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- PDB-3mpr: Crystal Structure of endonuclease/exonuclease/phosphatase family ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mpr
タイトルCrystal Structure of endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein from Bacteroides thetaiotaomicron, Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR318A
要素Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-5'-RNA exonuclease activity / endonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / BROMIDE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Unknown ligand / Endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.899 Å
データ登録者Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. ...Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Northeast Structural Genomics Consortium Target BtR318A
著者: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast ...著者: Kuzin, A. / Su, M. / Seetharaman, J. / Mao, M. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Lee, D. / Everett, J.K. / Nair, R. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
履歴
登録2010年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
B: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
C: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
D: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,08334
ポリマ－138,3924
非ポリマー1,69130
水22,0141222
1
A: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
B: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,01521
ポリマ－69,1962
非ポリマー81919
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
D: Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,06813
ポリマ－69,1962
非ポリマー87211
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.643, 103.143, 79.811
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein


分子量: 34597.898 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
遺伝子: BT_3783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic / 参照: UniProt: Q8A183

-
非ポリマー , 5種, 1252分子

#2: 化合物
ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 化合物
ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 8 / 由来タイプ: 合成
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microbatch under oil / pH: 5
詳細: Protein solution: 100mM NaCl, 5mM DTT, 0.02% NaN3, 10mM Tris-HCl (pH 7.5), Reservoir solution:LiBr 0.1M, NaAcetate 0.1M, PEG8000 20% v/v, microbatch under oil, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97909 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97909 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 94601 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 16.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.899→39.474 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.52 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.204 4742 5.01 %
Rwork0.156 --
obs0.1584 94569 99.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.29 Å2 / ksol: 0.346 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.1738 Å20 Å2-0.3088 Å2
2--4.6256 Å20 Å2
3----1.4518 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.899→39.474 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9021 0 60 1222 10303
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0069403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.05512708
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4773413
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0841281
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8992-1.92070.27181500.23432836X-RAY DIFFRACTION95
1.9207-1.94330.24941590.20232995X-RAY DIFFRACTION99
1.9433-1.9670.24421380.17912955X-RAY DIFFRACTION99
1.967-1.99190.22091520.16792956X-RAY DIFFRACTION99
1.9919-2.01810.22961480.16363015X-RAY DIFFRACTION99
2.0181-2.04580.2371510.16522996X-RAY DIFFRACTION99
2.0458-2.0750.21981810.17472946X-RAY DIFFRACTION99
2.075-2.1060.21431590.16472978X-RAY DIFFRACTION99
2.106-2.13890.25191310.15422998X-RAY DIFFRACTION100
2.1389-2.1740.221700.15412980X-RAY DIFFRACTION100
2.174-2.21140.22511610.15113011X-RAY DIFFRACTION100
2.2114-2.25160.20891590.16972975X-RAY DIFFRACTION99
2.2516-2.29490.21981510.16762953X-RAY DIFFRACTION99
2.2949-2.34180.21211510.15142986X-RAY DIFFRACTION100
2.3418-2.39270.20891660.14563006X-RAY DIFFRACTION100
2.3927-2.44840.181520.14772988X-RAY DIFFRACTION100
2.4484-2.50960.22851560.15343009X-RAY DIFFRACTION100
2.5096-2.57740.21141420.15453026X-RAY DIFFRACTION100
2.5774-2.65320.20321630.14972988X-RAY DIFFRACTION100
2.6532-2.73890.20061730.15182993X-RAY DIFFRACTION100
2.7389-2.83670.21411570.15333027X-RAY DIFFRACTION100
2.8367-2.95030.20661480.15063029X-RAY DIFFRACTION100
2.9503-3.08450.19561570.14922996X-RAY DIFFRACTION100
3.0845-3.2470.17991790.14212974X-RAY DIFFRACTION100
3.247-3.45040.17871570.14773040X-RAY DIFFRACTION100
3.4504-3.71660.17541520.13763025X-RAY DIFFRACTION100
3.7166-4.09020.16691560.13283018X-RAY DIFFRACTION100
4.0902-4.68130.1731790.12373029X-RAY DIFFRACTION100
4.6813-5.89480.16881720.1393026X-RAY DIFFRACTION100
5.8948-39.48260.21631720.19153073X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 48.0088 Å / Origin y: 43.2709 Å / Origin z: 24.1992 Å
111213212223313233
T0.001 Å2-0.0051 Å20.0031 Å2-0.007 Å20.0022 Å2--0.0049 Å2
L0.0645 °20.0261 °20.0261 °2-0.0828 °2-0.0275 °2--0.0919 °2
S0.001 Å °-0.0205 Å °0.0006 Å °0 Å °0.0053 Å °0.0055 Å °0.0176 Å °-0.0252 Å °-0.0065 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 1311
2X-RAY DIFFRACTION1allB2 - 1232
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 1310
4X-RAY DIFFRACTION1allD3 - 1311
5X-RAY DIFFRACTION1all1 - 33
6X-RAY DIFFRACTION1allU1 - 8
7X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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