial microcompartment / ethanolamine / carboxysome
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / structural molecule activity / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Bacterial microcompartment shell protein EutL / Bacterial microcompartment shell protein, EutL/PduB type / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Bacterial microcompartment shell protein EutL / Bacterial microcompartment shell protein, EutL/PduB type / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain / Bacterial microcompartment (BMC) circularly permuted domain profile. / BMC (bacterial microcompartment) domain / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Bacterial microcompartment shell protein EutL
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Sagermann, M. / Takenoya, M. / Nikolakakis, K.
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2010
タイトル: Crystallographic insights into the pore structures and mechanisms of the EutL and EutM shell proteins of the ethanolamine-utilizing microcompartment of Escherichia coli.
著者: Takenoya, M. / Nikolakakis, K. / Sagermann, M.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of the EutL shell protein of the ethanolamine ammonia lyase microcompartment.
著者: Sagermann, M. / Ohtaki, A. / Nikolakakis, K.
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月20日Group: Database references
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein eutL
B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6728
ポリマ－47,2672
非ポリマー4056
水23413
1
A: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,72415
ポリマ－70,9013
非ポリマー82312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area3740 Å2
ΔGint-428 kcal/mol
Surface area26840 Å2
手法PISA
2
B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子

B: Ethanolamine utilization protein eutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2939
ポリマ－70,9013
非ポリマー3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_765-y+2,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_675-x+y+1,-x+2,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-215 kcal/mol
Surface area28120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.415, 67.415, 79.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Ethanolamine utilization protein eutL


分子量: 23633.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2439, eutL, JW2432, yffJ / プラスミド: TOPO101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P76541
#2: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M NaCl, 100 mM phosphate, 100 mM MES buffer, 5 % PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.979464 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月1日 / 詳細: Si III mirror
放射モノクロメーター: SI 111 bend crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979464 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.55
11K, H, -L20.45
反射解像度: 2.6→58.43 Å / Num. obs: 11274 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 1.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3GFH

3gfh


解像度: 2.6→58.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.85 / SU B: 14.419 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Data sets for this crystal appeared twinned. refinement was carried out as described in primary citation. The N-terminal methionine as well ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Data sets for this crystal appeared twinned. refinement was carried out as described in primary citation. The N-terminal methionine as well as the residues from 215B (or 216A) on (including the HIS6-tag) were not visible in the density. Likewise, the aas between residues 69 and 83 and 180-183 were also not visible in the density.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26672 972 7.9 %RANDOM
Rwork0.22176 ---
obs0.22523 11250 98.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.034 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--34.58 Å20 Å20 Å2
2---34.58 Å20 Å2
3---69.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→58.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2942 0 9 13 2964
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0222999
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1711.9714096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86636483
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9375394
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.95724.386114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.7815442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.3451516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0213364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02562
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8081.51998
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1441.5808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4823196
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2331001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6334.5900
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.47 74 -
Rwork0.452 789 -
obs--94.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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