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- PDB-3mpd: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from encephali... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mpd
タイトルCrystal structure of nucleoside diphosphate kinase from encephalitozoon cuniculi, cubic form, apo
要素Nucleoside diphosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / ENCEPHALITOZOON CUNICULI / KINASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / GTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / Nucleoside diphosphate kinase-like domain / Nucleoside diphosphate kinase / NDK / Nucleoside diphosphate kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleoside diphosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of nucleoside diphosphate kinase from encephalitozoon cuniculi
著者: Gardberg, A. / Edwards, T.E. / Staker, B. / SSGCID
履歴
登録2010年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0233
ポリマ－33,9612
非ポリマー621
水3,891216
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
2
A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子

A: Nucleoside diphosphate kinase
B: Nucleoside diphosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0709
ポリマ－101,8846
非ポリマー1863
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_645-z+1,x-1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation11_556y+1/2,-z+1/2,-x+11
Buried area16530 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area33290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.330, 111.330, 111.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLUAA1 - 275 - 31
21METMETGLUGLUBB1 - 275 - 31
12VALVALGLYGLYAA70 - 7774 - 81
22VALVALGLYGLYBB70 - 7774 - 81
13ALAALAASNASNAA80 - 9284 - 96
23ALAALAASNASNBB80 - 9284 - 96
14THRTHRGLYGLYAA100 - 106104 - 110
24THRTHRGLYGLYBB100 - 106104 - 110
15ILEILEVALVALAA113 - 120117 - 124
25ILEILEVALVALBB113 - 120117 - 124

-
要素

#1: タンパク質 Nucleoside diphosphate kinase / NDP kinase / NDPK / NDK


分子量: 16980.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Encephalitozoon cuniculi (ウサギエンケファリトゾーン)
遺伝子: ECU06_1530, HM-1:IMSS, NDK1 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8SRM7, nucleoside-diphosphate kinase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.67 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PACT SCREEN CONDITION F8: 100MM BIS-TRIS PROPANE PH 6.5, 20% PEG 3350, 200 MM NA2SO4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97651
20.97651
反射解像度: 2.08→33.57 Å / Num. all: 28061 / Num. obs: 27311 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 33.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 20.88
反射 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / Num. unique all: 2051 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NSQ (Drosophila NDP kinase)

1nsq


解像度: 2.08→33.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 7.51 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1385 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.177 28061 --
obs0.177 27246 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.99 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→33.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2316 0 4 216 2536
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222402
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3331.963245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1595306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.65923.46998
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1615449
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6051516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211772
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.51482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.28722406
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2553920
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6864.5833
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 504 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.110.5
medium thermal0.882
LS精密化 シェル解像度: 2.08→2.13 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 85 -
Rwork0.221 1873 -
obs-1959 95.47 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.73890.4993-0.00861.5891-0.28021.32710.07710.09910.05770.15640.06270.1082-0.1968-0.2926-0.13980.07670.09460.01930.13660.01820.026328.5866-3.841769.9927
26.6351-0.24262.69522.9795-4.702312.37030.2332-0.08230.41970.14450.03430.2863-0.3647-0.8068-0.26750.18340.14990.09160.284-0.0260.137816.20172.417385.456
32.22121.17960.06632.01430.35792.52350.02050.09320.01120.11840.04580.2408-0.0702-0.3704-0.06630.0690.10180.03250.19670.02590.060223.6887-6.780773.2864
41.3354-0.3109-0.29011.49790.29973.5501-0.03470.08710.04730.1520.05320.2337-0.2192-0.6195-0.01850.04170.06540.02680.14970.02150.052122.78-8.211371.1259
51.73890.80870.2441.5028-0.17050.8864-0.01310.18360.1139-0.08570.11840.005-0.2398-0.2529-0.10540.17010.09250.00030.1550.03370.06835.41422.339659.9858
62.9174-1.4644-0.92333.49841.353111.60950.0704-0.0717-0.01140.08040.18940.0094-0.0353-0.3506-0.25980.17610.0141-0.09280.23790.07860.083229.15929.482241.2739
72.05571.21850.80713.0157-0.07051.7708-0.08740.27630.2301-0.05160.1528-0.0274-0.2905-0.1298-0.06540.17170.0810.00770.14790.06270.069837.42376.358455.923
81.2033-0.23470.69651.37070.13052.99590.01320.19970.2316-0.05640.0114-0.0564-0.5556-0.2579-0.02460.1750.06550.01950.10130.06340.069338.67678.14158.5088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2A41 - 62
3X-RAY DIFFRACTION3A63 - 90
4X-RAY DIFFRACTION4A91 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 40
6X-RAY DIFFRACTION6B41 - 62
7X-RAY DIFFRACTION7B63 - 90
8X-RAY DIFFRACTION8B91 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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