PDB-3mpi: Structure of the glutaryl-coenzyme A dehydrogenase glutaryl-CoA c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3mpi

タイトル

Structure of the glutaryl-coenzyme A dehydrogenase glutaryl-CoA complex

要素

Glutaryl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / alpha-beta fold / DEHYDROGENASE

機能・相同性

機能・相同性情報

glutaryl-CoA dehydrogenase (acceptor) / acyl-CoA dehydrogenase activity / catabolic process / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfococcus multivorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Wischgoll, S. / Warkentin, E. / Boll, M. / Ermler, U.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural basis for promoting and preventing decarboxylation in glutaryl-coenzyme a dehydrogenases.
著者: Wischgoll, S. / Demmer, U. / Warkentin, E. / Gunther, R. / Boll, M. / Ermler, U.

履歴

登録	2010年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年5月31日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3mpi.cif.gz	325.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3mpi.ent.gz	266.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3mpi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3mpi_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3mpi_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3mpi_validation.xml.gz	64.6 KB	表示
CIF形式データ	3mpi_validation.cif.gz	87 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/3mpi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3mpjC 1siqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1buc-1 3mpj-2 4l1f-1 2eba-1 1jqi-1 3mpj-1 2vig-1 3mdd-1 1ivh-d 1ege-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

B: Glutaryl-CoA dehydrogenase

C: Glutaryl-CoA dehydrogenase

D: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

B: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

A: Glutaryl-CoA dehydrogenase

B: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Glutaryl-CoA dehydrogenase

D: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

C: Glutaryl-CoA dehydrogenase

D: Glutaryl-CoA dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	174.990, 114.790, 122.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 133.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	C
2	2	A
3	2	B
4	2	D

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Glutaryl-CoA dehydrogenase 分子量: 43442.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfococcus multivorans (バクテリア) 遺伝子: acd, gi228015642 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3UVB0, EC: 1.3.99.7
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-GRA / glutaryl-coenzyme A / グルタリル-CoA 分子量: 881.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₆H₄₂N₇O₁₉P₃S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 476 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.64 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.01M MES, 0.5M KCL, 10% (w/v) glycerol, 1 mM dithiothreitol, 1 mM FAD, 2 mM glutaryl-CoA, 15% (v,v) MPD, 0.1 M imidazole, pH 6.5, 0.2 M KCl and 2% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: MAR225 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月14日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 100328 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.3
反射シェル	解像度: 2.05→2.16 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.519 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0046	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1SIQ

1siq

解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 10.356 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.191 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21931	5245	5 %	RANDOM
R_work	0.17559	-	-	-
obs	0.17771	100328	97.01 %	-
all	-	100328	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.41 Å²	0 Å²	-0.09 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11984	0	436	476	12896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12728
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.481	2.002	17250
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.268	5	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.418	24.455	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.118	15	2083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.325	15	68
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	1822
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	9620
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1543	TIGHT POSITIONAL	0.14	0.05
1	2	B	1543	TIGHT POSITIONAL	0.15	0.05
1	3	C	1543	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	4	D	1543	TIGHT POSITIONAL	0.13	0.05
1	1	A	1454	MEDIUM POSITIONAL	0.29	0.5
1	2	B	1454	MEDIUM POSITIONAL	0.33	0.5
1	3	C	1454	MEDIUM POSITIONAL	0.32	0.5
1	4	D	1454	MEDIUM POSITIONAL	0.26	0.5
1	1	A	1543	TIGHT THERMAL	1.81	0.5
1	2	B	1543	TIGHT THERMAL	2.11	0.5
1	3	C	1543	TIGHT THERMAL	1.88	0.5
1	4	D	1543	TIGHT THERMAL	1.86	0.5
1	1	A	1454	MEDIUM THERMAL	2.92	2
1	2	B	1454	MEDIUM THERMAL	3.2	2
1	3	C	1454	MEDIUM THERMAL	3.16	2
1	4	D	1454	MEDIUM THERMAL	2.81	2
2	1	C	56	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
2	2	A	56	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	3	B	56	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	4	D	56	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
2	1	C	56	TIGHT THERMAL	7.62	0.5
2	2	A	56	TIGHT THERMAL	3.83	0.5
2	3	B	56	TIGHT THERMAL	8.45	0.5
2	4	D	56	TIGHT THERMAL	3.59	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.345	379	-
R_work	0.299	7225	-
obs	-	-	95.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7508	0.157	0.4426	0.8044	0.1279	1.1929	0.026	-0.0186	-0.0681	-0.0465	-0.0037	0.1787	0.0564	-0.1642	-0.0224	0.0599	-0.0168	0.0076	0.1088	0.0127	0.0747	-19.479	57.283	-2.666
2	1.1454	0.1586	-0.2467	0.9214	0.2596	1.3945	0.0462	-0.2293	0.5199	0.1601	-0.0593	0.2203	-0.2484	-0.1294	0.013	0.2039	0.0448	0.0283	0.1665	-0.1395	0.4366	-13.686	94.465	14.342
3	1.2943	0.1081	-0.4134	0.7927	-0.2405	1.7313	-0.0635	-0.1759	-0.0952	0.1754	-0.0162	-0.0014	0.1827	0.0289	0.0797	0.0809	0.0162	-0.0091	0.0995	0.0155	0.0991	41.313	28.283	-24.326
4	1.615	0.3766	0.0564	0.929	-0.1114	1.0723	-0.0456	-0.1634	0.2224	0.1651	-0.0138	-0.1353	-0.4153	0.2299	0.0594	0.236	-0.0982	-0.085	0.1635	-0.0472	0.195	57.77	65.456	-31.576

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 402
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 402

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